2014年5月6日火曜日

まとめ:不適切なデータ処理・加工・流用、文章剽窃

1) データ改ざん・捏造
小保方晴子氏のSTAP細胞に関するNature誌のArticle論文Letter論文の多数の実験画像において不適切なデータ処理・加工(改竄)・流用が疑われています。特に、STAP細胞の多能性を示す図(Fig.2dFig.2e)が、STAP細胞とは無関係の小保方氏の博士論文からの流用であることが発覚し、共著者の山梨大の若山教授が論文撤回を呼びかけることとなりました。

2) 剽窃・不実記載
STAP細胞論文には、Guo Jianliらの論文から「17行」にわたる文章の剽窃や、Robert Blellochらの論文からの文章剽窃が認められ、古い実験機器・試薬までコピペしているため、論文の記述通りに実験を行っていないのではないのか?」という疑惑も浮上しています。

3) 特許出願書類での画像流用
2012年4月の特許出願書類(STAP細胞関連)においても博士論文の画像からの不適切な流用が認められます。

4) 杜撰な実験・ES細胞混入疑惑
マウスの性別やstrainを統一せずに実験を実施していたのではないかという実験上の杜撰さが指摘されています。また、STAP幹細胞やFGF4誘導性幹細胞(FI-SC)が体細胞由来の幹細胞であることを示すデータは何一つありません。また、ES細胞がSTAP細胞とされているものに混入していたのではないかという疑惑も浮上しています。

5) 博士論文での不正
小保方晴子氏の博士論文の序章の"Background"のほとんどの文章や"References"の部分は剽窃(盗用)によるものです。さらに、実験画像の一部はバイオ系企業のホームページから盗用されたものであり、小保方氏は実験自体を行っておらずデータを捏造していたことが判明しています。また、この博士論文では多数の電気泳動画像の改竄・流用が認められ、同じ改竄データは、Tissue Eng Part A誌論文にも使用されています。

6) 利益相反事項の隠蔽
小保方晴子氏が第一著者のNature Protocol誌の論文と、第二著者のTissue Eng Part A誌の論文においては、利益相反事項の隠蔽が問題になっています。

7) 不十分な理研の調査
参考→ 理研が追加調査すべきSTAP論文疑惑まとめ
特定法人指定を目指して理研は調査項目を6項目だけに絞って早期解決を図ろうとしました。しかし、博士論文からのNature論文への悪質な画像流用(捏造)が暴露され最終調査報告により研究不正も認定されて観念するかと思われた小保方氏がまさかの逆切れ反撃。早期解決の目論見がはずれてしまった今となっては、理研は最早徹底的にNature論文の疑惑を調査して小保方氏の不正の証拠を積み上げるべきなのではないでしょうか。

8) 共著者(小島宏司)論文にもデータ流用
脊髄損傷のサルをSTAP細胞移植で治療したと発表したチャールズ・ヴァカンティ教授のグループの小島宏司氏の論文における不適切な画像流用が3件も発覚しています。小島氏は小保方晴子氏の指導者でした。

9) ヴァカンティ教授の論文の画像にも盗用疑惑
小保方晴子氏の恩師であるヴァカンティ(Vacanti)教授らのSpore-like cellsの論文の画像5つにも盗用(剽窃)疑惑が浮上しています。借用元はSoftKey社の"BODYWORKS 5.0"の可能性。小保方氏の盗用癖はヴァカンティ直伝か?

10) 早稲田大学の学位審査の欠陥
小保方晴子氏の博士論文を審査した常田聡氏や武岡真司氏の研究室の多数の博士論文において、コピペが認められます。
 当記事の公益目的: 理化学研究所の調査委員会によりSTAP細胞論文における捏造・改ざんの研究不正や他者著作物からの文章のコピペが認定された小保方晴子氏は早稲田大学理工学術院の先進理工学研究科で学位を取得した後、理化学研究所研究員として採用されていました。小保方晴子氏の早稲田大学のおける博士論文についても、冒頭20ページ近くの文章がNIHのサイトからのコピペであること、各章のリファレンスまでもがコピペであり本文と全く対応しておらず本文中にはリファレンス番号が記載されていないこと、複数の実験画像がバイオ系企業サイトに掲載されている実験画像と類似していることなどの多数の問題点が判明しています。これらの当然気付かれるべき問題点は早稲田大学における博士論文の審査では見過ごされていました。よって、小保方氏のSTAP細胞論文における様々な問題は、小保方氏個人が責められるべきものではなく、早稲田大学の教育環境や学位審査システムの特質性にもその要因が在ります。STAP細胞論文自体の研究や、その研究結果の再現性確認実験には多額の公的研究費や研究者の貴重な時間が費やされました。公益目的の観点から、二度と同様の問題が起こらないように対策をとるためには、早稲田大学の教育環境や学位審査システムを精査する必要があります。その手がかりを得るために、当記事では読者の調査協力の下に、自主的に網羅的調査をしようとしない早稲田大学に代わり、第三者の観点から「他者の著作物からのコピペが博士論文を効率的に書くための一方法として早稲田大学で普及していたのかどうか。」を網羅的に検討することにします。また、コピペが博士論文などの著作物を効率的に執筆するための一方法として認められるのかどうか、推奨されるべきかどうかの問題は社会一般公共の利害に関することから、専ら公益目的の観点から早稲田大学の事例をもとに考えていきたいと思います。
他者著作物との類似性が見られた博士論文  (計23報 
コピペを効率的な博士論文執筆方法として取り入れた可能性のある賞されるべき事例)
 常田聡 研究室: 小保方晴子松本慎也古川和寛寺原猛岸田直裕副島孝一寺田昭彦(ラボ内コピペ) (計7名)
 西出宏之 研究室: 義原直加藤文昭高橋克行伊部武史田中学小鹿健一郎 (計6名)
 武岡真司 研究室: 藤枝俊宣小幡洋輔寺村裕治岡村陽介(ラボ内コピペ)  (計4名)
 平田彰 研究室: 吉江幸子(ラボ内コピペ)、日比谷和明(ラボ内コピペ) (計2名)
 黒田一幸 研究室: 藤本泰弘 (計1名)
 (早稲田大学リポジトリ) (その他の早稲田理工の研究室も網羅的に調査中

適切な引用(コピペ)とは?: 文化庁は、以下の7項目を、他人の主張や資料等を「引用」する場合の要件としています。

ア 既に公表されている著作物であること
イ 「公正な慣行」に合致すること
ウ 報道,批評,研究などの引用の目的上「正当な範囲内」であること
エ 引用部分とそれ以外の部分の「主従関係」が明確であること
オ カギ括弧などにより「引用部分」が明確になっていること
カ 引用を行う「必然性」があること
キ 「出所の明示」が必要(コピー以外はその慣行があるとき)

(文化庁長官官房著作権課 著作権テキスト 平成22年度版  PDFファイル の 「§8. 著作物等の「例外的な無断利用」ができる場合 ⑧ ア、「引用」(第32条第1項」 より引用)

11) 動物実験の倫理に関する疑義
PEACE (Put an End to Animal Cruelty and Exploitation) 
STAP細胞の実験計画書について理研に質問書を送付
Ⅰ.承認された動物実験計画書が存在しない期間にSTAP細胞実験が行われていることについて 
Ⅱ.理研の動物実験の機関管理について http://animals-peace.net/experiments/stap.html

STAP細胞論文に関する発生・再生科学総合研究センターの 動物実験計画書についての質問書(2014年5月9日) http://animals-peace.net/animalexperiments/stap


参考記事:

小保方晴子氏の騒動の経緯ニュース報道まとめ参考サイト
若山教授インタビュー(2/27日付け)by tomozouh)、若山教授インタビュー(3/11日付け、論文撤回提案について)
STAP細胞の非実在について#1#2#3, #4, #5 (kahoの日記)
不自然なテラトーマ画像
ES細胞(接着細胞)を「浮遊細胞塊」(胚様体;EB)のようにして渡した?という議論
理研:STAP細胞作製に関する実験手技解説の発表について




2014年5月8日
不服申立ての審査結果
研究論文の疑義に関する調査委員会による調査結果に対する不服申立ての審査結果について(2014年5月8日)(写し
不服申立てに関する審査の結果の報告(全文)(2014年5月9日修正※3)(写し
理事長声明文


小保方晴子氏の不服申立書まとめ & 問題点

小保方氏が理研に提出した不服申立書のスキャン画像 (毎日新聞)
不服申立書の全文 上 (写し)(読売新聞)
不服申立書の全文 下 (写し)(読売新聞)
理化学研究所・小保方晴子ユニットリーダーらによる記者会見(Ustream)

矛盾点1) 理研の最終報告書の7ページ目に、小保方氏らがNatureへ論文を初投稿した2012年4月の時点で既に博士論文のsphere細胞の in vitro分化免染画像3枚、テラトーマのH&E画像3枚+免染画像3枚が不正流用されていたとある。(この初投稿のものは、"細胞生物学の歴史を愚弄している"と批判されてRejectされた)
ちなみに、2013年3月10日に投稿され2014年1月29日に公開されたNature Article論文では、博士論文 in vitro分化免染画像1枚と、テラトーマの免染画像3枚だけが不正流用されており、理研により捏造と認定された.
つまり、Natureへの初投稿時には9枚の画像を博士論文から流用し、再投稿時にはそのうち4枚だけを選択し流用して、残り5枚は別の画像と入れ替えている(この点においても故意性が疑われる)。
さて、小保方氏は今回の不服申立にて、2012年6月9日に撮影した正しい画像が存在するから捏造ではないとした。しかし、2012年4月の初投稿時において既に9枚もの画像を博士論文から不正流用していたのであるから、この主張は認められない
ちなみに、前述のNature初投稿から再投稿にかけて、新しく入れ替えられた5枚の画像のうちのテラトーマH&E画像は、綺麗すぎて(見事なほどに分化していて)不自然という指摘もある。つまり、綺麗にしようと入れ替えたが墓穴を掘った感じ。

矛盾点2) 小保方氏はNature Article論文での4枚の流用画像(テラトーマ画像3枚in vitro分化画像1枚)は、2011年11月24日に作成したラボミーティング用パワーポイント資料から流用したとし、博士論文から流用したものではないと主張した。しかし、この主張にも矛盾点がある。
このパワポ資料の流用元画像が資料内でどのように説明されていたかは明らかにされていない。もし、2011年11月24日の流用元画像が脾臓由来STAP細胞として説明されていたならば、小保方らが2012年6月9日に正しい画像を撮影するまで、パワポ資料の流用元画像が捏造だったことになる。
一方、もし、2011年11月24日の流用元画像がパワポ資料内で骨髄由来 のsphere細胞 (博士論文と同じ機械的ストレスによるもの)として説明されていたならば、その画像をNature Article論文へ弱酸誘導STAP細胞として取り違えミスで流用するという状況は考えにくく不自然である。

矛盾点3) 2012年4月のNature初投稿時(細胞生物学の歴史を愚弄しているとしてRejectされた)に、博士論文と同じ9枚の画像を別の実験画像として不正流用していた。 その後、小保方は、2012年6月9日に正しい画像を撮影した。 しかし、小保方は、2013年3月10日の再投稿時点においても画像を一部流用したままにしていた。
実際に、不正流用されたままとなっていた4枚の画像を訂正したのは、調査委員会立ち上げ後の2014年2月17-19日頃である。なぜ2012年6月9日に正しい画像を撮影したのに2014年2月まで不適切な流用状態を放置していたのかについての合理的理由が、申立書内では説明されていない。

矛盾点4) 小保方氏は、不適切に博士論文から流用された画像を訂正(差し替え)するために、弱酸誘導STAP細胞のin vitro分化細胞の画像を2014年2月19日に撮影し直したと説明し、理研の修正前の中間報告書や最終報告書にその画像らしきものが掲載されていた。しかし、この差替用の画像と類似した画像が2012年4月の特許出願書類に掲載されており、小保方らの説明と齟齬があり、差替用の画像のタイムスタンプが改ざんされている可能性なども考えられる。


そもそも小保方氏の説明・提供する画像・データ等が、実験ノートや 実験の生データなどによって裏付けされた確かな証拠であるか否かが 申立書では言及されておらず、信憑性に疑問がある。


2014年4月8日
「STAP細胞」検証計画について理化学研究所が会見

2014年4月4日
研究不正再発防止改革推進本部の設置について
写し




2014年4月1日
研究論文(STAP細胞)の疑義に関する調査報告について(その2)写し) (その1)(写し
  研究論文の疑義に関する調査報告書(全文)写し
  研究論文の疑義に関する調査報告書(スライド)(2014年4月4日修正)(写し
  研究論文の疑義に関する調査報告書(スライド)(2014年4月1日オリジナル版)(写し:2014年4月1日)

修正版では、「1−5: Fig. 2d, 2e の画像の取り違え」 のところの写真(「2014年2月20日、正しいデータ (脾臓血液細胞を用いた)に差し替えたい  テラトーマに関しては2012年7月 に得られたデータもあるが、 HE染色と同じテラトーマを用いてデータを取り直した」 の文章の右の画像)が消されています。この画像の一つ(in vitro分化の画像)は、特許に掲載されていた画像と同一でした。

    野依良治理事長声明文写し
  竹市雅俊センター長声明文写し
  研究不正再発防止について写し
  STAP現象の検証の実施について写し
  小保方晴子研究ユニットリーダーコメント写し
  若山照彦山梨大学教授コメント/理研客員主管研究員コメント写し
  笹井芳樹副センター長コメント写し
  丹羽仁史プロジェクトリーダーコメント写し

2014年4月1日:会見動画 4/1 理化学研究所記者会見~STAP論文調査・最終報告~前編
2014年4月1日:会見動画 4/1 理化学研究所記者会見~STAP論文調査・最終報告~後編

理研の調査報告まとめ & 問題点
笹井芳樹氏は、STAP細胞のNature論文に不正流用されていた小保方氏の博士論文のテラトーマ画像が、実験条件の全く異なるものだと把握していたはずである。これほどの重要なことを、調査委員会に報告し忘れるという不手際が起こりうるだろうか?不正流用を小保方氏と結託して隠匿したのでは?


2014年3月14日
研究論文(STAP細胞)の疑義に関する調査中間報告について写し

野依良治理事長コメント写し
 竹市雅俊センター長コメント写し
 著者コメント写し
 調査委員会調査中間報告書(全文)写し
 調査委員会調査中間報告書(スライド資料)(2014年4月4日修正版)(写し
 調査委員会調査中間報告書(スライド資料)(2014年3月31日修正版)(写し
 調査委員会調査中間報告書(スライド資料)(2014年3月14日未修正版)(写し

 修正版では、1−5: Fig. 2d, 2e の画像の取り違え のところの写真(「正しいデータ(脾臓血液細胞 を用いた)に差し替えたい」 の右の画像)が消されています。この画像の一つは、特許に掲載されていた画像と同一でした。
また、電気泳動ゲル画像の一部も消されています。削除された電気泳動ゲル画像の一部には、改竄と最終調査報告で認定された件とは別に、新たな改竄疑惑が浮上していました。

2014年3月14日 理研の調査委員会の中間報告発表動画:その1その2その3その4その5その6その7
FNNニュース動画:
2014年3月14日:「STAP細胞」論文 理研が中間報告会見 小保方さんらは謝罪文
2014年3月15日:「STAP細胞」論文 理研、重大な過誤があったとする中間報告


STAP細胞の特許出願書類における不正疑惑(画像流用疑惑)
PDFファイル: 2012年4月の特許出願書類(US 61/637,631 24.04.2012 (Pr. Doc.))
Document details: Country/Office: US, Number: 61/637,631, Filing date: 24 April 2012 (24.04.2012)
(この特許出願書類は、STAP細胞の特許(WO2013163296: GENERATING PLURIPOTENT CELLS DE NOVO)に関するWIPOのサイトDocumentのタブのページに掲載されている。)


小保方晴子氏の博士論文のChapter 3 (Fig.11とFig.14を含む)



不適切な画像流用1
小保方晴子氏の博士論文(2011年2月)のFig.11の骨髄sphere(機械的ストレス誘導)由来のin vitro分化画像と、2012年4月の特許出願書類のACCs(弱酸刺激誘導細胞)由来のin vitro分化画像(Fig.9A上段)が、同一で、不適切な流用です。



Animal Callus Cells (ACCs)のcallus は、”《植物》カルス、癒傷組織” にネーミングを由来しているようです([00127]や[00132] にplant callus について言及してあります)。Fig.7cには色々な臓器由来なACCsが示されてあります。つまり、ACCsはSTAPの別名と考えればよさそうです。
また、[00137] には下記ののようにACCs のネーミングの由来が記載されています。
[00137] Stress treated CD45 positive cells were cultured in B27-LIF medium, and within 5 days, GFP expressing spherical colonies were observed while no GFP expressing colonies were observed in the untreated control (Figure 1A). Sphereical colonies grew to approximately 70μm in diameter over the first 7 days, and spherical colonies could be maintained for another 7 days in that culture condition. The configuration of the colonies was slightly baroque, appearing more similar in shape to the callus seen in botany, rather than spheres. A cell colony generated by stress treatment was therefore referred to as an Animal Callus (AC). Cultured cells were dissociated and population analysis was then performed using FACS. The analysis revealed that the application of certain significant stimuli resulted in the generation of stress altered cells, now referred to as Animal Callus Cells (ACCs), that did not previously exist in the CD45 positive cell populations (Figure 1B).  ・・・ (略)

特許出願書類のFig.9(A)については書類の本文中において、下記のように説明されています。Fig.9(A)に用いられたACCsは、[00142]において、CD45 positive lymphocytes 由来と記載されています(CD45 positive lymphocytesがどの臓器由来かについては何も記載はないようです)。
[0030] Figures 9A-9E depict differentiaion of ACCs. Figure 9A depicts an in vitro differentiation assay. ACCs were sorted and plated into differentiation medium. ACCs differentiated into cells from three germ layers, and expressed ectoderm specific marker βIII tubulin and GFAP, mesenchymal marker, α-smooth muscle actin, and endoderm marker, α-fetoprotein and cytokeratin 7. (以下略) 
[00142] To assess the stemness of ACCs, their self-renewal potency and their differentiation potency were examined. To study their self-renewal potency, ACCs colonies derived from previously mature CD45 positive lymphocytes were dissociated into single cells, and plated into 96 well plates, with one cell per well in an effort to generate clonally derived populations. Ten days after plating, spherical colonies were seen in 12-16h and others divided in 30-34h. ACCs were passaged at least 5 times, with continued expression of Oct4 observed. Consequently, ACCs demonstrated a potential for self-renewal, and the potential to differentiate into cells from all three germ layers in vitro
[00143] ACs derived from mature GOF lymphocytes were again dissociated into single cells, sorted to contain only a population of cells that expressed GFP and then cultured in differentiation media. At 14-21 days after plating, cells expressed the ectoderm marker, βIII-tubulin and GFAP, the mesoderm marker, α-smooth muscle actin, and the endoderm marker, αfetoprotein and Cytokeratin 7 (Figure 9A). Thus, ACCs differentiated into cells representative of the three germ layers in vitro.00135
また、[00135]には、"Consequently, exposure to low pH was focused upon as the stress treatment of choice for the remainder of the study." という文章があることから、Fig.9(A)に用いられたACCsは、弱酸刺激(low pH)で誘導されたものであると考えれます。



不適切な画像流用

特許出願書類のFig.9(A)については書類の本文中の[00148] において、下記のように説明されています。
[00148] Developmental potential of ACCs. Finally, it was assesed whether ACCs possessed a developmental potential similar to that of plant callus cells. As an initial test for developmental potency, ACCs implanted subcutaneously in immunodeficienct (SCID) mice were studied. Six wees after transplantation, ACCs generated tissues representing all three germ layers (Figure 9B)

小保方晴子氏の博士論文Fig.14からNature誌の論文に不適切に流用されていたテラトーマ画像が、2012年4月24日出願の特許書類のFig.9Bにも異なる実験画像として不適切に流用されていたことが発覚

 Nature論文とは異なり特許出願書類では、蛍光写真(下段)だけでなく、H&E染色画像(上段)も流用しています。特許で、H&Eと蛍光の二つを丸ごと博士論文から流用しておいて、その後のNature誌論文では下段の蛍光写真だけを切り取って流用しています。取違えミスとは到底思えません。

 Nature誌の論文の方では、博士論文や特許書類の別のテラトーマ画像の下段だけを切り取り、元の上段のH&E画像は取り除いて、そこに、どこからか持ってきた不自然なH&E染色画像を、組み合わせているのです。




疑惑論文1: Nature Article
論文タイトル: "Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency"
Nature 505, 641–647 (30 January 2014) doi:10.1038/nature12968
著者: Haruko Obokata (小保方晴子, Teruhiko Wakayama (若山照彦), Yoshiki Sasai (笹井芳樹, Koji Kojima (小島宏司), Martin P. Vacanti (マーティン・バカンティ), Hitoshi Niwa (丹羽仁史), Masayuki Yamato (大和雅之), Charles A. Vacanti (チャールズ・ヴァカンティ

疑惑画像1:  小保方晴子氏のNature Article論文のFig.2e下段のSTAP細胞由来テラトーマ免疫染色画像と、小保方晴子氏の博士論文のFig.14下段の骨髄sphere由来テラトーマ免疫染色画像が、類似しており、不正な画像の流用が疑われます。


理研の調査委員会の中間報告の問題点 その1
小保方、笹井氏らが提出した差し替え予定画像のタイムスタンプに改ざん・捏造の可能性? 石井調査委員長の発言では、差し替え画像のタイムスタンプは 「論文投稿(2013年3月10日)の数ヶ月前」 しかし、差し替え画像の一つが2012年4月の特許出願書類に含まれていることが発覚

差し替え予定画像の一つ 
の p15下段のα-SMA画像 2012年4月の特許出願書類(US 61/637,631 24.04.2012 (Pr. Doc.))  


















調査委員会に虚偽証言の可能性?


 小保方晴子氏の博士論文からNature誌の論文に不正に流用されていたテラトーマ画像が、2012年4月24日出願の特許書類のFig.9Bにも異なる実験画像として不正に流用されていたことが発覚

 Nature論文とは異なり特許出願書類では、蛍光写真(下段)だけでなく、H&E染色画像(上段)も流用しています。特許で、H&Eと蛍光の二つを丸ごと博士論文から流用しておいて、その後のNature誌論文では下段の蛍光写真だけを切り取って流用しています。取違えミスとは到底思えません。

 Nature誌の論文の方では、博士論文や特許書類の別のテラトーマ画像の下段だけを切り取り、元の上段のH&E画像は取り除いて、そこに、どこからか持ってきた不自然なH&E染色画像を、組み合わせているのです。



















理研の調査委員会の中間報告の問題点 その2

小保方晴子氏の博士論文から流用されたNature論文の画像Fig.2eを、pdfから抽出すると上部に博論画像を一部切りそこなった痕跡を確認でき、黒塗りで隠されていたことがわかります。これは、意図的な捏造、改竄を示唆しています。この加工の指摘に関して、先日の理研の記者会見で質問されましたが、調査委員会はよく把握していなかった様子でした。委員らは、世界変動展望 著者氏のブログ記事 ”小保方晴子が筆頭著者の論文の不適切さについての(2-5)の指摘を参照しましょう。




1) STAP細胞のNature Article論文のPDFをダウンロードする 
http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/pdf/nature12968.pdf 

2) Fig.2eの下段の画像をコピーし、WordやPower pointなどに貼り付ける。 

3) 博士論文に記載の画像に類似した文字が確認できる。 

4) 解説画像↓ 


5) 比較GIF 










記者 
「Natureに載った画像を調べると博士論文内の文字が浮き出てくる。 
これは元の生データを間違えて引っ張ったのではなく、明らかに博士論文を認識して再加工したという証拠ではないですか?」 

石井委員長「目下、調査中というです。ご理解ください。」 





疑惑画像2小保方晴子氏のNature Article論文のFig.2d中央下段のSTAP細胞由来Mesoderm免疫染色画像と、小保方晴子氏の博士論文のFig.11中央の骨髄sphere由来Mesoderm免疫染色画像が、類似しており、不正な画像の流用が疑われます。
https://twitter.com/JuuichiJigen/status/442569716453105664



疑惑画像3: Figure1のi のレーン3と、レーン2,4の間に境界線が認められ、この電気泳動画像は複数のレーン画像を切り貼りして合成したものであることが示唆されます。



Natureの実験画像に関する規程(Image integrity)によると、「異なる時期、異なる場所で得られた画像は一つの画像として合成してはならない。もし、画像を対比させて並べる必要がある場合は、画像の間に明確に境界線を引き、図の説明文に記述しなければならない。」とあります。このImage integrityの規定に、小保方晴子氏のNature Article論文のFig.1iが違反している可能性があるわけですね。
以下、規定の一部を抜粋。
Images gathered at different times or from different locations should not be combined into a single image, unless it is stated that the resultant image is a product of time-averaged data or a time-lapse sequence. If juxtaposing images is essential, the borders should be clearly demarcated in the figure and described in the legend. 
The use of touch-up tools, such as cloning and healing tools in Photoshop, or any feature that deliberately obscures manipulations, is to be avoided. 
Processing (such as changing brightness and contrast) is appropriate only when it is applied equally across the entire image and is applied equally to controls. 
Contrast should not be adjusted so that data disappear. Excessive manipulations, such as processing to emphasize one region in the image at the expense of others (for example, through the use of a biased choice of threshold settings), is inappropriate, as is emphasizing experimental data relative to the control. 

さらに、下記のような疑惑も上がっています。

254 :クロ:2014/02/23(日) 19:15:38.10
>>228免疫で遺伝子やってるやつならわかる。
TCRのDNA解析でレーン3のGLにバンドがない件は全然おかしい。
500bpほどのDNAが増えるのに、同じmicrotube中で
2kB程度のTCRbeta-DJ断片が増えないんだよ。そんなPCRはない。
PCRを経験した人なら、増えるべきDNAに500bpと2.5kBの2本があるとき、
両方のバンドがでることはわかる。長い方が全然見えないって変。
おれも最初は長いDNA断片がPCRで増えにくいからだと思ったよ。
だけど2.2kBとかそんな長さなんだから簡単にふえるよ。
ここでJEM論文中の例(GLバンドが弱いケース)を示す人がいるが
そのJEM論文でもTCRbeta D-JはGLのバンドがよく出ていることを見てほしい。
一方、V-D-Jだというんと長いので(ゲノム上10kb以上は離れており)、
さすがにGL型のところにno bandだが。
著者は意図的にGLがバンドがないように見せることによって、
分化後のT細胞を用いたことを示そうと細工したようだ。
しかし、TCRbetaでは対立遺伝子排除が働くので片方の相同染色体では
GL型の配列をもつはず(よってJEM論文のようにGLにバンドが出るはず)。それを知らずに馬脚を現した。
517 :PCR:2014/02/23(日) 20:30:00.81
PCRをしたことがある人に質問だが、2.2kBと500bの断片が増幅する
(しかも長いほうがやや多く含まれている)系で、全く2.2kBのバンドが出ないとき
そのPCRはうまくいっていると思おうか?
ましてやそれをNatureの図に使うか?しかもレーンの切り貼りをしてまで?
>>254にあるように、Nature論文ではTCR betaのD2 とJ2.6間でPCRしており、これは
GL型(つまりTCR再編成前の)ゲノムDNAでは2kBちょっとしか離れていない。
それがPCRで全く増えず全くバンドが見えない。
TCRのVとJ間でのPCRなら距離が遠すぎて増えないのはわかるが2Kbなら増えるはず。
しかもレーン3以外ではしっかり増えてる。 




















疑惑画像4:  図3bのコントロール(未刺激)細胞のOct4-GFP(緑色)の蛍光顕微鏡写真(左下)の下部中央になぜか赤い細胞が存在し、さらには、バックグラウンドもControl画像とLow-pH-treated cellsの画像との間で異なるため、ネガコン(陰性対照)画像として不適切という疑惑が浮上しています。
疑惑動画:  
STAP細胞の動画 (Fis-dur日記帳)にて、Nature Article誌論文に掲載されているSTAP細胞の動画2は、「細胞が、酸に暴露され、細胞質を噴出して、死細胞と化し、緑の自家蛍光を発し、マクロファージに食べられ引きずり回される動画」ではないのか?という指摘がなされています。
また、理研提供の動画(Pluripotent cells generated by STAP/ リンパ球初期化3日以内 の動画)の10-11 秒 辺りで、細胞質噴出が確認できます。


この論文については、下記アドレスのPubPeerサイトでも議論されています。




疑惑論文2: Nature Letter 
論文タイトル: "Bidirectional developmental potential in reprogrammed cells with acquired pluripotency"
Nature 505, 676–680 (30 January 2014) doi:10.1038/nature12969
著者: Haruko Obokata (小保方晴子), Yoshiki Sasai (笹井芳樹), Hitoshi Niwa (丹羽仁史), Mitsutaka Kadota (門田満隆), Munazah Andrabi, Nozomu Takata (高田望), Mikiko Tokoro, Yukari Terashita (寺下愉加里), Shigenobu Yonemura (米村重信), Charles A Vacanti (チャールズ・ヴァカンティ, Teruhiko Wakayama (若山照彦)

http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/full/nature12969.html


小保方晴子氏の学位取得申請に重要であったTissue Eng Part A(疑惑論文3)の実験画像においても、多数の類似性が認められており、加工(上下反転など)を行ったうえでの流用の可能性があったことも考慮すると、このNature Letterの論文の疑惑データについても、詳細な調査が求めらます。



疑惑画像5:  Fig1b最右画像とFig2g下画像の胎盤部分だけが、なぜか互いに類似しています。しかも2つの画像の実験条件は互いに異なっています。前者はSTAP細胞のキメラマウス、後者はFI-SCのキメラマウスの写真です。両画像の解像度が異なるためもあり、完全には一致しませんが、二つの画像は異なる実験によって得られたものとされているため、極めて高い類似性を示すことは不自然です。これほどの高い類似性は、不注意ミスであるにせよ、意図的(故意)であるにせよ、同サンプルが複数回撮影されて別目的に使いまわされた可能性や、同一画像の胎盤部分を画像編集加工し流用した可能性などを示唆しています。いずれにしろ、生データ(実験ノート、写真のデジタルデータ、データの作成日や改変日)などを調査しないかぎり、真相は明らかにならないでしょう。

↓ Fig.1bと2gの胎盤画像を比較してください。高い類似性が確認できます。



朝日新聞の記事→ 共著者の山梨大学の若山照彦教授は、「同じマウスで角度が違う写真を2回使ってしまい、一方の削除を忘れた単純ミス」と説明した。若山教授はSTAP細胞を使いマウスを作製し撮影した。一つの胎児に対し向きを変えたりひっくり返したりして何枚も撮影。複数の胎児で計数百枚撮ったという。その結果、小保方さんが勘違いし同じ胎児の写真を使ってしまった。1人で追加実験をしながら図を作製するなど、忙しすぎたことも勘違いの要因の一つという。 加えて「論文を何度も書き直し、最終的に2枚目の写真は本文と関係がなくなっているが、削除を忘れた」と話している。(Nature誌記事における若山照彦教授のコメントも参考にしてください。)

疑惑画像6: Nature Letter論文のFig.1aの胎盤と羊膜のLong exposure(長時間露光)写真は、実際は通常露光写真と緑の蛍光強度が同じであることが判明し、長時間露光では無いのではないか?という疑われています。このバックグラウンドの緑蛍光が長時間露光でも変わっていないという問題は、PubPeerで指摘されています。 また、Fig.1bだけ胎盤の赤い自家蛍光が見えますね。一方、対照のFig.1aのESキメラの胎盤画像にはそのような赤い自家蛍光が見えません。また、胎児の緑の蛍光も、Fig.1aに比べ、Fig.2bが明るくなっています。つまり、両者でサンプルを準備するさいに、何かしらの人為的誤差があった可能性や撮影条件に違いがあった可能性もあり、両者を単純に比較することはできず、Fig.1bのSTAPキメラの胎盤・羊膜の緑蛍光も自家蛍光の可能性もあります。また、Fig.1aとFig.1bのLong exposureの画像は、胎児部分が除かれて胎盤と羊膜の部分だけが掲載されており、不自然という声が前々からあがっていました。論文内の記述によるとSTAPキメラは10匹作製され、そのうち6匹に胎盤、羊膜に緑の蛍光が認められたようですので、著者らはそれらの画像を全て公開し、疑惑を晴らすべきでしょう。

疑惑画像7: 
蛍光の漏れによる、偽陽性シグナルを取り除くため補正が必要です。
FACSの基本中の基本です。

ぼやきの吉村(TCR再構成(2)): "また2報目のExtendedFig.5gのFACSは初心者の学生がやらかしがちな技術的な誤りがあるので注意を喚起しておきたい。単純なことなのでわからないかたはBDなどのメーカーに聞いて下さい。いずれも”酸処理で万能細胞が出来る”という論文の本質には関係ない些細なことかもしれないが、免疫の実験系を勉強してもらうにはよい機会ではないかと思う。"

Contributions

H.O. and Y.S. wrote the manuscript. H.O., Y.S., M.K., M.A., N.T., S.Y. and T.W. performed experiments, and M.T. and Y.T. assisted with H.O.’s experiments. H.O., Y.S., H.N., C.A.V. and T.W. designed the project.
なお、論文におけるContributionにおける記載内容から、
Mikiko Tokoro(野老美紀子)氏と、Yukari Terashita(寺下愉加里)氏が、小保方氏の実験補助をしていたと推測されます。


この論文については、下記アドレスのPubPeerサイトでも議論されています。




疑惑論文3: Tissue Eng Part A 
(小保方晴子氏の学位取得申請において重要であった論文)
論文タイトル:  "The potential of stem cells in adult tissues representative of the three germ layers"
著者: Haruko Obokata (小保方晴子, Koji Kojima (小島宏司), Karen Westerman, Masayuki Yamato (大和雅之), Teruo Okano (岡野光夫), Satoshi Tsuneda (常田聡), Charles A Vacant (チャールズ・ヴァカンティ, Tissue Eng Part A, 17 (2011)

Tissue Eng論文(学位業績)は、類似画像の多さからみて、うっかりミスによる貼り間違えなどという弁明は厳しいでしょう。これほどの多数の類似画像は、データ流用の故意性もしくは著者らのデータ管理の杜撰さ、研究内容の信頼性の低さを示唆しています。
東大医の小室氏(元千葉大医)らのように生データを紛失したとして真相をうやむやにし、プロトコルまで変えて再実験し、大量訂正するという逃れ方もできますが、いずにしろ、データ管理が不十分であると、誰も信用しなくなるでしょう。

なお、小保方晴子氏の学位取得に重要であった"Tissue Eng Part A"の論文のデータ流用疑惑については、この研究に科学研究費が使用されているようなので、文部科学省(日本学術振興会)や早稲田大学へ、制度に度づいて、調査を要求することができます

 → 
(再生医療本格化の為の上皮細胞を中心とした新規組織工学技術の開発 Research Project Number:08J05089)

類似画像8:
Fig.2のFgf5のバンド画像と、Fig.3のNat1のバンド画像が類似しており、データの流用が疑われます。


類似画像9: 
Fig.3のKlf4のバンド画像を上下反転させると、Fig.3のCriptoのバンドがに類似します。また、これらの画像の左から1列目と2列目のバンド画像は、Fig.4のNat1のバンドとも類似しています。上下反転という操作や、3つの実験画像にわたる類似性から、故意によるデータの流用が疑われています。



















類似画像10: Fig.2のKlf4の左から1,2列目のバンド画像が、Fig.3のSox2の左から3,4列目のバンド画像と類似しており、データの流用が疑われています。












追記(2014年02月18日):2014年02月18日の朝日新聞報道によると、早大広報室は「仮に問題の画像が取り消されたとしても、博士論文の趣旨に影響しないと考えている」と発表したとあります。このような「データ流用はあったが論文の結論には影響しない」という趣旨のコメントを、研究不正を調査する立場にある研究機関(早稲田大学)が、調査着手前から、発表したのは異常です。これは調査機関自体が問題や不正を隠蔽する方向に動いていることを示唆しています。早稲田大は、生データを検証したり本人への聞取り調査もせずに、なぜ論文の趣旨に影響しないといえるのでしょうか?少なくとも4つの実験画像に亘ってデータ流用が認められる以上、意図的に行われた可能性や杜撰なデータ管理が推測され、論文の結論やその他データの信頼性も低いのです。

類似画像11: 
小保方晴子氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文のFig.1のFは、小保方晴子氏の博士論文のFig.6のFの画像と、互いに上下反転の関係にあります。不適切なデータ改ざんが疑われます。

↓ Tissue Eng Part A誌論文のFig.1




↓ 博士論文のFig.6



この論文については、下記アドレスのPubPeerサイトで議論してください。
https://pubpeer.com/publications/20883115





疑惑論文4: Nature Protocol 
論文タイトル: "Reproducible subcutaneous transplantation of cell sheets into recipient mice"
著者: Haruko Obokata (小保方晴子, Masayuki Yamato, (大和雅之), Satoshi Tsuneda, Teruo Okano (岡野光夫, Nat Protoc, 6 (2011)
http://www.nature.com/nprot/journal/v6/n7/full/nprot.2011.356.html

小保方晴子氏の2011年のNature Protocol誌の論文は、(株)セルシード社の製品の細胞シートの性能に関するものでした。そして、論文の共著者である東京女子医大の岡野光夫教授や大和雅之教授は(株)セルシードの関係者であり、特に、岡野光夫教授は、有価証券報告書ではこの時点で同社株の大量保有者かつ役員でした(株式会社セルシード(E24158)の有価証券報告書(S0008294)によると東京女子医大の岡野光夫教授は2010年12月31日の時点で、当社株式138,000株と新株予約権1,010個を所有している)。このように、金銭的利益相反問題が存在するにも関わらず、このNature Protocol誌の論文には、”金銭的利益相反は無い(The authors declare no competing financial interests.)”と宣言していました。これらの虚偽記載もまた、彼女らの信用を大きく損なう結果となりました。

 詳細は、利益相反事項の未記載問題を参照してください。


この論文については、下記アドレスのPubPeerサイトで議論してください。

https://pubpeer.com/publications/21720318




早稲田大学大学院 先進理工学研究科 博士論文概要
論文題目 Isolation of pluripotent adult stem cells discovered from tissues derived from all three germ layers (三胚葉由来組織に共通した 万能性体性幹細胞の探索)

小保方晴子氏の博士論文のpdfファイル(剽窃・盗用などの研究不正判明分や、Nature誌へ不正に流用された画像を含む第3章など検証・批評用)⇒ 表紙、目次、BackgroundReferences第3章FiguresAcknowledgementsCurriculum Vitae


博士論文審査報告書によると、この不正で溢れた博士論文を通した早稲田大学の審査員は、 常田聡 早稲田大学教授   武岡真司 早稲田大学教授   大和雅之 東京女子医科大学教授   Charles A. Vacanti (チャールズ・A・ヴァカンティ) ハーバード大学教授 の4人です。



問題1 (博士論文):

小保方晴子氏の博士論文:
"Background"のPdfファイル(表紙、目次含む) "Background"文章のほとんどが NIHの下記サイト(Stem Cell Basics)からの剽窃(盗用)です。


difff《デュフフ》による比較:
青くハイライトされていない部分が剽窃箇所。


最後のイントロ1.5節は自力で書いたように見える(青くハイライトされている)が、これも剽窃(盗用)です。1.5節の第2段落の上記NIHサイトからの剽窃で(文書の順番が変わっているだけ)、1.5節の第2段落は下記文献からの剽窃です。



さらに、Figure 1も、NIHサイト(Appendix A: Early Development)の
Figure A5の図(© 2001 Terese Winslow, Caitlin Duckwall)から剽窃(盗用)されたものです。

下記の小保方氏の博士論文のFigure 1 を NIHサイトの元画像と比較してください。

↓ 小保方晴子氏の博士論文のFig2は、幹細胞研究会のホームページ掲載の図を切り貼りして作製したものです。(写し

肝細胞研究会のホームページには、「Copyright (C) 2007-2009 The Japanese Society for the Research of Hepatic Cells. All Rights Reserved.」の記載があります。



問題2 (博士論文):

小保方晴子氏の博士論文の第2,3,4,5章の各章にはReferencesの項目があり多数の論文を引用していますが、各章の本文自体にはReference番号が一つもなく、どの文章がどの論文を引用しているのか全く不明なのです。また、これらのReferencesは、全てが他の論文からの剽窃(盗用)であり、博士論文の本文とは一つ一つ対応していないと考えられます。

PDFファイル(博士論文の第2,3,4,5章の各章のReferences)
↓ 
(第3章のReferencesは、コピペ操作によりページ範囲が文字化けし、盗用元と同じくABC順になってしまっている)



剽窃(盗用)元の論文
 
「2章」 
1 ~ 23 は 
http://dx.doi.org/doi:10.1089/ten.tea.2010.0385  (学位論文の構成要素)
っぽい? (要検証) 
24 ~ は 

3章」 

4章」 
1 ~ 49 は 
50 ~ 52 は 
http://dx.doi.org/doi:10.1089/ten.tea.2010.0385  (学位論文の構成要素)の31から33

5章」 



問題3 (博士論文):
小保方博士論文の Figure 10(p53)Ectoderm (Hepatocyte)の実験画像は、 

















さらに、小保方博士論文の Figure 10(p53)のMesoderm (Muscle)の実験画像は、





















論文本文中やレジェンド(小保方博士論文 pp.49-50, p.53)では、

3.3Results 3.3.1 Differentiation potential of cells in vitro When representative bone marrow derived spheres were dissociated into single cells and exposed to three different differentiation media, the cells differentiated to express specific genes of the three lineages, Map2 (ectoderm), MyoD (mesoderm) and alpha-fetoprotein (AFP, endoderm) (Fig. 10). 
Figure 10 in vitro differentiation of bone marrow spheres After 6 weeks of culture, cells change their figurations into those of cells representative of three germ layers. 


と記載されており、 Figure 10の画像は、小保方氏自身が実験を行って得られた実験画像であるとしています。よって、これは、実験画像の盗用だけでなく、実験データの捏造の研究不正にもあたります。


調査中
Fig.10のEctodermのNeuronの画像の出所を調査中です。














問題4 (博士論文):
小保方博士論文のFigure 20のマウスの画像は、
Harlan Laboratories, Inc.のホームページに掲載されているC57BL/6 Albino Miceの画像を盗用したものです。(写し


問題5 (博士論文):
小保方晴子氏の博士論文概要の研究業績に、実際には存在しない国際特許が記載されていた疑惑が、上がっています(下記参照)。

小保方晴子氏の博士論文概要の学位申請研究業績書の欄に、”国際特許 Haruko Obokata, Charles A. Vacanti. Sub Population of Retained Embryonic Like Cells”の記載があるが、HARUKO OBOKATAで特許を検索しても、2013年公開のSTAP特許の1件だけ。
特許は出願して1年半で公開されるので、特許出願がなされていないか、 出願したが、公開される前に取り下げたかのどちらかだが、 同じ技術内容が、論文として公開されているので、取り下げる意味はない。詐欺商品の「特許出願中」のようなものかもしれない。通常、国際特許(PCT)は費用がかかるので、 まずは、アメリカに国内出願をして、それから大事だと思ったら、 追加修正を確認した上で、本命のPCTを出願する。 STAPの特許出願はその手順に従っている。 博士論文においては、最初から国際特許と書いているのと、出願番号も書いていない時点で十分怪しい。

国際特許の検索 
英語 
日本語 


同様に、 小保方晴子氏の博士論文のCurriculum Vitae(履歴書)の項目にも、存在が確認できない特許 (Haruko Obokata, Charles A. Vacanti. Sub Population of Retained Embryonic Like Cells) が記載されています。 


問題6 (博士論文):
小保方晴子氏の博士論文審査報告書に、審査員として記載されていたPhDを持っていないVacanti教授の肩書きが誤ってMD, PhDとなっていたことが問題となっていましたが、2014年2月19日に密かに訂正されたようです。しかしながら、訂正に関する告知がないことが、さらに批判を招いています。 旧 博士論文審査報告書
新(訂正後) 博士論文審査報告書 (写し




問題7(博士論文):
小保方晴子氏の博士論文のFig.8Fig.16の電気泳動画像に、上下反転などの不適切な改竄が認められ、さらに、不適切な流用が多岐にわたることから、不注意ミスではなく故意による捏造が疑われています。



↓ Fig.8(博士論文)



↓ Fig.16(博士論文)



なお、この博士論文のFig.8Fig.16は、それぞれ、下記のTissue Eng Part A誌の論文(疑惑論文3)のFig.2とFig.3として、使用されています。

このTissue Eng Part Aの論文は、小保方晴子氏の博士論文概要の学位申請研究業績書にも記載されています。


疑惑論文3: Tissue Eng Part A 
(小保方晴子氏の学位取得申請において重要であった論文)
論文タイトル:  "The potential of stem cells in adult tissues representative of the three germ layers"
著者: Haruko Obokata (小保方晴子, Koji Kojima (小島宏司), Karen Westerman, Masayuki Yamato (大和雅之), Teruo Okano (岡野光夫), Satoshi Tsuneda (常田聡), Charles A Vacant (チャールズ・バカンティ, Tissue Eng Part A, 17 (2011)

Tissue Eng論文(学位業績)は、類似画像の多さからみて、うっかりミスによる貼り間違えなどという弁明は厳しいでしょう。これほどの多数の類似画像は、データ流用の故意性もしくは著者らのデータ管理の杜撰さ、研究内容の信頼性の低さを示唆しています。
東大医の小室氏(元千葉大医)らのように生データを紛失したとして真相をうやむやにし、プロトコルまで変えて再実験し、大量訂正するという逃れ方もできますが、いずにしろ、データ管理が不十分であると、誰も信用しなくなるでしょう。

なお、小保方晴子氏の学位取得に重要であった"Tissue Eng Part A"の論文のデータ流用疑惑については、この研究に科学研究費が使用されているようなので、文部科学省(日本学術振興会)や早稲田大学へ、制度に度づいて、調査を要求することができます

 → 
(再生医療本格化の為の上皮細胞を中心とした新規組織工学技術の開発 Research Project Number:08J05089)

類似画像4: 
Tissue Eng Part Aの論文において、Fig.2のFgf5のバンド画像と、Fig.3のNat1のバンド画像が類似しており、データの流用が疑われます。


類似画像5: 
Tissue Eng Part Aの論文において、Fig.3のKlf4のバンド画像を上下反転させると、Fig.3のCriptoのバンドがに類似します。また、これらの画像の左から1列目と2列目のバンド画像は、Fig.4のNat1のバンドとも類似しています。上下反転という操作や、3つの実験画像にわたる類似性から、故意によるデータの流用が疑われています。http://blog.goo.ne.jp/lemon-stoism/e/008ac025ee1ccf4c694869f09b053ee7



















類似画像6: Fig.2のKlf4の左から1,2列目のバンド画像が、Fig.3のSox2の左から3,4列目のバンド画像と類似しており、データの流用が疑われています。
http://blog.goo.ne.jp/lemon-stoism/e/008ac025ee1ccf4c694869f09b053ee7











問題8(博士論文):

小保方晴子氏の博士論文のFig.6のFの画像は、小保方氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文のFig.1のFと、互いに上下反転の関係にあります。不適切なデータ改ざんが疑われます。

↓ 博士論文のFig.6




↓ Tissue Eng Part A誌論文のFig.1





問題9(博士論文):

博士論文のFig.18の「spinalsphere由来のテラトーマ様の塊」の画像は、小保方氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文Fig.6のDでは「pneumosphere由来のテラトーマ様の塊」の画像として異なる目的のために使用されており、不適切なデータであることが疑われます。

さらに、博士論文のFig.19の「pneumosphere由来のテラトーマ様の塊」の画像は、小保方氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文Fig.6のBでは「spinalsphere由来のテラトーマ様の塊」の画像として異なる目的のために使用されており、不適切なデータであることが疑われます


↓ 博士論文のFig.18の「spinalsphere由来のテラトーマ様の塊」の画像






















↓ 博士論文のFig.19の「pneumosphere由来のテラトーマ様の塊」の画像


↓ 小保方氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文のFig.6






問題10(博士論文):

小保方晴子氏の博士論文のFig17のspinal由来、muscle由来、lung由来の3画像が、それぞれ、T&E誌論文のFig5では、myo由来(C)、pneumo由来(B)、spinal由来(A) として間違って使用されている

(博論:spinal→TE:myo, 博論:muscke→TE:pneumo, 博論:lung→TE:spinal)


↓ 博士論文のFig.17




















↓ 小保方氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文のFig.5


↓ 小保方氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文のFig.5のレジェンド
FIG. 5. Differentiation assay of spheres derived from different adult tissue types into cells representative of the three germ layers. Differentiation assay from spinal spheres (A) into neural cells (i, ii, and iii), muscle cells (iv, v, and vi), and hepatocytes (vii, viii, and ix). bIII tubulin-expressing neurons are shown in green (i), GFAP-expressing glias are shown in red (ii), and O4- expressing oligodendrocytes are shown in red (iii). a-smooth muscle actin-expressing smooth muscle cells are shown in red (iv), myosin-expressing cells are shown in green (v), and desmin-expressing cells are shown in red (vi). AFP-expressing cells are shown in red (vii), albumin-expressing cells are shown in red (viii), and CK18 are shown in green (ix). Differentiation assay from pneumospheres (B) into neural cells (i, ii, and iii), muscle cells (iv, v, and vi), and hepatocytes (vii, viii, and ix). bIII tubulinexpressing neurons are shown in green (i), GFAP-expressing glias are shown in red (ii), and O4-expressing oligodendrocytes are shown in red (iii). a-smooth muscle actin-expressing smooth muscle cells are shown in red (iv), myosin-expressing cells are shown in green (v), and desmin-expressing cells are shown in red (vi). AFP-expressing cells are shown in red (vii), albuminexpressing cells are shown in red (viii), and CK18 are shown in green (ix). Differentiation assay from myospheres (C) into neural cells (i, ii, and iii), muscle cells (iv, v, and vi) cells, and hepatocytes (vii, viii, and ix). bIII tubulin-expressing neurons are shown in green (i), GFAP-expressing glias are shown in red (ii), and O4-expressing oligodendrocytes are shown in red (iii). a-smooth muscle actin-expressing smooth muscle cells are shown in red (iv), myosin-expressing cells are shown in green (v), and desminexpressing cells are shown in red (vi). AFP-expressing cells are shown in red (vii), albumin-expressing cells are shown in red (viii), and CK18 are shown in green (ix). Nuclei were stained with 40,6-diamidino-2-phenylindole (DAPI). Scale bars: 50mm.


問題11(博士論文):
小保方晴子氏の博士論文のFig14下段の骨髄sphere由来テラトーマ免疫染色画像が、小保方晴子氏のNature Article論文のFig.2e下段のSTAP細胞由来テラトーマ免疫染色画像に流用されています。


問題12(博士論文):

小保方晴子氏の博士論文のFig.11中央の骨髄sphere由来Mesoderm免疫染色画像が、小保方晴子氏のNature Article論文Fig.2d中央下段のSTAP細胞由来Mesoderm免疫染色画像に流用されています。





追記(2014年02月18日):2014年02月18日の朝日新聞報道によると、早大広報室は「仮に問題の画像が取り消されたとしても、博士論文の趣旨に影響しないと考えている」と発表したとあります。このような「データ流用はあったが論文の結論には影響しない」という趣旨のコメントを、研究不正を調査する立場にある研究機関(早稲田大学)が、調査着手前から、発表したのは異常です。これは調査機関自体が問題や不正を隠蔽する方向に動いていることを示唆しています。早稲田大は、生データを検証したり本人への聞取り調査もせずに、なぜ論文の趣旨に影響しないといえるのでしょうか?少なくとも4つの実験画像に亘ってデータ流用が認められる以上、意図的に行われた可能性や杜撰なデータ管理が推測され、論文の結論やその他データの信頼性も低いのです。


調査中

Fig.3


本文中におけるFig.3に関する文章:

2. ISOLATION OF SMALL CELLS

2.1 Introduction

2.1.1 Stem cells and small cells
Generally speaking, stem cells are small. The ratio of cytoplasm and nuclear is one
of remarkable indexes of stem cells. However, the isolation method of only small
cells is yet established.

2.1.2 Stem cells and sphere formation
Sphere formation is recognized as one of the results of stem cell property since stem
cell is recognized that they have strong proliferative potential and self-renewal
potency. Recently, many reports demonstrated that various adult tissues
contained sphere forming cells. Cells derived from many adult tissues, including
retina, brain, cornea, olfactory neuroepithelium, pancreas, skin, muscle and bone
marrow have been propagated as non-adherent clusters or spheres, as have
embryonic stem cells. Cells contained within the spheres described in those reports,
exhibit neural lineage markers and appear to possess varying degrees of stem cell
potency. We believe that adult stem cells described in various reports represent the
same adult stem cells at different stages of development, expressing different
degrees of potency. Sphere forming cells are much more immature than previously
expected. We hypothesized that adult stem cells procured from any tissue,
endoderm, mesoderm or ectoderm, could demonstrate a wide multipotency and
cross germ layers when maintained in appropriate environments.
Therefore, we first investigated how to isolate small cells. And then we examined if
they had sphere forming potency in the serum-free condition.

2.2 Experimental

2.2.1 Isolation of small cells
Bone marrow, lung, muscle and spinal cord tissues were procured from 3- to
4-week-old C57BL/6J mice as described below. Bone marrow was acquired by
flushing femur and tibia with culture media using an insulin syringe. Cells
were plated at 1x10^ cells/cm" in F12/DMEM (1:1, v/v) supplemented with 2% B27,
20ng/ml bFGF and lOng/ml EGF
To isolate small cells from murin bone marrow, the following three types of methods
were examined.
A. Cell sorter
Forward scatter was calibrated by size-defined beads. Less
than 8 micro meters in diameter cells were isolated.
B. Optimistic pressure
Bone marrow cells were exposed to low optimistic pressure
liquid to destroy mature cells.
C. Trituration using thin-glass pipette
Standard glass pipettes were burned and stretched out to
make thin tips. Mature cells were passed through thin glass
pipettes many times and destroyed by mechanical stress.
Obtained small cells were cultured in serum free medium, and appeared spheres
were counted as a number of stem cells.
2.2.2 Characterization of small cells
Immunohistochemistry. Protein expression was assessed using
immunohistochemical techniques as described below. Each slide was incubated with
anti-c-kit rat monoclonal antibody, anti-Sca-1 rat monoclonal antibody or
anti-E-cadherin rat monoclonal antibody. After washing with PBS, the cells were
incubated with goat anti-rat IgG Texas Red-conjugated antibodies and goat anti-rat
IgG Fluorescein-conjugated antibodies. SSEA-1 and Alkaline phosphatase (AP)
staining was performed using the ES cell detection Kit
Single sphere RT-PCR. Single spheres were individually collected under the
microscope. Total RNA was extracted from each single sphere, and then subjected to
oligo-dT-primed reverse transcription (RT). RT-PCR was performed using TaqDNA
polymerase on an iCycler for 35 cycles.

2.3 Results
2.3.1 Sphere forming from isolated cells
Trituration and optimistic pressure produced spheres. Whereas, cell sorter did not
produced any spheres. Trituration produced most number of spheres. Therefore, we
utilized trituration as the isolation method of small cells.
2.3.2 Effect of trituration
After the trituration, the population of small cells was increased comparing to
native bone marrow cells (Fig. 3A and B). However not all of cells over 8 micro
meters in diameter disappeared. Triturated cells formed spheres during culture.
Interestingly, spheres were consisted of only small cells (Fig. 3C). Thus, it was
demonstrated that trituration enabled to culture and grow only small cells.


調査中

Fig.12

↓ Figure 12のレジェンドにおいて、(I) の図に関する説明分がなく、怪しい。






















Figure 12 Mesenchymal lineage differentiation.
Dissociated spheres were plated into serum-containing medium and cultured for
14*21 days. Plated cells differentiated into mesenchymal lineage cells even plated
cells were from spheres derived from endoderm or ectoderm tissues.
Marrow spheres differentiated into condrocytes (A), adipocytes (B) and osteocytes
(C). Pnemospheres differentiated into condrocytes (D), adipocytes (E) and osteocytes
(F). Spinalspheres differentiated into condrocytes (G) and adipocytes (H).




利益相反問題1
 小保方晴子氏の2011年のNature Protocol誌の論文は、(株)セルシード社の製品の細胞シートの性能に関するものでした。そして、論文の共著者である東京女子医大の岡野光夫教授や大和雅之教授は(株)セルシードの関係者であり、特に、岡野光夫教授は、有価証券報告書ではこの時点で同社株の大量保有者かつ役員でした。このように、金銭的利益相反問題が存在するにも関わらず、このNature Protocol誌の論文には、”金銭的利益相反は無い(The authors declare no competing financial interests.)”と宣言していました。これらの虚偽記載もまた、彼女らの信用を大きく損なう結果となりました。 
 ノバルティスのディオバン臨床研究不正事件でも問題になりましたが、このような利益相反事項(論文出版により金銭的利益を得たり失ったりする可能性のある企業の社債や株の保有など)は、論文投稿の際に開示するべきとされています。特にNature Publishing はこの点に厳しく、その規定(Nature journals' competing financial interests policy)で、投稿する際には、投稿論文に利益相反があるのか無いのか、明記することを義務付けています。

↓ Nature Protocolの論文より引用 
Competing financial interests The authors declare no competing financial interests.

以下の3項目は、Natureの規定で、"金銭的利益相反(Competing financial interests)"として定義された具体的項目です。
1) Funding: Research support (including salaries, equipment, supplies, reimbursement for attending symposia, and other expenses) by organizations that may gain or lose financially through this publication.
2) Employment: Recent (while engaged in the research project), present or anticipated employment by any organization that may gain or lose financially through this publication.
3) Personal financial interests: Stocks or shares in companies that may gain or lose financially through publication; consultation fees or other forms of remuneration from organizations that may gain or lose financially; patents or patent applications whose value may be affected by publication.
(日本語訳)
1) 研究資金: 論文出版により利益を得たり失ったりする可能性のある組織(団体)からの研究補助(給与、装置、備品、シンポジウム出席のための支援、その他の経費)
2) 雇用: 論文出版により利益を得たり失ったりする可能性のある企業によって、最近(研究プロジェクトに従事している間)、現在、あるいは将来的に雇用されること
3) 個人的な金銭的利益: 論文出版により金銭的利益を得たり失ったりする可能性のある企業の社債や株、金銭的利益を得たり失ったりする可能性のあるコンサルタント費やその他の報酬、論文出版によってその価値が影響を受ける可能性のある特許、または特許申請。

利益相反問題2
Tissue Eng Part A. 2011 Jun;17(11-12):1507-15. doi: 10.1089/ten.TEA.2010.0470. Epub 2011 Apr 12.

Development of osteogenic cell sheets for bone tissue engineering applications.

Pirraco RP1, Obokata H (小保方晴子, Iwata T, Marques AP, Tsuneda S, Yamato M (大和雅之, Reis RL, Okano T (岡野光夫.
  • 1Institute of Advanced Biomedical Engineering and Science, Tokyo Women's Medical University, Tokyo, Japan.
東京女子医大の岡野光夫教授が責任著者の上記のTISSUE ENGINEERING誌論文(小保方晴子氏は第二著者)はセルシード社の関連の深い細胞シートに関する研究の報告をしています。
そして、論文出版当時、岡野教授はセルシード社大株主で役員でした。
しかしながら、岡野光夫教授らは論文中において、これらの事実に反して、金銭的利益相反を否定しています。
具体的に説明すると、Tissue Eng Part A誌( 17(11-12), 1507-1515.)論文中の "Disclosure Statement"の項目に、 "No competing financial interests exist." との虚偽記載があります。

なお、セルシード社ホームページのBone marrow stromal cells(骨髄間質細胞)の項でも、このTissue Eng Part A誌( 17(11-12), 1507-1515.)の論文は紹介されています。

利益相反問題3

 小保方晴子氏ら理研、チャールズ・バカンティ教授らのハーバード大学医学部ブリガム&ウィメンズ病院、大和雅之氏の東京女子医科大学は、共同で、STAP細胞に関わる国際特許(WIPO Pub. No.: WO/2013/163296:HTMLPDF)を出願しています。
  問題1で述べたように、特に、Natureグループの雑誌では、このような利益相反事項(論文掲載の可否によって価値が変わるような特許を出願している場合など)は、論文投稿の際に開示する義務があります。 
 しかしながら、小保方晴子氏らは、下記のように、Nature Articleの論文 (疑惑論文2)において、"金銭的利益相反(Competing financial interests)は無し"と明記しているのです。小保方氏らは、Natureが定義している”Personal financial interests(個人的な金銭的利益)”の項目に違反しています。一方、「職務発明の対価は法人が決めるので、本件は、Natureの規約の"個人の金銭的利益(Personal financial interests)"には該当しない」と擁護する意見もあります。しかしながら、東大理学部教授のRobert Geller氏は、「例えば投稿時に編者にそう説明したて編者がそれを認めたら問題ないですが、いまそれを言うなら詭弁でしょうね。」と述べています。
  
↓ Nature Articleの論文より引用 
Competing financial interests
The authors declare no competing financial interests.



疑惑論文1: Nature Article や特許における文章剽窃(盗用)疑惑 1件目


小保方晴子らのNature Article論文の”Methods”のセクションにおける”Karyotype analysis”の文章の一部は、ドイツの研究者(Jianli Guoら)が2005年にIn Vitro Cell Dev Biol Anim.誌で発表した論文の文章から拝借したものですが、拝借元の論文を引用していないことが明らかとなり、問題となっています。
下記の文章で、赤く太文字でハイライトされている部分がJianli Guoらの論文と同一の文章です。 さらに、青く太文字でハイライトされている部分が、Jonathan Landryの博士論文(Dissertation)と同一の文章です。



Guo Jianliらの論文との比較
赤く太文字でハイライトされている部分が同一


小保方氏らのNature Article論文: "Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency"
Nature 505, 641–647 (30 January 2014) 
著者: Haruko Obokata (小保方晴子, Teruhiko Wakayama (若山照彦), Yoshiki Sasai (笹井芳樹), Koji Kojima (小島宏司), Martin P. Vacanti (マーティン・バカンティ), Hitoshi Niwa (丹羽仁史), Masayuki Yamato (大和雅之), Charles A. Vacanti (チャールズ・ヴァカンティ


Karyotype analysis
Karyotype analysis was performed by Multicolor FISH analysis (M-FISH). Subconfluent STAP stem cells were arrested in metaphase by colcemid (final concentration 0.270 µg ml−1) to the culture medium for 2.5 h at 37 °C in 5% CO2. Cells were washed with PBS, treated with trypsin and EDTA (EDTA), re-suspended into cell medium and centrifuged for 5 min at 1,200 r.p.m. To the cell pellet in 3 ml of PBS, 7 ml of a pre-warmed hypotonic 0.0375 M KCsolution was added. Cells were incubated for 20 min at 37 °C. Cells were centrifuged for 5 min at 1,200 r.p.m. and the pellet was re-suspended in 3–5 ml of 0.0375 M KC1 solution. The cells were fixed with methanol/acetic acid (3:1; vol/vol) by gently pipetting. Fixation was performed four times before spreading the cells on glass slides. For the FISH procedure, mouse chromosome-specific painting probes were combinatorially labelled using seven different fluorochromes and hybridized as previously described41For each cell line, 9–15 metaphase spreads were acquired by using a Leica DM RXA RF8 epifluorescence microscope (Leica Mikrosysteme GmbH) equipped with a Sensys CCD camera (Photometrics). Camera and microscope were controlled by the Leica Q-FISH software (Leica Microsystems). Metaphase spreads were processed on the basis of the Leica MCK software and presented as multicolour karyograms.


Guo Jらの論文: Multicolor karyotype analyses of mouse embryonic stem cells.

  • Materials and Methods 
  • Chromosome preparation
  • Metaphase spreads of the ES cells were performed as follows. Subconfluent ES cells were arrested in metaphase by adding colcemid (final concentration 0.270 μg/ml) to the culture medium for 2.5 h at 37° C in 5% CO2. Cells were washed with PBS, treated with trypsin-ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA), resuspended into cell medium and centrifuged for 5 min at 1200 rpm. To the cell pellet in 3 ml of PBS, 7 ml of a prewarmed hypotonic 0.0375 M KCl solution was added. Cells were incubated for 20 min at 37° C. Cells were centrifuged for 5 min at 1200 rpm and the pellet was resuspended in 3–5 ml of 0.0375 M KCl solution. The cells were fixed with methanol/acetic acid (3:1, vol:vol) by gently pipetting. Fixation was performed four times prior to spreading the cells on glass slides.
  • Multicolor FISH analysis (M-FISH)
    For M-FISH analysis mouse chromosome–specific painting probes were combinatorially labeled using seven different fluorochromes and hybridized as previously described (Jentsch et al., 2003). For each cell line 9–15 metaphase spreads were acquired by using a Leica DM RXA RF8 epifluorescence microscope (Leica Mikrosysteme GmbH, Bensheim, Germany) equipped with a Sensys CCD camera (Photometrics, Tucson, AZ). Camera and microscope were controlled by the Leica Q-FISH software (Leica Microsystems Imaging solutions, Cambridge, United Kingdom). Metaphase spreads were processed on the basis of the Leica MCK software and presented as multicolor karyograms.
なお、文章の拝借元における塩化カリウムを意味する"KCl"という正しい表記が、小保方論文では"KC1"という無意味な言葉になっています。さらに、小保方論文では、EDTA (EDTA) と、ethylenediaminetetraacetic acidの略称であるEDTAを誤って連続して記載しています。なぜ、このような初歩的ミスが起こったかは不明ですが、自分で文章を作成せず、他者論文の文章を拝借したことが一因であるかもしれません。

上記の拝借された文章の中には、ライカ社(Leica Mikrosysteme GmbH)の DM RXA RF8 落射蛍光顕微鏡(epifluorescence microscope )と、フォトメトリクス (Photometrics)の Sensys CCD カメラの実験機器名も含まれています。小保方氏らは、実験方法の文章を拝借するだけでなく、わざわざ、Guo Jianliドイツの研究者が用いた実験機器と同一のものを用いて実験をしたのでしょうか?そのようなことが果たして可能なのでしょうか?

このライカの DM RXA 顕微鏡も、フォトメトリクスの Sensys CCD カメラも、1990年代末から2000年代前半に販売されていたもので既に製造中止になっている機種です。 また、Sensys カメラのウェブサイトには、 「Then turn your computer back on and boot Windows 98/2000/ME/XP again.」と記載されており、Win 98が現役だったような時代の懐かしい製品です。よって、小保方氏らが研究室を立ち上げるときに、このような古い実験機器を新規に購入することは不可能であり、また中古品も出回っていません。
(フォトメトリクスの パンフレットによると、このSensys CCD カメラ は専用PCIカードで画像を取り込むタイプで、 30~200万画素程度のものでカメラに放熱フィンが付いている非常に古いカメラです。)

小保方ら論文著者はKC1などのOCRの誤認識に基づく誤記をそのままにして剽窃していることから、ほとんど剽窃文章の中身を吟味していないことが推測され、実験機器名に関しても実際には使用していないにも関わらずそのまま剽窃して記載してしまった可能性があります。これらのことから、そもそも、このMaterials and Methodsに書かれているKaryotype analysis(核型分析)実験は、論文の記述通りには行われていなかった可能性が推測されます。これらの疑惑を晴らすためには、小保方研究室、笹井研究室、若山研究室、ヴァカンティ研究室、あるいは理研などの彼らが所属する研究施設の共有実験機器のいずれかに上記の実験機器が存在し、これらの機器を使用して実際に実験を行ったことを生データにより示すしかありません。あるいは、論文内には外注したとは記載されていませんが、もし、この実験が外注により外部機関により行われていたとしたら、その外部機関から送られてきた報告書を確認する必要があるでしょう。

なお、Guo Jianli氏らの原論文では「DM RXA RF8 epifluorescence microscope (Leica Mikrosysteme GmbH, B ensheim, Germany) equipped with a Sensys CCD camera (Photometrics, Tucson, AZ). 」 と書いてあったのを、小保方氏らの論文ではわざわざメーカーの所在地や国名を削除して書き換えています。 もし、実際はもっと新しい機種や他のメーカーの機種を使っていたのなら、わざわざ実際使ったのとは違う機種の名前を残しつつ国名だけ消すのではなく、実際に使用している機種に合わせて記述を直すはずです。(執筆者ではなくてコピーエディターが書き換えた可能性も否定できませんが)

小保方氏らの特許: さらに、この文章は、小保方晴子氏らが出願した特許(原文PDF)中の下記文章の一部においても拝借されています。特許においても、KC1という誤記が見られます。さらに、Guo論文における"imaging"が、特許においては"hanging"という文脈上間違った単語に変換されています。
[00290] Karyotype analysis. Karyotype analysis was performed by Multicolor FISH analysis (M-FISH). Subconfluent STAPS cells were arrested in metaphase by colcemid (final concentration 0.270 μg/ml) to the culture medium for 2.5 h at 37°C in 5% CO2. Cells were washed with PBS, treated with trypsin/ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA), resuspended into cell medium and centrifuged for 5 min at 1200 rpm. To the cell pellet in 3 ml of PBS, 7 ml of a prewarmed hypotonic 0.0375 M KC1 solution was added. Cells were incubated for 20 min at 37°C. Cells were centrifuged for 5 min at 1200 rpm and the pellet was resuspended in 3-5 ml of 0.0375 M KCsolution. The cells were fixed with methanol/acetic acid (3: 1; vol/vol) by gently pipetting. Fixation was performed four times prior to spreading the cells on glass slides. For the FISH procedure, mouse chromosome-specific painting probes were combinatorially labeled using seven different fluorochromes and hybridized as previously described (Jentsch et al, 2003). For each cell line, 9-15 metaphase spreads were acquired by using a Leica DM RXA RF8 epifluorescence microscope (Leica Mikrosysteme GmbH, Bensheim, Germany) equipped with a Sensys CCD camera (Photometries, Tucson, AZ). Camera and microscope were controlled by the Leica Q-FISH software (Leica Microsystems hanging solutions, Cambridge, United Kingdom). Metaphase spreads were processed on the basis of the Leica MCK software and presented as multicolor karyograms.

Jonathan Landryの博士論文(Dissertation)との比較
青く太文字でハイライトされている部分が同一 

小保方氏らのNature Article論文: "Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency"
Nature 505, 641–647 (30 January 2014) 
著者: Haruko Obokata (小保方晴子, Teruhiko Wakayama (若山照彦), Yoshiki Sasai (笹井芳樹), Koji Kojima (小島宏司), Martin P. Vacanti (マーティン・バカンティ), Hitoshi Niwa (丹羽仁史), Masayuki Yamato (大和雅之), Charles A. Vacanti (チャールズ・ヴァカンティ
Karyotype analysisKaryotype analysis was performed by Multicolor FISH analysis (M-FISH). Subconfluent STAP stem cells were arrested in metaphase by colcemid (final concentration 0.270 µg ml−1) to the culture medium for 2.5 h at 37 °C in 5% CO2. Cells were washed with PBS, treated with trypsin and EDTA (EDTA), re-suspended into cell medium and centrifuged for 5 min at 1,200 r.p.m. To the cell pellet in 3 ml of PBS, 7 ml of a pre-warmed hypotonic 0.0375 M KCsolution was added. Cells were incubated for 20 min at 37 °C. Cells were centrifuged for 5 min at 1,200 r.p.m. and the pellet was re-suspended in 3–5 ml of 0.0375 M KC1 solution. The cells were fixed with methanol/acetic acid (3:1; vol/vol) by gently pipetting. Fixation was performed four times before spreading the cells on glass slides. For the FISH procedure, mouse chromosome-specific painting probes were combinatorially labelled using seven different fluorochromes and hybridized as previously described41. For each cell line, 9–15 metaphase spreads were acquired by using a Leica DM RXA RF8 epifluorescence microscope (Leica Mikrosysteme GmbH) equipped with a Sensys CCD camera (Photometrics)Camera and microscope were controlled by the Leica Q-FISH software (Leica Microsystems). Metaphase spreads were processed on the basis of the Leica MCK software and presented as multicolour karyograms.


Jonathan Landryの博士論文Dissertation by Jonathan Landry

(submitted to the Combined Faculties for the Natural Sciences and for Mathematics of the Ruperto-Carola University of Heidelberg, Germany for the degree of Doctor of Natural Sciences)

The genomic and transcriptomic landscape of HeLa cells.

  • Presented by Jonathan Landry born in Lyon, France Oral examination: 06/12/2012
  • 3.4.4 Multicolor fluorescent in situ hybridization (M-FISH)
  • Metaphase spreads of HeLa cells were performed as follows. Subconfluent HeLa cells were arrested in metaphase by adding colcemid (final concentration 0.270 μg/ml) to the culture medium for 2.5 h at 37° C in 5% CO2. Cells were washed with PBS, treated with trypsin-ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA), resuspended into cell medium and centrifuged for 5 min at 1200 rpm. To the cell pellet in 3 ml of PBS, 7 ml of a prewarmed hypotonic 0.0375 M KCsolution was added. Cells were incubated for 20 min at 37° C. Cells were centrifuged for 5 min at 1200 rpm and the pellet was resuspended in 3–5 ml of 0.0375 M KCl solution. The cells were fixed with methanol/acetic acid (3:1vol:vol) by gently pipetting. Fixation was performed four times prior to spreading the cells on glass slides. For M-FISH analysis, chromosome–specific painting probes were labeled using DOP-PCR amplified DNA using 7 different fluorochromes in a combinatorial manner and hybridized as previously described [130]. Twelve metaphase spreads were acquired by using a Leica DM RXA RF8 epifluorescence microscope (Leica Mikrosysteme GmbH, Bensheim, Germany) equipped with a Sensys CCD camera (Photometrics, Tucson, AZ). Camera and microscope were controlled by the Leica MCK-FISH software (Leica Microsystems Imaging solutions, Cambridge, United Kingdom). Metaphase spreads were processed on the basis of the Leica MCK software and presented as multicolor karyotypes.


さらに、小保方氏らのNature Article論文、文章が類似していたGuo氏やLandry氏らの論文の、3つのいずれの論文も、下記のJentsch I氏らのCytogenet Genome Res.誌の論文を引用していましたので、Jentsch氏の論文と比較してみましたが、全く異なる文章でした。つまり、小保方氏らの論文は実験方法を開発したJentsch氏らの論文から文章をコピペしたのではなく、Jentsch氏らを参考にして実験を行ったGuo氏らが作成した文章を剽窃した可能性が高いと思われます。なぜ、Landry氏の博士論文がGuo氏の論文に類似しているかどうかについては不明です。

Seven-fluorochrome mouse M-FISH for high-resolution analysis of interchromosomalrearrangements.

Jentsch I1Geigl JKlein CASpeicher MR.
Institut für Humangenetik, Technische Universität München, München, Germany.

(以下検証用にMaterials and Methodsの部分だけを引用)
Materials and methods
 Preparation of mouse painting probes and of fluorochrome DNA pools The generation of mouse chromosome-specific painting probes (Rabbitts et al., 1995) and their amplification by “primary” and “secondary DOPPCR” was described previously (Jentsch et al., 2001). Similar to our human 7-Fluor M-FISH approach (Azofeifa et al., 2000) we generated a DNA pool for each fluorochrome according to the labeling scheme shown in Fig. 2. For example, the DEAC-pool consisted of painting probes for chromosomes 3, 5, 10, 11, 14, and Y; the FITC pool of chromosomes 3, 8, 13, 15, 19, and X, and so on. Each painting probe was carefully calibrated to have the same fluorescent intensity after FISH according to our previously described protocols (Eils et al., 1998). After PCR labeling, the length of the DNA was adjusted by DNase I digestion to a size of 300– 700 bp.
Preparation of the mouse M-FISH hybridization mix The hybridization mix was prepared by overnight ethanol precipitation of 6 Ìl of the DEAC-, 7 Ìl of the FITC-, 6 Ìl of the Cy3-, 2.5 Ìl of the Texas Red- (= Cy3.5), 6 Ìl of the Cy5-, 2.5 Ìl of the biotin- (= Cy5.5) and 3 Ìl of the digoxigenin- (= Cy7) labeled PCR product, together with 60 Ìl of mouse Cot-1 DNA and 20 Ìg salmon sperm DNA. After centrifugation at 13,000 rpm for 30 min at 4 ° C followed by a washing step with 70 % ethanol, the pellet was resuspended in the hybridization mix, consisting of 50 % formamide, 20% dextran sulfate, and 2× SSC.
Induction of chromosomal aberrations and preparation of mouse chromosomes The mouse chromosome preparations from mouse cell lines AG12 TUBO and TSA were done as described previously (Weaver et al., 1999) with some modifications. In brief, the spleen was isolated from mouse and transported in a tissue culture flask with RPMI/FBS. After homogenization with RPMI, the cells were incubated in a culture flask with RPMI, FBS, concanavalin A, LPS, ß-mercaptoethanol. After 48 h incubation, the cells were treated with colcemid and 0.075 M KCl and fixed in methanol/acetic acid.
 Hybridization, post-hybridization washes and detection of indirectly labeled probes The probe mixture was denatured for 7 min at 78 ° C and then preannealed for about 20 min at 37 ° C. The slides were denatured in 70 % formamide, 2× SSC for about 2.5 min at 72 ° C. After passage through an ethanol series on ice, the slides were air-dried and the hybridization mixture was added to the slide. The hybridization field was sealed with a cover slip and rubber cement, and the slides were incubated for two nights at 37 ° C.
 Following hybridization, the slides were washed in 4× SSC/Tween three times 5 min each at 42 ° C to remove the cover slip and then three times (5 min each) with 1× SSC at 60 ° C. The slides were blocked in 3% BSA in 4× SSC/Tween and incubated for 30 min at 37 ° C. After blocking, avidin Cy5.5 (1:100 in 4% SSC/Tween plus 1% BSA) and anti-digoxigenin-Cy7 (1:50 in 4× SSC/Tween plus 1% BSA) were added to the slides and incubated for at least 45 min in a moist chamber at 37 ° C. The slides were then washed three times (5 min each) in 4× SSC/Tween at 45 ° C, counterstained with DAPI (4),6-diamidino-2-phenylindole) and mounted in p-phenylenediamine dihydrochloride antifade solution.
 Epifluorescence microscopy Slides were visualized using a Leica DMRXA-RF8 epifluorescence microscope equipped with special filter blocks (Chroma Technology, Brattleboro, VT) as described (Eils et al., 1998). For image acquisition, a Sensys CCD camera (Photometrics) with a Kodak KAF 1400 chip was used. Both the camera and microscope were controlled with Leica Q-FISH software (Leica Microsystems Imaging Solutions, Cambridge, UK). Images were analyzed using the Leica MCK-Software package (Leica Microsystems Imaging Solutions, Cambridge, UK/Eils et al., 1998).





疑惑論文1: Nature Article における文章剽窃(盗用)疑惑 2件目

小保方晴子氏らのNature誌のSTAP細胞に関する論文(Article)において、 ”新たな” 文章剽窃(盗用)が疑われています。 2006年にMerck Milliporeに買収されたChemicon社のURLや同社の古い試薬名(CpGenome DNA modification kit)までコピペしていたことが指摘されています。この試薬を使ったDNAメチル化の評価実験は、実際には行われていなかったのではないか?と疑われています。


Robert Blellochらの論文との比較
赤く太文字で強調されている部分が同一


小保方氏らのNature Article論文: "Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency"
Nature 505, 641–647 (30 January 2014) 
著者: Haruko Obokata (小保方晴子, Teruhiko Wakayama (若山照彦), Yoshiki Sasai (笹井芳樹), Koji Kojima (小島宏司), Martin P. Vacanti (マーティン・バカンティ), Hitoshi Niwa (丹羽仁史), Masayuki Yamato (大和雅之), Charles A. Vacanti (チャールズ・ヴァカンティ

Bisulphite sequencing
GFP-positive cells in STAP clusters were collected by FACS Aria. Genomic DNA was extracted from STAP cells and analysed. Bisulphite treatment of DNA was performed using the CpGenome DNA modification kit (Chemicon, http://www.chemicon.com), following the manufacturer’s instructions. The resulting modified DNA was amplified by nested PCR using two forward (F) primers and one reverse (R) primer: Oct4 (F1, 5′-GTTGTTTTGTTTTGGTTTTGGATAT-3′; F2, 5′-ATGGGTTGAAATATTGGGTTTATTTA-3′; R, 5′-CCACCCTCTAACCTTAACCTCTAAC-3′). And Nanog (F1, 5′-GAGGATGTTTTTTAAGTTTTTTTT-3′; F2, 5′-AATGTTTATGGTGGATTTTGTAGGT-3′; R, 5′-CCCACACTCATATCAATATAATAAC-3′). PCR was done using TaKaKa Ex Taq Hot Start Version (RR030A). DNA sequencing was performed using a M13 primer at the Genome Resource and Analysis Unit, RIKEN CDB.

Robert Blellochらの論文: Reprogramming efficiency following somatic cell nuclear transfer is influenced by the differentiation and methylation state of the donor nucleus.

Northern and Bisulfite Sequencing

For Northern analysis, 10 μg per sample of total RNA isolated using Trizol (Invitrogen, Carlsbad, CA, http://www.invitrogen.com) was run in each lane and then transferred to Gene Screen (PerkinElmer Life and Analytical Sciences, Boston, http://www.perkinelmer.com). The resulting membranes were probed using cDNAs spanning the open reading frames of the corresponding genes and washed under high stringency conditions (0.2× standard saline citrate, 65°C for 45 minutes) before exposure to film. Bisulfite treatment of DNA was done using the CpGenome DNA Modification Kit (Chemicon, Temecula, CA, http://www.chemicon.com) following the manufacturer's instructions. The resulting modified DNA was amplified by nested polymerase chain reaction (PCR) using two forward (F) primers and one reverse (R) primer: Oct4 (F1, GTTGTTTTGTTTTGGTTTTGGATAT; F2, ATGGGTTGAAATATTGGGTTTATTTA; R, CCACCCTCTAACCTTAACCTCTAAC) and Nanog (F1, GAGGATGTTTTTTAAGTTTTTTTT; F2, AATGTTTATGGTGGATTTTGTAGGT; R, CCCACACTCATATCAATATAATAAC). The first round of PCR was done as follows: 94°C for 4 minutes; five cycles of 94°C for 30 seconds, 56°C for 1 minute (−1°C per cycle), 72°C for 1 minute; and 30 cycles of 94°C for 30 seconds, 51°C for 45 seconds, and 72°C for 1 minute, 20 seconds. The second round of PCR was 94°C for 4 minutes; 30 cycles of 94°C for 30 seconds, 53.5°C for 1 minute, and 72°C for 1 minute 20 seconds. The resulting amplified products were gel-purified (Zymogen, Zymo Research, Orange, CA, http://www.zymoresearch.com), subcloned into the TOPO TA vector (Invitrogen), and sequenced using the M13F&R primers.



理研の調査委員会の中間報告の問題点 その2

Bisulphite sequencingにおける文章類似の件は、「2006年に消滅した会社の古い実験試薬の名前までコピペしているため、論文の記述通りに実験を行っていないのではないのか?」ということが問題であるにも関わらず、調査委員会では、その問題を全く認識していないか、無視していました。実験試薬の購入記録、実験のノートにおける記録など、全て洗いざらい調査するべきです。
Bisulphite sequencingの文章類似の件の問題点は、小保方研ができたのは2011年であるにも関わらず、2006年に消滅した会社の試薬を使用しているという点です。しかしながら、理研の調査委の中間報告では、その問題点に全く触れていません。



以下、参考コメントです。




匿名2014年2月28日 14:52

もう2か所の剽窃は問題になさらないのです?

Bisulphite sequencing
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16709876

Fluorescence-activated cell sorting and flow cytometry
RNA preparation and RT–PCR analysis
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867411005253
返信削除




11jigen2014年2月28日 15:19

Bisulphite sequencing のほうは、(Chemicon, http://www.chemicon.com) とメーカーのURLまで類似しており、小保方論文では、それ以外のメーカーにはURLを付加してないので、おそらく、仰るとおり、http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16709876  の論文を参考にして実験を行い文章も参考にしたのでしょう。Oct4とNanogのプライマーのデザインもこの論文を参考にしたのかもしれませんね。なぜ、元論文の接続詞and が、小保方論文では、Andと接頭に使われてしまっってるのでしょうね。謎です。

さらに、小保方論文では、"PCR was done using TaKaKa" となっています。正しくは、TaKaRaですね。これもOCRで得られたデータをコピペしたためでしょうか。ただ、このTaKaKaの部分の文章がどこからコピペされたかはわかりません。


http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867411005253
のほうは問題ないと思います。
Fluorescence-activated cell sorting and flow cytometry では、
7-AAD が Propidium iodide に変更されていますし、
RNA Preparation and RT-PCR Analysis は、
一般的な方法で、単純な短い文章ですので。





匿名2014年3月4日 3:36

文中に記載のChemiconは2006年にMerck Milliporeに買収されており
Chemiconブランドとしては残っているようですが、
CpGenome DNA modification kitは
CpGenome Universal DNA Modification Kitという製品名になっていると思われます。

2005年の説明書
http://search.cosmobio.co.jp/cosmo_search_p/search_gate2/docs/CMN_/S7820.20050610.pdf

現在の製品HP
CpGenome Universal DNA Modification Kit | S7820
http://www.millipore.com/catalogue/item/s7820

2006年に消滅した会社の名前、古い製品名、Milliporeにリダイレクトされるだけの
URLを記載しているのはコピペしたからだと思います。
門外漢ですが2006年以前に購入したDNAメチル化検出キットを
現在に至るまで大事に保管して使用するのもおかしくないでしょうか?
高価とはいえ数万円で購入できるもののようであり、
大切な研究であれば新しい試薬を使用するのが普通ではないでしょうか?
DNAメチル化検出キットはChemicon以外にも多くの会社から販売されているようです。
本当にこの製品を使用したのでしょうか?

Leicaの蛍光顕微鏡と同様、非常に疑わしい記述と思います。


理研の野依良治理事長からの戒めの言葉

なお、小保方晴子氏らが所属する理化学研究所の野依良治理事長はAdv. Synth. Catal.誌において、以下のように、研究・出版倫理と不正行為について論説しています。

研究・出版における不正行為には、明白なデータねつ造だけでなく、 別の実験で得たスペクトルデータを偽って載せる、反応収率を過大に 表現するなど細かいものもあります。また、論文の剽窃(plagiarism) にもさまざまな形態があり、参考にした文献を故意に引用しない、 他の著者の論文から表現の一部を借りながら自分のものとして発表 するなども含まれます。特に後者は、論文のintroductionで化合物や 反応の重要性を述べるなど誰が書いても似たような内容になるときに 起こりやすく、また英語を母国語としない研究者が他の著者のうまい 表現を借りたくなる気持ちは分かるが、あくまで許されることではないと 指摘します。


小保方氏が発表したSTAP細胞の作製には、Nature論文の共著者で共同研究者の若山照彦教授とその弟子(student)が、小保方氏指導のもとでの理研の実験では再現に成功していますが、若山教授が山梨大学のラボに移った後では未だ再現に成功していないことが判明しています(Nature誌記事より)

カリフォルニア大学の幹細胞研究者ポール・クレプラー博士が運営しているSTAP細胞作製の再現性確認実験の結果を報告しあうためのブログ記事(Knoepfler Lab Stem Cell Blog) では、まだ再現に成功したという報告はありません。
小保方晴子の論文では「生後7日新生児マウス」由来の細胞によってSTAP細胞を確立されていますが、現時点で上記サイトに報告されている追試では新生児マウスの細胞を用いているのはありません(生物種未記載にはある) 。よって、現時点で再現性がないと断定することはできません。

現在の追試報告例(10例):未だ、再現成功例無し。
Ethan: 失敗、細胞腫への言及なし 
Ruben Rodriguez: 失敗、「ヒト」新生児繊維芽細胞使用 
Elliott Schwartz: 失敗、「ヒト」繊維芽細胞 
Subhash Kulkarni: 失敗、新生児全血、成体全血 
Sasha: 失敗、マウス胎仔繊維芽細胞、マウス成体神経幹細胞、マウス胎児神経幹細胞 
Hong: 失敗、マウスES細胞 
Yoshiyuki Seki: 失敗、マウス胎仔繊維芽細胞 
Andres: 失敗、「ヒト」胎仔繊維芽細胞 
Dr. Pierre Debs: 微妙、成体ラット・マウス脾臓細胞 

Ray and Sandy:  失敗、MEF(マウス胎児芽繊維細胞)


小保方さんの“新”発見は、特殊な細胞ではなく、ごく普通の「リンパ球」でこうした働きを見つけたことだ。だが、「論文からはその根拠がハッキリしない」と言うのは、理化学研究所やワシントン大で免疫学を研究したことのある明石市立市民病院研修担当部長の金川修身氏である。「細胞がリンパ球に分化すると『遺伝子再構成』という現象が起きる。ということは初期化(別の細胞に変化)した『STAP細胞』でできたマウスのリンパ球にも『遺伝子再構成』が必ず見られるはずです。しかし、論文ではそこが分かりません。さらに(第三者も同様の研究結果を得る)『再現性』の報告も今のところ見当たらず、失敗報告ばかりです。断定的なことは言えませんが、もう一度(実証実験の)やり直しという可能性もあるでしょう」 (日刊ゲンダイの記事より)

慶應大学の吉村昭彦教授も、研究室ホームページ上の記事(TCR組み換えデータの重要性)にて、「私の関心はSTAP細胞が論文に書いてあるように『未分化細胞からのinductionであってもとからある幹細胞のselectionではない』という結論が妥当かどうかという点。繰り返しになるが、それをTCR-rearrangementで決着つけようとするならば、T細胞からできたSTAP細胞、STAP幹細胞、それにキメラマウス(4Nから作ったものが望ましい)のgenomic DNAのTCR rearrangementを調べる必要がある。」と指摘している。



小保方晴子氏のSTAP細胞に関するNature Letter論文疑惑論文1)には、RNAseqとChiPseqの実験データに関してNCBI BioSample databases用のアクセスIDを下記のように記載していたが、実際は、SRAやGEOなどのデータベースには登録されていなかったことが判明し、問題となっている(2014年2月12日)。

↓ 論文中における記述
"RNA-seq and ChIP-seq files have been submitted to the NCBI BioSample databases under accessions SAMN02393426, SAMN02393427, SAMN02393428, SAMN02393429, SAMN02393430, SAMN02393431, SAMN02393432, SAMN02393433, SAMN02393434 and SAMN02393435."

ネイチャーの規定では、論文を出版する際には、このような関連データを適切なデータベースに載せておかなければならないという義務がある。
ネイチャーに問い合わせをした人物によると、ネイチャーは既にこの問題に気づいており、著者(小保方ら)に連絡を入れたらしいが、著者から返答があったかどうかについてはわかっていない。


追記(2014年2月21日):米国時間で2014年2月19-20日頃にデータがようやく追加されたようです。



脊髄損傷のサルをSTAP細胞移植で治療したと発表したチャールズ・ヴァカンティ教授のグループの小島宏司氏の論文における不適切な画像流用が3件(流用画像1流用画像2流用画像3)発覚しました。小島氏は小保方晴子氏の指導教員でした。少なくとも3度にわたる不適切な実験画像流用が行われており、これらが意図的な不正であろうがそうでなかろうが彼らの研究は杜撰であると言え、到底、猿でのSTAP細胞治療の話も信憑性は低いでしょう。

流用画像1小島宏司)
下記のチャールズ・ヴァカンティ教授のグループの小島宏司氏のJ Thorac Cardiovasc Surg. 誌の論文のFig.6のNATIVEのSafranin-Oの顕微鏡画像と同氏のFASEB J.誌の論文のFig.5のTETのSafranin-Oの画像が類似しており、同一個体由来の実験画像と推測されます。
 つまり、二つの実験画像は論文中の説明によると異なる実験条件で異なる時期に異なる個体から得られたもののはずですが、互いに類似しており実際は同一個体由来の画像であることから、2つの論文をまたがって不適切な実験画像流用が行われたと考えられます。

小島疑惑論文1
J Thorac Cardiovasc Surg. 2002 Jun;123(6):1177-84.

Autologous tissue-engineered trachea with sheep nasal chondrocytes.

Kojima K1, Bonassar LJ, Roy AK, Vacanti CA, Cortiella J.
1Center for Tissue Engineering, University of Massachusetts Medical School, Worcester, 01603-3122, USA.


小島疑惑論文2
FASEB J. 2003 May;17(8):823-8.

A composite tissue-engineered trachea using sheep nasal chondrocyte and epithelial cells.

Kojima K1, Bonassar LJ, Roy AK, Mizuno H, Cortiella J, Vacanti CA.
1Center for Tissue Engineering, University of Massachusetts Medical School, Worcester, Massachusetts, USA.

























流用画像2小島宏司)
小島疑惑論文2
FASEB J. 2003 May;17(8):823-8.

A composite tissue-engineered trachea using sheep nasal chondrocyte and epithelial cells.

Kojima K1, Bonassar LJ, Roy AK, Mizuno H, Cortiella J, Vacanti CA.
1Center for Tissue Engineering, University of Massachusetts Medical School, Worcester, Massachusetts, USA.

小島疑惑論文3
 2014 Jan;297(1):44-50. doi: 10.1002/ar.22799. Epub 2013 Dec 2.
Tissue engineering in the trachea.
Kojima K1Vacanti CA. 1CLaboratory for Tissue Engineering and Regenerative Medicine 
1Department of Anesthesiology, Harvard Medical School, Brigham and Women's Hospital, 75 Francis St., Thorn 703, Boston, Massachusetts, 02115. http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/ar.22799/full

FASEB J.誌の2003年の論文のFig.5の左上画像(TETのH&E) と、Anat Rec (Hoboken)誌の 2014の Review論文のFig.2b画像が、実験条件が異なるにもかかわらず、同一であり、不適切な画像流用が疑われています。 FASEB誌のFig.5の画像(H&E染色)のTET(組織工学によって作製された気管)は、2月齢の羊の鼻中隔の 軟骨細胞と上皮細胞由来で、ヌードマウスの背中に移植した後、解析したもの。一方、Anat Rec誌のFig2bの画像(H&E染色)のTETは、6月齢の羊の骨髄由来で、免疫不全ラットに移植した後、解析したものです。このように実験条件が全く異なるのにTET(組織工学によって作製された気管)の画像が同一なのです。


流用画像3小島宏司)
FASEB J.誌の2003年の上記論文のFig.4d(右下)の画像と、Anat Rec (Hoboken)誌の上記論文のFig.2a画像が、実験条件が異なるにもかかわらず、同一であり、不適切な画像流用が疑われています。 FASEB誌のFig.4dの画像のTET(組織工学によって作製された気管)は、2月齢の羊の鼻中隔の 軟骨細胞と上皮細胞由来で、ヌードマウスの背中に移植した後、解析したもの。一方、Anat Rec誌のFig2aの画像のTETは、6月齢の羊の骨髄由来で、免疫不全ラットに移植した後、解析したものです。このように実験条件が全く異なるのにTET(組織工学によって作製された気管)の画像が同一なのです。



小島 宏司  (こじま・こうじ)   

1990年   聖マリアンナ医科大学医学部 卒業(14回生) 

1997年   聖マリアンナ医科大学病院呼吸器外科 医長。 
1999年   バイオ気管の研究をめざし、渡米。 
       マサチューセッツ州立大・チャールズ・バカンティ教授のもとで、気管再生の研究に取り組む。 
2002年5月 羊の鼻の軟骨からのどの気道を再生させ移植することに世界で初めて成功。 
2004年   ハーバード大学医学部組織工学・再生医療研究室ディレクター。 

http://www.oit.ac.jp/bme/imagekojima.jpg 

http://www.terumozaidan.or.jp/labo/interview/03/index.html (写し


小保方晴子やチャール・バカンティ教授らは、共同で国際特許出願をしている。

(WIPO Pub. No.: WO/2013/163296: HTMLPDF
公開公報WO2013/163296 A1”Generating pluripotent cells de novo”




・ チャールズ・バカンティ教授(Charles Alfred Vacanti)は、ハーバード大学の教授で、ハーバード大学付属病院(THe Brigham and Women's Hospital)の麻酔科に所属している。バカンティ教授は、 疑惑論文3: Tissue Eng Part A が掲載された雑誌の、Founding editor でもある。
参考→ Tissue Eng Part A誌のEditorial Boardのページ: http:/が/www.liebertpub.com/editorialboard/tissue-engineering-parts-a-b-and-c/595/
このように、当雑誌が彼の影響下にあるゆえ、チャールズ・バカンティ教授は、この問題のある小保方晴子の論文を撤回せず、データ流用が疑われている実験画像をミスによるものとし、強引に問題画像の削除だけで済まそうしているのかもしれない。





 大隅典子の仙台通信
2014年3月12日: STAP細胞顛末

 生きるすべ IKIRU-SUBE 柳田充弘ブログ
2014年2月20日: STAP細胞の顛末のこれから(柳田氏は、当該研究者よりも当該研究機関が問題に対応する傾向になってきたことが芳しくない効果を生みだしている、と指摘しています。)
2014年3月5日: 日経「理研STAP細胞の作製法公開」 論文への批判受け
2014年3月9日: おさまらないSTAP細胞作成手順のはなし

 STAP細胞追試報告ブログ記事の管理人、Knoepfler氏(カリフォルニア大学の幹細胞研究者ポール・ネフラー博士)の
http://www.ipscell.com/ 上でのSTAP細胞関連記事リスト
2014年2月6日更新: STAP細胞への5つの疑問点In a pickle over STAP stem cells: top 5 reasons for skepticism
2014年2月18日更新: STAP細胞への10の疑問点Top 10 Oddest Things About The Unfolding STAP Stem Cell Story
2014年2月23日: Nature ArticleのFig.1に関する疑問点:Are STAP Stem Cell Nature Papers Compromised?
2014年2月27日: 論文剽窃と小島氏の画像流用の件について:STAP stem cell new allegations: situation turns darker
2014年3月5日: 理研が追加発表したSTAP細胞作成方のプロトコルに対する反応:Key Initial Reactions to RIKEN’s detailed STAP stem cell protocol
2014年3月9日: Multiple sources say momentum for STAP paper retraction building in Japan & inside RIKEN
2014年3月10日: Beginning of End for STAP Cell Story? Possible Outcomes
2014年3月11日: STAP coverage ruffles some ‘elite’ stem cell feathers
2014年3月13日: Guest post: A seismologist from Japan looks at the STAP cells mess

 一人抄読会 by md345797: (日本語による分かり易いりSTAP細胞論文解説です。)
 STAP 細胞に関する難波紘二先生の辛辣なコメント
広島大学名誉教授の難波紘二氏のメルマガ記事を紹介しているブログ「ある宇和島市議会議員のトレーニング」における STAP 細胞に関するエントリー


小保方事件の経緯
2014年1月29日 STAP論文が発表される。
2014年1月30日 ハーバード大ではサルの治療で実験中であることが発表される(産経記事)。
2014年2月5日(米国時間)  Pubpeerで、 Nature Article論文の電気泳動画像の不正疑惑が浮上する。
2014年2月6日 ハーバード大が、初の人でのSTAP細胞とする、写真を公表する(日経記事)。
2014年2月7日 古舘伊知郎が京都大学iPS細胞研究所の山中伸弥教授にインタビュー
2014年2月8日(米国時間)  STAP NEW DATA の掲示板(ブログ記事)が公開される。
2014年2月12-13日 Tissue Engineering誌の論文の不正流用画像が2ch生物版スレで指摘され、世界変動展望ブログに図がUPされる。
2014年2月12日 山中伸弥教授が、「iPS細胞とSTAP幹細胞に関する考察」を発表
2014年2月12日 小保方晴子氏、首相官邸で開かれる政府の総合科学技術会議(議長・首相)に出席表明する。
2014年2月12日 RNAseqとChiPseqのデータの未登録問題が明らかとなる。
2014年2月13日 理化学研究所の職員らの研究論文に疑義があるとの連絡を受けた研究所の職員から、役員を通じて監査・コンプライアンス室に相談があった。監査・コンプライアンス室長は、「科 学研究上の不正行為の防止等に関する規程(平成24 年9 月13 日規程第61 号)」第10 条第3 項に基づき、当該相談を通報に準じ て取扱うこととし、規程第11 条に基づき、同日より同年2 月17 日の間、予備調査 を実施した。予備調査に当たった者は、石井俊輔、岩間厚志、古関明彦、眞貝洋一、 田賀哲也の5名である。研究所は、予備調査の結果の報告を受け、平成26 年2 月 17 日、規程第12 条に基づき本調査を実施することを決定し、石井俊輔を委員長と する本調査委員会(以下、「委員会」という。)が本調査を行うこととなった。調査報告より)
2014年2月13日 Twitter上で、 Nature Letter論文の胎盤画像の流用疑惑を公表。その後、PubPeerにも同内容を投稿。
2014年2月14日 小保方晴子氏、総合科学技術会議土壇場で欠席(時事通信
2014年2月15日 理化学研究所が2月13-14日に小保方晴子氏に聞き取り調査を行ったと、毎日新聞により報道される。
2014年2月16日 慶應大学の吉村氏、TCR組み換えのデータの件を指摘
2014年2月17日 明石市立市民病院研修担当部長の金川氏も、TCRの件を指摘
2014年2月17日(米国時間) Natureが調査を開始する
2014年2月17日 Nature論文の共著者で共同研究者の若山照彦教授も山梨大学のラボではSTAP細胞作製の再現に成功していないことが判明
2014年2月18日 小保方氏に学位を与えた早稲田大も調査開始を表明するが(朝日新聞)、生データ調査などの不正調査前から擁護の動きを見せる。
2014年2月19日 米ハーバード大医学大学院広報が調査開始を表明する毎日新聞
2014年2月19日 小保方晴子氏の博士論文におけるヴァカンティ教授の肩書に関する誤記が密かに訂正される(⇒参考記事)。
2014年2月19-20日(米国時間)  RNAseqとChiPseqのデータがようやくデータベースに追加される。
2014年2月20日 理研の調査委員会が、笹井氏と小保方氏より、修正すべき点についての申し出とこれに関する資料の提出を受けた。申し出の内容は、論文1の脾臓の造血系細胞から作製 したSTAP 細胞からの分化細胞並びにテラトーマの免疫染色データ画像の一部 (Figure 2d 下段中央の1枚とFigure 2e下段の3枚)が、実際には骨髄の造血系 細胞から作製したSTAP 細胞を用いた画像であること、正しい画像に訂正することを考えているという2点であり、提出された資料はこれらの画像のファイルであった。小保方氏から、それぞれの実験の過程で、脾臓及び骨髄に由来する血液 細胞のサンプルに対し、いずれもhemato(hematopoietic:血液系の意味)というラベルを用いていたため混乱が生じ、同氏において画像の取り違えをしてしま ったとの説明を受けた。その後、論文1の画像は、小保方氏の早稲田大学における学位論文に掲載された画像と酷似することが判明した。上記の申し出の際、これらの図が小保方氏の学位論文に掲載されたデータから得られたものであるとの言及はなかった。(途中略)笹井氏は、2月20日の委員会のヒアリングの数日前に小保方氏から画像の取り違え等について知らされ、論文を訂正するための正しいデータを至急取り直すことを小保方氏に指示したと説明した。実際に、訂正のために提出されたテラトーマに関する画像の作成日の表示は2014年2月19日であった。(調査報告より)
2014年2月21日 WSJの取材に対し、理研CDBがSTAP細胞作製方法の詳細をいずれ公開すると回答。
2014年2月22日 利益相反事項の隠蔽が新たな問題として浮上する。
2014年2月22日 大和雅之・東京女子医大教授の3月4-6日の日本再生医療学会欠席が判明する。
2014年2月22日 小保方晴子氏の博士論文の学位申請研究業績書に実際には存在しない国際特許が記載されていた疑惑が浮上する
2014年2月22日 Nature protocol誌( 2011)の論文の Fig5a-Bcellとneutrophilのグラフの類似性に疑惑が浮上する
2014年2月22日 Nature Article論文Fig3bの蛍光顕微鏡写真に疑惑が浮上する
2014年2月26日 Nature Article論文で、他研究者の論文から引用無しで文章を剽窃したことが明らかとなる(一件目)。古い実験機記名まで剽窃していることから、記述通りに実験を行っていないのではないかという疑惑も浮上。
2014年2月26日 脊髄損傷のサルをSTAP細胞移植で治療したと発表したチャールズ・ヴァカンティ教授のグループの小島宏司氏の論文における不適切な画像流用が発覚(一件目)
2014年2月27日 Nature Letter論文のFig.1a,1bの胎盤・胎膜の画像の蛍光強度に関する疑惑が浮上する。
2014年2月28日 TISSUE ENGINEERING誌論文(小保方晴子氏は第二著者)でも利益相反事項の隠蔽が発覚する。
2014年3月3日 日本分子生物学会が、理事長声明『STAP細胞論文等への対応について』を発表する。
2014年3月4日 小島宏司氏の論文における不適切な画像流用が発覚(二目)
2014年3月4日 Nature Article論文で、新たな文章の剽窃が明らかとなる(二件目)。2006年に消滅したChemicon社のURLや同社の古い試薬まで剽窃していることから、記述通りに実験を行っていないのではないかという疑惑も浮上。
2014年3月5日 不自然なテラトーマ画像に関する疑惑が指摘される。
2014年3月5日 理研より、追加のSTAP細胞作製方法が公開される。STAP幹細胞にはTCR再構成の証拠がみつからなかったことが公表され、著者らの論文のストーリーが崩壊する。
2014年3月6日 マウスの性別を統一せずに実験を実施していたのではないかという実験上の杜撰さが指摘される
2014年3月8日 小島宏司氏の論文における不適切な画像流用が発覚(三目)
2014年3月9日 Nature Article誌の論文におけるSTAP細胞の多能性を示す重要な図の多くが、小保方晴子博士論文からの流用であることが発覚する。
2014年3月10日 山梨大の若山照彦教授が、理研の著者らに論文撤回を呼びかける。
2014年3月11日 小保方晴子氏の博士論文の序章のBackgroundのほとんどの文章が、NIHのサイトからの剽窃(盗用)であることが発覚する。
2014年3月12日 小保方晴子氏の博士論文のReferencesが他者論文からのコピペであることが発覚する。
2014年3月13日 小保方晴子氏の博士論文の実験画像の一部がバイオ企業のホームページに掲載されている画像からの盗用であることが指摘され、彼女が実験そのものをしておらず、データを捏造していたことが明らかとなる。
2014年3月13日 笹井、丹羽氏の2名が、小保方晴子氏の博士論文からNature誌のSTAP細胞論文への実験画像の不正流用を2月頃には既に把握していながらも、調査委員会には知らせず、3月5日にSTAP細胞作製の実験手技の追加発表をしていたことが明らかとなる。
2014年3月14日 理研の調査委員会の中間報告が発表される。
2014年3月15日 小保方晴子氏の博士論文を審査した常田聡氏の研究室の学生の博士論文や、武岡真司氏の研究室の博士論文にもコピペが大量に発見される。
2014年3月19日 理研の調査委員会が小保方氏から実験ノートを受け取る
2014年3月25日 小保方晴子が「129」と呼ばれる系統のマウスから作り出したとしていたSTAP細胞2株の遺伝子を、共同研究者の若山照彦教授が調べたところ、細胞は「B6」というマウスと、B6と129の子どものマウスに由来する細胞とわかった。(朝日新聞より
2014年4月1日 理研が研究論文(STAP細胞)の疑義に関する調査報告を発表する。


小保方晴子の論文の疑惑に関するニュース報道
不正疑惑に関する報道
2014年2月17日 The San Diego Union-Tribune:Acid test for STAP cells
2014年2月17日 BioEdge:New STAP stem cells questioned
2014年2月17日 スポニチ:STAP細胞の「データ不自然」 外部指摘で理研調査
2014年2月17日 ScienceInsider:High Profile Stem Cell Papers Under Fire
2014年2月17日 The Japan times:Institute opens probe into STAP cell article data
2014年2月18日 中華系の報道1報道2報道3
2014年2月18日 スポーツニッポン:英科学誌ネイチャーもSTAP調査 論文の画像に不自然な点?
2014年2月18日 産経新聞:ネイチャーもSTAP細胞の論文調査 「画像に不自然な点」と指摘受け
2014年2月18日 TBS:STAP細胞論文に不自然な画像、ネイチャーが調査開始
2014年2月18日 テレビ朝日:「STAP細胞論文で画像に不自然な点」理研が調査開始
2014年2月18日 朝日新聞:STAP論文の画像は「単純ミス」 共著者の山梨大教授
2014年2月18日 日本経済新聞:「STAP」論文、英科学誌も調査 画像に不自然な点指摘
2014年2月18日 iO9: Stem cell papers in question: the self-correcting process of science
2014年2月18日 AFP:'Game Changing' Japan Stem-Cell Study Questioned
2014年2月18日 NHK:STAP論文に不自然な写真 ネイチャー調査
2014年2月18日 毎日新聞:STAP細胞:「画像」をネイチャーが調査
2014年2月18日 朝日新聞:STAP論文、ネイチャーも調査 「不自然な画像」問題
2014年2月18日 スポニチ:英科学誌ネイチャーもSTAP調査 論文の画像に不自然な点?
2014年2月19日 朝日新聞:共著者「単純なミス」/理研「成果変わらぬ」 STAP論文に「不自然」と指摘
2014年2月19日 Popular Science:Simple New Way Of Creating Stem Cells Undergoes Investigation
2014年2月19日 The Asahi Shinbun:Co-authors admit 'mistakes' in images published by STAP cell scientist
2014年2月19日 The Wall street Journal:幹細胞研究成果の再現、科学者らが苦闘
2014年2月19日 The Wall street Journal:Scientists Struggle to Replicate Stem-Cell Research Breakthrough
2014年2月19日 The Boston Globe:Researchers scrutinize findings on stem cells Questions raised after reports on new process
2014年2月19日 中華系の報道4報道5
2014年2月19日 NewSphere:STAP細胞、画像使い回し疑惑に世界も注目 海外はどう報じたか?
2014年2月19日 J-CASTニュース:STAP論文共著者「単純ミスがあった」 疑問点に釈明
2014年2月19日 France5(フランス)Peut-on vraiment produire des cellules souches avec de l'acide ?
2014年2月20日 DIE WELT(ドイツ)Neuer Skandal in der Stammzellforschung?
2014年2月20日 J-CASTテレビウォッチ:小保方晴子「万能細胞」に捏造疑惑!?画像使い回し…「研究の基本は間違いありません」
2014年2月20日 日刊ゲンダイ:“画像疑惑”で英科学誌、早大が調査も…沈黙続く小保方さん

2014年2月20日 週刊文春 2014年2月27日号(2014年2月20日発売) 安倍総理面会もドタキャン STAP細胞 小保方晴子を襲った捏造疑惑(内容の一部
2014年2月20日 日経バイオテクONLINE Vol.2012:Wmの憂鬱、Nature誌にも責任があるSTAP細胞騒動、解決には第三者の追試不可欠
2014年2月21日 The Wall Street Journal: Japanese Scientists to Offer More Details on Stem-Cell Work (STAP細胞作製方法の詳細をいずれ公開すると理研CDB広報が発表)
2014年2月21日 MAINICHPaper on STAP cells contains minor errors, co-author says
2014年2月21日 毎日新聞:STAP細胞:米教授、画像の酷似は「ささいな誤り」
2014年2月21日 DIE WELT(ドイツ)Viel zu schön, um wahr zu sein?
2014年2月22日 産経新聞:STAP細胞の疑念、「ささいな誤り」「内容に影響ない」共著者の米教授
2014年2月22日 日刊サイゾー第2の佐村河内事件? “リケジョ”小保方晴子「世紀の大発見」をめぐる利権争いが勃発 (続き
2014年2月22日 朝日新聞:「ささいなミス」と声明 STAP細胞論文で米大学教授
2014年2月23日 UT San DiegoSTAP stem cell doubts keep proliferating 
2014年2月24日 FierceBiotechResearchScientist: Let's not discredit acid-bath stem cell studies--yet
2014年2月24日 週刊現代 3月8日号 p56関係者たちが固唾を呑む「STAP細胞」捏造報道 小保方晴子さんにかけられた「疑惑」
2014年2月24日 週刊ポスト 3月7日号 p53:小保方晴子さんの「STAP細胞論文捏造疑惑」 アンチ勢力の陰 第1部分第2部分。マイナビニュース(転載
2014年2月24日 AERA 3月3日号 p81画像誤用疑惑、調査中-バイオ論文で続出、小保方さんも?
2014年2月25日 産経新聞STAP論文、修正へ 共著者の教授「単純ミス」
2014年2月26日 WEBRONZASTAP細胞は世紀の大発見なのか? (全文
2014年2月26日 日刊ゲンダイ: STAP論文 いよいよ掲載の科学誌ネイチャーが「深刻視」
2014年2月27日 週刊新潮3月6日号「小保方博士」が着せられた「灰色割烹着」-STAP細胞は幻か? ◆ 理化学研究所・小保方晴子、STAP細胞、ネイチャー誌
2014年2月27日 WEBRONZA続・STAP細胞が映し出すもの――「科学」と「社会」の関係 八代嘉美
2014年2月28日 共同通信:STAP、別論文の記述と酷似 理研も調査中か、毎日新聞(転載
2014年2月28日 産経新聞:別論文の記述と酷似 理研も調査か
2014年2月28日 日本経済新聞:別の論文と記述が酷似 STAP細胞の論文
2014年2月28日 日刊ゲンダイ:独研究者からコピペ?小保方論文「あり得ない表記」で新疑惑 その1その2その3
2014年3月1日 日刊スポーツ:小保方さんら執筆STAP論文無断引用か
2014年3月1日 共同通信:STAP論文に相次ぐ疑問 うっかり?信頼性懸念も
2014年3月1日 選択STAP細胞「狂騒曲」の深層 理研の「悪意」とメディアの「バカ騒ぎ」
2014年3月2日 読売新聞STAP細胞論文に他論文と酷似箇所…実験手順
2014年3月2日 毎日新聞:STAP細胞:発表1カ月再現失敗相次ぎ 理研手順公開へ その1その2
2014年3月2日 週刊現代3月15日号 p44小保方晴子さんに新たな「論文コピペ」疑惑-もはや絶体絶命!
2014年3月3日 AERA3月10日号 p7eyes/揺らぐSTAP細胞発見、再現性が科学技術の本質
2014年3月3日 時事通信野依理事長「できるだけ早く公表」=STAP細胞の論文問題調査―理研
2014年3月3日 時事通信STAP問題、学会「憂慮」=理研理事長「早く調査結果公表」
2014年3月3日 毎日新聞STAP細胞:論文問題、迅速な調査公表を 分子生物学会
2014年3月3日 読売新聞STAP論文、迅速な調査結果公表を…学会要求
2014年3月3日 日本分子生物学会理事長声明『STAP細胞論文等への対応について』
2014年3月3日 共同通信:理研は調査結果公表を STAP論文、学会が声明
2014年3月4日 毎日新聞万能細胞:STAP論文問題で分子生物学会声明
2014年3月4日 J-CAST:「コピペ疑惑」、いまだ「再現実験成功せず」… 「STAP論文」に疑問噴出、分子生物学会も憂慮(その1その2その3
2014年3月4日 日刊ゲンダイ:なぜポンコツ器具で…「STAP細胞」ついに実験にも疑問の声(その1その2
2014年3月5日 朝日新聞STAP細胞の作製手順を公表 理研、国内外の要望受け 
2014年3月5日 毎日新聞作製手順公表は「簡単さ」の証明になる
2014年3月5日 日本経済新聞理研、STAP細胞の作製法公開 論文への批判受け
2014年3月5日 ITmediaニュース理研、STAP細胞作成実験の詳細を公開 「実用的な実験ノウハウとその解説」 
2014年3月5日 TBS NewsSTAP細胞の作成手順を公開、「再現に疑問」応え
2014年3月5日 NHKニュースSTAP細胞 作製の詳細な手順公開
2014年3月5日 週刊文春 3月13日号 p136はっきりカタをつけてよ/STAP細胞-小保方絶体絶命で理研理事長直撃 ◆理化学研究所・小保方晴子、STAP細胞、再生医療
2014年3月5日 THE WALL STREET JOURNALJapan Scientists Release Tips on Reproducing Stem-Cell Work
2014年3月5日 NATURE NEWS BLOGAcid-bath stem-cell team releases tip sheet
2014年3月6日 共同通信、東京新聞(転載)STAP細胞の詳細な作製法公開 理研「外部でも再現を」 
2014年3月5日 毎日新聞STAP細胞:詳細な作製手順、公表へ…理化学研究所
2014年3月6日 産経新聞STAP細胞 小保方さん、再現実験に成功 論文発表後初めて
2014年3月6日 朝日新聞(発見 STAP細胞)再現性の判断、時期尚早 外部評価委のスミス委員長に聞く
2014年3月6日 The Boston GlobeEfforts to repeat controversial stem cell technique intensify
2014年3月6日 毎日新聞Riken releases details of how to generate STAP cells
2014年3月7日 日刊ゲンダイSTAP細胞 作製手順公開で浮かんだ「新たな矛盾」 その1その2その3
2014年3月9日  朝日新聞STAP細胞論文「3つの疑問」 理研、調査結果公表へ
2014年3月10日 週刊現代 3月22日号 p65小保方「STAP細胞」。簡単にできるはずが複雑すぎる裏事情◆理化学研究所・小保方晴子、STAP細胞、論文、再生医療
2014年3月10日 中日新聞小保方さん、STAP細胞 博士論文画像と酷似
2014年3月10日 時事通信別研究の画像と酷似か=STAP論文に新たな指摘
2014年3月10日 産経新聞STAP細胞、博士論文の画像転用か 理研も把握
2014年3月10日 共同通信:STAP細胞で新たな指摘 博士論文の画像流用か
2014年3月10日 NHKニュースSTAP細胞 確信なくなった (動画 STAP細胞 存在に疑問)
2014年3月10日 サイエンスZERO NHK Eテレ緊急SP! STAP細胞の謎に迫れ (2014年3月16日午後11時30分~午後12時)
2014年3月10日 ニュースウォッチ9http://www.youtube.com/watch?v=MRm0V2uCRgw
2014年3月10日 毎日新聞STAP細胞:論文の取り下げ提案…「データ再検証必要」
2014年3月10日 毎日新聞STAP細胞:発表直後から疑問点…論文取り下げ提案
2014年3月10日 山梨大学HP上の若山照彦(STAP細胞論文共著者)の公式声明STAP細胞の論文の問題について
2014年3月10日 共同通信STAP細胞論文撤回を呼び掛け 共著者、不自然との指摘で
2014年3月10日 ニッカンスポーツ「非難されない論文を」若山教授一問一答
2014年3月10日 日本経済新聞STAP細胞、論文取り下げ提案 共同研究の山梨大教授
2014年3月10日 産経新聞STAP細胞、共著者が論文撤回呼び掛け 不自然との指摘相次ぎ
2014年3月10日 朝日新聞STAP細胞「確信持てず」 共著の教授、撤回呼び掛け
2014年3月10日 読売新聞STAP論文撤回提案…共著教授「疑問点多い」
2014年3月10日 ウォールストリートジャーナルSTAP細胞、論文取り下げ求めていた=共同研究者
2014年3月10日 ITmediaニュース「STAP細胞の分析、第三者に依頼する」 共著者の若山教授「科学的真実知りたい」 大学サイトで声明
2014年3月10日 NATURE NEWS BLOGCall for acid-bath stem-cell paper to be retraced
2014年3月10日 THE WALL STREET JOURNALJapanese Institute Weighs Retracting Stem-Cell Studies 
2014年3月10日 BBC NewsStem cellsScientist asks for research to be withdrawn 
2014年3月10日 TECH TIMESCo-author of revolutionary stem cell study calls for retraction
2014年3月10日 U~T San DiegoSTAP cells paper coauthor asks for retraction
2014年3月10日 The Japan News Coauthor proposes STAP cell articles be withdrawn 
2014年3月10日 boston.comProminent Japanese scientist calls for controversial stem cell studies to be withdrawn 
2014年3月10日 REUTERS (globalpostが転載) Scientist urges withdrawal of his own 'breakthrough' stem cell research 
2014年3月10日 The New York Times:One Author of a Startling Stem Cell Study Calls for Its Retraction
2014年3月11日 NHKニュースSTAP細胞論文 ハーバード大も調査
2014年3月11日 スポニチ (共同通信がオリジナル)「撤回理由ない」と米教授 STAP細胞論文、共著者
2014年3月11日 日本経済新聞文科相「論文、出し直しを」 STAP細胞論文
2014年3月11日 日本分子生物学会理事長声明『STAP細胞論文等への対応についての再要望』
2014年3月11日 FNNSTAP細胞論文 ハーバード大教授「撤回メール受け取っていない」
2014年3月11日 産経新聞STAP細胞論文「撤回する理由ない」 共著者の米教授
2014年3月11日 理化学研究所STAP細胞論文の調査について
2014年3月11日 NHKニュースSTAP細胞論文 理研が取り下げ視野に検討
2014年3月11日 日本経済新聞理研、STAP細胞論文の取り下げ視野
2014年3月11日 日本経済新聞理研、STAP論文撤回へ協議 共同研究者と調整x
2014年3月11日 読売新聞STAP論文…ハーバード大医学部、独自調査へ
2014年3月11日 テレ朝newsSTAP論文 理研が会見「取り下げを視野に検討」
2014年3月11日 毎日新聞STAP論文:理研、14日に経過報告
2014年3月11日 NHKニュースSTAP細胞 理研が写真流用の疑いで調査
2014年3月11日 毎日新聞STAP細胞:「申し訳ない」小保方さんが返信メール
2014年3月11日 時事通信:理研「論文撤回を協議」=調査委、14日経過報告-STAP細胞問題
2014年3月11日 産経新聞疑念続出のSTAP細胞論文騒動 何が問題?
2014年3月11日 日新聞STAP論文、撤回視野に検討 理研が表明
2014年3月11日 時事通信STAP「簡単にできない」=「誤解生み反省」理研広報室長
2014年3月11日 東京新聞:STAP細胞 論文撤回を提案 共著教授「信用できない」
2014年3月11日 産経新聞STAP細胞論文 単純ミスはるかに超える 分子生物学会が声明
2014年3月11日 The Scientist: Call for STAP Retractions
2014年3月11日 THE WALL STREET JOURNALJapanese Institute Regroups After Studies Are Questioned
2014年3月11日 THE WALL STREET JOURNALPrestigious Japanese Research Institute Regroups
2014年3月11日 The Washington Post:Japan lab weighing retraction of stem cell paper
2014年3月11日 Bloomberg News:Two Stem-Cell Studies Face Retraction on Researcher Doubt
2014年3月11日 Kyodo News International:Japan gov't urges laboratory to probe STAP cell paper
2014年3月11日 THE ASAHI SHIMBUNRiken considers withdrawal of breakthrough STAP cell reports
2014年3月11日 Agence France-PresseStem cell scientist calls for retraction of study
2014年3月11日 Boston GlobeScientists split on own stem cell finding One asks withdrawal; 2d stands by work
2014年3月11日 AFPJapanese stem cell scientist calls for retraction of study
2014年3月11日 Boston.comJapanese scientist calls for stem cell studies to be withdrawn
2014年3月11日 NBC NEWSStem Cell Researcher Suggests Recalling His Own Study
2014年3月11日 朝日新聞小保方さん博士論文、大量コピペか 20ページ分が酷似
2014年3月11日 PHG FoundationAcid-bath stem cell creation method: hoax or hiatus?
2014年3月11日 YomiuriProf. wants STAP findings withdrawn
2014年3月11日 YomiuriHarvard set to investigate STAP cell publication
2014年3月11日 YomiuriRIKEN must unveil investigation results early
2014年3月11日 JDPJapanese scientist withdraws own ‘breakthrough research’ on stem cell study
2014年3月11日 zeenewsJapanese scientist withdraws 'groundbreaking' stem cell research
2014年3月11日 The NationJapan stem cell scientist calls for retraction of study
2014年3月11日 ReutersJapanese researcher backtracks on 'breakthrough' STAP cell research
2014年3月11日 読売新聞:理研、14日にSTAP論文問題の調査報告
2014年3月11日 エキサイトレビュー:小保方晴子「涙の電話」のその後。STAP細胞捏造疑惑の背景を考える(その1その2その3
2014年3月11日 京都大学理学研究科教授 佐々真一: 日々の研究
2014年3月12日 大分合同新聞小保方氏の博士論文、米に同じ文
2014年3月12日 産経新聞小保方氏の博士論文 20ページが米NIHサイトとほぼ同じ
2014年3月12日 毎日新聞:STAP細胞:小保方さん博士論文 米文書と同一記述
2014年3月12日 日本経済新聞STAP細胞、論文撤回なら「研究成果 白紙に」
2014年3月12日 日本経済新聞小保方氏の博士論文、米NIHサイトと同じ
2014年3月12日 The Peninsula:Japan stem cell scientist calls for retraction of study
2014年3月12日 Chicago Tribune:Riken considers retracting two stem-cell studies
2014年3月12日 Time:Stem Cell Researcher Calls for Retraction of His Own Work
2014年3月12日 Fox News:Japan lab says it may retract paper on new stem cell technique after doubts
2014年3月12日 io9:Co-author of stem-cell study 'loses faith' in paper
2014年3月12日 Chicago TribuneHarvard set to investigate stemcell studies
2014年3月12日 RTE NEWS:The challenges of reporting on academic papers
2014年3月12日 SANSPO:【甘口辛口】疑惑のSTAP論文、小保方さんは自ら経緯を説明し早くすっきりさせた方が
2014年3月12日 朝日新聞:STAP論文、窮地 「単純ミス」では説明困難に
2014年3月12日 読売新聞:STAP細胞論文、共著者の米教授が撤回に難色
2014年3月12日 毎日新聞STAP細胞:ハーバード大教授「疑念は成果に影響ない」
2014年3月12日 47 NEWS:【Q&A STAP論文問題】論文が撤回されるとどうなる?
2014年3月12日 東京新聞:STAP細胞 論文撤回勧告も 理研5人で不正有無調査
2014年3月12日 朝日新聞:小保方さんの博士論文、参考文献リストもコピペか
2014年3月12日 東スポ 小保方氏の上司“裏道逃亡劇”の理由は12日の法人指定会議?
2014年3月12日 共同通信: STAP細胞「根幹は揺るがず」 共著者の丹羽氏
2014年3月12日 ITmedia ニュース: コピペも見抜ける? STAP細胞問題で活躍、テキスト比較ツール「デュフフ」とは
2014年3月12日 J-CAST: 小保方氏20ページすべて「コピペ」? 博士論文でこんなことありえるのか(その1その2
2014年3月12日 毎日新聞: 科技会議:理研、特定法人先送り STAP問題注視
2014年3月12日 FNN: 「特定国立研究開発法人」に、理研と産総研を候補に選定
2014年3月12日 YTV: 理研など 特定国立研究開発法人の候補に
2014年3月12日 (関西:総合閲覧室): 利用集中資料のため 複写不可: 小保方晴子氏の博士論文
2014年3月12日 TBS NEWS動画: 小保方さんの博士論文、米研究所文書に「酷似部分」
2014年3月12日 FNN NEWS ch (動画): 「STAP細胞」論文 小保方氏の博士論文冒頭がNIHサイトと酷似
2014年3月12日 MSN産経: 理研、信頼性に打撃 小保方氏、博士論文で流用か STAP調査対応後手、結論先送り
2014年3月12日 ANN:STAP細胞論文 理研トップ「取り下げるべき」
2014年3月12日 読売新聞:STAP論文 理研は疑問に正面から答えよ
2014年3月12日 ANNSTAP細胞問題次第で理研の扱い見直しも
2014年3月12日 MSN産経:【STAP細胞】理研に大ダメージ 研究成果「揺るぎない」から「プロセスに疑念」 対応も後手に
2014年3月12日 Asahi Shinbun:Doubts raised about STAP cell scientist's doctoral dissertation
2014年3月12日 THE HINDU:The “landmark” stem cell paper may be retracted
2014年3月12日 Chicago Tribune:Controversy over stem cell articles could affect future research
2014年3月12日 The Wall Street Journal:Five Allegations Against Riken Stem-Cell Researcher in Japan
2014年3月12日 中日新聞:小保方氏の博士論文 20ページが米研究所文書と酷似 
2014年3月12日 スポニチ:疑惑の論文…小保方さん、博士号剥奪も 早大「厳密調査中」
2014年3月12日 News i:「小保方さんの博士論文、米研究所文書に「酷似部分」」
2014年3月12日 高知新聞:社説:【STAP論文】立ち止まり厳密な検証を
2014年3月12日 沖縄タイムス+プラス:社説[STAP細胞]疑惑への説明が必要だ
2014年3月12日 朝日新聞:山梨)保存細胞、第三者機関で解析へ STAP細胞問題
2014年3月12日 日刊ゲンダイ:ついに論文撤回か 小保方さんの周りを固める怪しい面々
2014年3月12日 日刊ゲンダイ小保方さんを見限った 共同研究者・若山教授の名声と実績
2014年3月12日 (動画):STAP細胞 新たに「博士論文」にも 米・機関と酷似した記述が
2014年3月12日 WSJ:名門「理研」、STAP論文で崖っぷち―論文撤回を検討
2014年3月13日 NHK:「STAP」写真流用把握も問題と説明せず
2014年3月13日 東洋経済:泥まみれになってしまったSTAP細胞 論文の取り下げが濃厚
2014年3月13日 とくダネ! - フジテレビ:小保方さん 博士論文に疑惑 一部が米サイト”ほぼ丸写し”
2014年3月13日 東スポ:博士論文“パクリ”の小保方氏「博士号取消」危機

2014年3月13日 boston.com:Troubled stem cell papers to be addressed Friday
2014年3月13日 Boston Globe:Institute considers retraction of controversial stem cell studies

2014年3月13日 The Japan News:RIKEN’s duty is to be up-front, address doubts over STAP cell articles
2014年3月13日 弁護士ドットコム:「STAP細胞」もしも成功していなかったとしたら・・・理研に法的責任はあるか?
2014年3月13日 47NEWS:博士論文、画像も酷似か
2014年3月13日 MSN産経【STAP細胞】博士論文画像もコピー? ネット上で指摘
2014年3月13日 NHK:「STAP」写真流用把握も問題と説明せず
2014年3月13日 ZAKZAK:小保方さんの博士論文“盗用”疑惑で見えたコピペのモラル低下が深刻
2014年3月13日 ITmedia:「STAP細胞」解説掲載の「Newton」、次号で「続報」 理研に徹底調査求める

2014年3月13日 時事ドットコム:論文不正の認定焦点=理研、14日に中間報告-「STAP細胞」真偽は別問題
2014年3月13日 
時事ドットコム博士論文、他にも流用か=企業HPと画像酷似、STAP小保方氏
2014年3月13日 毎日新聞:STAP細胞:小保方さん博士論文は「調査中」…早大総長
2014年3月13日 
毎日新聞STAP論文:神戸の理研センター長「取り下げやむなし」
2014年3月13日 朝日新聞STAP論文、共著者の役割は 小保方さんら計8人
2014年3月13日 J-CAST:小保方晴子さん「第2の森口尚史」になっちゃうのか…心配になる追い詰められて悲劇的結末
2014年3月13日 J-CAST:早大博士論文、細胞画像までコピペ? 小保方晴子氏の疑惑発覚続く
2014年3月13日 時事ドットコム:論文不正の認定焦点=理研、14日に中間報告-「STAP細胞」真偽は別問題

2014年3月13日 MSN産経:【STAP細胞論文】小保方氏、博士論文の実験画像も流用か
2014年3月13日 日本経済新聞:STAP細胞論文、小保方氏も撤回に同意

2014年3月13日 朝日新聞学内調査「近々発表」 コピペ疑惑の小保方さん博士論文
2014年3月13日 西日本新聞:STAP細胞 論文撤回して再度実験を
2014年3月13日 朝日新聞小保方さんら撤回に同意 STAP論文、米共著者は反対
2014年3月13日 読売新聞:STAP再現実験、小保方チーム以外で成功せず
2014年3月13日 サンスポ:成果白紙!?理研、小保方さんらに「STAP論文」取り下げ勧告
2014年3月13日 
MSN産経STAP細胞論文、理研、取り下げ勧告へ 成果白紙も 14日に中間報告
2014年3月14日 日刊スポーツ:小保方さんらに理研が勧告「論文撤回を」
2014年3月14日 NHK:「STAP細胞」理研が中間報告へ
2014年3月14日 日刊ゲンダイ:日刊ゲンダイ|同情の声も…小保方さん一家、近所では「見かけなくなった」(その1その2

2014年3月14日 日刊工業新聞:疑義生じるSTAP論文-理研、きょう中間報告
2014年3月14日 NHK:小保方さんら論文取り下げへ
2014年3月14日 
MSN産経【STAP細胞】小保方リーダー、論文撤回の意向 成果白紙も 野依理事長ら午後会見

2014年3月14日 理研CDBセンター長等の公表
2014年3月14日 理化学研究所 発生・再生科学総合研究センターの研究室主宰者による声明
2014年3月15日 MSN産経:理研を追い込んだ〝ネット捜索隊〟 その1,その2
2014年3月15日 読売新聞:誰も問題気づかず…論文チェック態勢不備問う声
2014年3月15日 ニッカンスポーツ小保方さん、博士論文撤回を早大に申し出
2014年3月15日 時事通信ネイチャー誌が論文取り消しも=「全員同意なしでも証拠ない場合」―STAP問題 
2014年3月15日 MSN産経:「インパクト感じリーダー採用」 理研のチェック機能に限界 その1その2その3
2014年3月15日 J-CASTニュース:小保方氏、早稲田応用化学会HPから顔写真が消えた! 「絶賛」「擁護」のブログやツイート、削除する有名人も
2014年3月15日 日刊ゲンダイ:日刊ゲンダイ|組織的隠蔽か? 「STAP細胞疑惑」にフタする理研の論理 その1その2
2014年3月15日 毎日新聞:質問なるほドリ:論文撤回、なぜ増える?
2014年3月15日 毎日新聞:万能細胞:STAP論文「重大な過誤」 画像改ざん認定、小保方さんら撤回同意--理研中間報告
2014年3月15日 毎日新聞:激震・STAP細胞:/中 予算獲得に勇み足 理研、ヒロイン作り上げ 
2014年3月15日 東京新聞:実在?不正歯切れ悪く STAP疑惑 理研が謝罪
2014年3月15日 日刊ゲンダイ:小保方さんをタレント扱い マスコミの罪と早大の赤っ恥 その1, その2
2014年3月15日 中日新聞:STAP疑惑底なし メディア戦略あだに
2014年3月16日 The Huffington Post :小保方晴子さんに隠れた理研のキーパーソン 笹井芳樹副センター長とは?【STAP細胞】
2014年3月17日 AERA 3月24日号, p68:リケジョ撤回の危機-「新型万能細胞」は、幻だったのか
2014年3月17日 週刊ポスト 3月28日号, p59:オボちゃんはなぜ「やっちまった」のか-第二の森口、佐村河内とまで指弾
2014年3月17日 週刊現代3月29日号, p42:小保方晴子さんは、これからどうなるのか?-栄光はあまりに短く、儚かった その1その2その3その4その5
2014年3月17日 読売新聞:「STAP幹細胞」第三者機関送付へ…若山教授
2014年3月17日 NHK:STAP細胞の存在 理研が独自に調査へ
2014年3月17日 朝日新聞:理研CDBも管理体制を検証へ STAP細胞論文問題
2014年3月17日 毎日新聞:激震・STAP細胞:/下 ネットの検証、高度化 告発、科学誌査読を補完
2014年3月18日 朝日新聞:STAPとiPSの比較資料を撤回 理研「誤解招く」
2014年3月18日 週刊朝日 3月28日号, p15: <STAP論文疑惑>日本科学界の危機招いた小保方晴子さんの「天然」
2014年3月18日 サンデー毎日 3月30日号, p20:災いのタネ/理研の<勇み足>と追い込まれた「リケジョの星」
2014年3月18日 日刊ゲンダイ:博士号剥奪で研究費返還も…小保方さんを待つ「借金地獄」 その1, その2
2014年3月18日 Nature news:Stem-cell method faces fresh questions
2014年3月19日 読売新聞:小保方さん筆頭著者論文、米大教授が訂正
2014年3月19日 女性セブン 4月3日号, p28:小保方晴子さんを踊らせた<ケビン・コスナー上司>の寵愛 記事の一部その1記事の一部その2記事の一部
2014年3月19日 週刊文春 3月27日号, p14:STAP細胞という<物語>-割烹着やムーミンまでも「やらせ」だった?
2014年3月19日 週刊新潮 3月27日号, p29:「小保方博士」は実験ノートもなかった!-捏造にリーチ!
2014年3月19日 女性自身:小保方晴子さんだけが悪いのか!? 元同僚が語る「理研の裏側」
2014年3月19日 朝日新聞:小保方氏の留学中の論文、画像使い回しか 共著者が訂正
2014年3月19日 日本学術会議会長 大西隆:STAP細胞をめぐる調査・検証の在り方について
2014年3月20日 サーチナ:STAP細胞問題 小保方氏の前途はともかく、日本の女性研究者をさらに苦境へ追いやった=中国メディア
2014年3月21日 STAP細胞作製手順、ハーバード大バカンティ研が発表:Refined protocol for generating STAP cells from mature somatic cells (PDF版)
2014年3月21日 読売新聞:STAP細胞、小保方論文と異なる作製手順公表
2014年3月22日 ZAKZAK:理研、損失1千億円!? 小保方さんショックですべてオジャンに その1その2
2014年3月23日 読売新聞:STAP論文、掲載1週間前に最終稿…若山教授
2014年3月23日 日本経済新聞:論文、医療機構が検証 STAP細胞問題踏まえ
2014年3月23日 The Huffington Post :STAP細胞問題から見えた市民と科学者の乖離――後編
2014年3月24日 週刊現代 4月5日号, p56:小保方さん問題を見て考えた、すべてをブチ壊す「女子力」の恐怖
2014年3月24日 AERA 3月31日号:裏目に出た理研の思惑-小保方さんの「過誤」生んだ科学界のゆがみ
(1)理化学研究所・小保方晴子、STAP細胞、早稲田大 p78
(2)大学院重点化、ポスドク、大隈典子・東北大教授、リケジョ p79
(3)今井眞一郎・米ワシントン大教授、CNS至上主義 p80
2014年3月24日 週刊ダイヤモンド 3月29日号, p67:コラム/STAP細胞騒動で露呈した早大博士論文審査の手抜き
2014年3月25日 NHK:STAP細胞 実験マウスに新たな疑問
2014年3月25日 毎日新聞:STAP幹細胞:別マウスの遺伝子検出 山梨大の保存分2014年3月25日 産経新聞:STAP論文の「大罪」:科学界に拡大する「コピペ疑惑」の地獄 その1その2その3
2014年3月27日 神戸新聞NEXT:STAP論文 理研に市民からメール450件 3月中
2014年3月27日 産経新聞:STAP論文 理研に市民からメール450件 3月中
2014年3月27日 Nature NEWS:Mismatch alleged in acid-bath stem-cell experiment 
2014年3月28日 フライデー 4月11日号, p26:小保方ユニットリーダーの指導者「ノーベル賞狙い」の歪んだ野望
2014年3月28日 NHK:盗用疑惑相次ぐ早大が調査委
2014年3月28日 産経新聞:早大が調査委設置 小保方氏の博士論文
2014年3月28日 毎日新聞:STAP細胞:小保方さん論文、早大が調査委設置
2014年4月1日 朝日新聞:小保方氏の捏造・改ざん認定 STAP細胞論文で理研
2014年4月1日 毎日新聞:STAP細胞:小保方さん不正認定「日本全般に疑いの目」
2014年4月1日 毎日新聞:STAP細胞:小保方さん処分は1カ月後 理研
2014年4月1日 毎日新聞:万能細胞:STAP論文問題 不正認定 小原雄治・日本分子生物学会研究倫理委員長、山崎茂明・愛知淑徳大教授の話
2014年4月1日 毎日新聞:STAP細胞:「不正は小保方氏単独で?」会見一問一答 その1その2その3その4その5その6
2014年4月1日 毎日新聞:STAP細胞:理研「研究不正は小保方氏単独で」 その1その2画像
2014年4月1日 毎日新聞:<STAP論文>小保方リーダー代理人「撤回の意向ない」
2014年4月1日 産経新聞: 3年間で実験ノートが2冊!? 小保方氏の論文問題で調査委 
2014年4月1日 日本経済新聞:小保方氏は体調不良で療養中 代理人弁護士
2014年4月1日 THE WALL STREET JOURNAL:Japanese Institute Says It Found Misconduct in Stem-Cell Studies
2014年4月1日 朝日新聞:STAP論文の不正認定 過去にも似た事例、処分は
2014年4月1日 朝日新聞:小保方氏、理研と徹底抗戦 論文不正、顔色変え「不服」
2014年4月1日 朝日新聞:文科相「調査は不十分」 論文不正、理研に再提出求める 
2014年4月1日 ITmediaニュース:3年分の実験ノートは2冊だけ──「不正行為は小保方氏1人」 理研の調査委、STAP細胞自体には踏み込まず
2014年4月1日 ITmediaニュース:3年分の実験ノートは2冊だけ──「不正行為は小保方氏1人」 理研の調査委、STAP細胞自体には踏み込まず
2014年4月1日 The Scienctist:Blogger Reports STAP Success
2014年4月1日 REUTERS:Author of ‘game-changing’ stem cell papers accused of misconduct, fraud by Japan’s leading research institute
2014年4月1日 the guardian:Stap cells: research paper on stem cell breakthrough was partly falsified
2014年4月1日 THE WASHINGTON POST:Rising Japanese scientist faked heralded stem cell research, lab says
2014年4月1日 Nature NEWS:Stem-cell scientist found guilty of misconduct
2014年4月2日 読売新聞:小保方氏実験ノートずさん、3年で2冊・断片的 画像1画像2
2014年4月2日 毎日新聞:STAP論文:極秘研究…サインだけの共著者 議論どこに その1その2画像
2014年4月2日 毎日新聞:崩壊・STAP論文:/上(その1) 密室が生んだ捏造 助言役、責任果たさず
2014年4月2日 毎日新聞:崩壊・STAP論文:/上(その2止) サインだけの共著者 チーム内も議論少なく
2014年4月2日 毎日新聞:万能細胞:STAP論文問題 理研、執行部引責も
2014年4月2日 NHK:小保方氏「論文取り下げ同意したことない
不正疑惑浮上前の報道

2014年1月29日 独立行政法人理化学研究所:体細胞の分化状態の記憶を消去し初期化する原理を発見-細胞外刺激による細胞ストレスが高効率に万能細胞を誘導-
2014年1月29日 独立行政法人理化学研究所:STAP細胞の研究成果に関するお問合せ・取材対応について理研、万能細胞を短期で作製 iPS細胞より簡単に
2014年1月29日 日経:理研、万能細胞を短期で作製 iPS細胞より簡単に
2014年1月29日 朝日新聞:新しい万能細胞作製に成功 iPS細胞より簡易 理研
2014年1月29日 MSN産経: 酸の刺激だけで万能細胞作製 新型「STAP」理研が成功
2014年1月29日 MSN産経: 山中伸弥教授「日本人研究者からの発信、誇り」
2014年1月29日 MSN産経: 「間違い」と言われ夜通し泣き、デート中も研究忘れず…常識破りの新型万能細胞を開発した小保方晴子さん
2014年1月30日 独立行政法人理化学研究所:細胞外からの強いストレスが多能性幹細胞を生み出す
2014年1月30日 日経:生物学の常識覆す 理研の万能細胞
2014年1月30日 日経:官房副長官、スタップ細胞作製「革新的な再生医療に期待」
2014年1月30日 日経:<東証>新日本科学がストップ高 「万能細胞」で連想の買い
2014年1月30日 読売新聞:論文一時は却下…かっぽう着の「リケジョ」快挙
2014年1月30日 読売新聞:特許出願…発明者にリケジョ・小保方さんの名も
2014年1月30日 読売新聞:重要な研究成果を発信、誇りに思う…山中教授
2014年1月30日 MSN産経:「革命的だ」「また日本人科学者が…」 海外研究者からも賛辞
2014年1月30日 MSN産経:「素晴しい」加藤副長官「革新的再生医療へつなげて」
2014年1月30日 MSN産経:「日本にとって誇り」 下村文科相「支援考えたい」
2014年1月30日 MSN産経:「卒業してたった3年の輝かしい成果に驚き」 大学時代の小保方さん指導教員
2014年1月30日 毎日新聞:Simple, new method for reprogramming body cells discovered
2014年1月30日 毎日新聞:クローズアップ2014:万能細胞、初の作製 iPS上回る可能性
2014年1月30日 毎日新聞:万能細胞:作製の小保方さん おしゃれ好き、努力家「新星」
2014年1月30日 毎日新聞:万能細胞:マウスで初の作製 簡単、がん化せず 「STAP細胞」命名−−理研など
2014年1月30日 毎日新聞:万能細胞:「革命的」 海外称賛、恩師も祝福
2014年1月30日 毎日新聞:万能細胞:iPS超える、STAP細胞 作製容易、がん化回避 理研など、マウスで成功
2014年1月30日 毎日新聞:万能細胞:世界仰天、不屈の30歳 STAP細胞「酷評」5年、試行錯誤 「涙した夜、数知れず」
2014年1月30日 毎日新聞:ニュース・サプリ:きょうの言葉 最初は誰も信じてくれず、やめてやると、泣き明かした夜も数知れない
2014年1月30日 毎日新聞:Young Japanese scientist leads her team to major stem cell discovery
2014年1月30日 毎日新聞:STAP discovery could prove more important than iPS cells
2014年1月30日 毎日新聞:STAP細胞:「人間の生命」に高い関心 小保方晴子さん中2時の読書感想文
2014年1月30日 朝日新聞:タカラバイオ株など高い、STAP細胞報道が材料に
2014年1月30日 朝日新聞:「生物のロマン見ている」 小保方さん会見一問一答
2014年1月30日 朝日新聞:負けん気培養、30歳大発見 STAP細胞 小保方晴子さん
2014年1月30日 朝日新聞:(時時刻刻)万能細胞、新時代 STAP細胞、液に浸して25分で誕生
2014年1月30日 朝日新聞:刺激だけで新万能細胞 理研、マウスで成功 STAP細胞
2014年1月30日 朝日新聞:様々な組織へ、高い分化能力 STAP細胞 小保方晴子リーダー会見
2014年1月30日 朝日新聞:泣き明かした夜も STAP細胞作製、理研の小保方さん
2014年1月30日 朝日新聞:様々な組織へ 高い分化能力 STAP細胞
2014年1月30日 朝日新聞:STAP細胞「大変革」 世界が興奮、米指導教授も称賛
2014年1月30日 朝日新聞:SCIENCE/(時時刻刻)万能細胞、新時代 STAP細胞、液に浸して25分で誕生
2014年1月30日 読売新聞:かっぽう着の「リケジョ」、柔軟発想で快挙
2014年1月31日 日経:STAP細胞生んだ2つの「型破り」(真相深層)
2014年1月31日 日経:「夢のある研究成果」 STAP細胞作製成功に田村厚労相
2014年1月31日 日経:首相、小保方さんを称賛 「世界を驚かせた」
2014年1月31日 MSN産経:STAP細胞 広い視野で独創支えたい
2014年1月31日 MSN産経:「世界驚かせた」安倍首相、STAP細胞の小保方さんを称賛
2014年1月31日 朝日新聞:なぜSTAP細胞は驚くべき発見なのか――STAP細胞が映し出すもの 八代嘉美
2014年1月31日 朝日新聞:STAP細胞、国際特許出願 理研など
2014年1月31日 朝日新聞:(社説)新万能細胞 常識を突破する若い力
2014年1月31日 朝日新聞:「STAP細胞、我が国経済にも画期的」菅官房長官
2014年1月31日 朝日新聞:新万能細胞―常識を突破する若い力
2014年1月31日 朝日新聞:STAP細胞作製方法、国際特許を出願 理研など
2014年1月31日 朝日新聞:楽天は持ち直す、好決算への期待強くSTAP細胞の割烹着も思惑
2014年1月31日 朝日新聞:EDITORIAL/社説―新万能細胞
2014年1月31日 日テレ: STAP細胞 脊髄損傷のサル治療で実験中 (ニュース)日テレ YouTube
2014年1月31日 MSN産経:サルで実験 ハーバード大、脊髄損傷を治療
2014年1月31日 MSN産経:STAP細胞 中国、韓国も報道 「より早く、安く、安全に」世界が称賛
2014年1月31日 毎日新聞:STAP細胞:「人間の生命」に高い関心 小保方晴子さん中2時の読書感想文
2014年1月31日 毎日新聞:万能細胞:作製の小保方さん、中2から命に関心 人間の世界、スバラシイ 読書感想文で県最優秀賞
2014年1月31日 毎日新聞:社説:STAP細胞 驚きの成果を育てよう - 毎日新聞
2014年1月31日 毎日新聞:余録:水の表面が盛り上がる「表面張力」の研究で…
2014年1月31日 毎日新聞:ニュース交差点:科学 万能細胞「STAP細胞」初の作製
2014年1月31日 毎日新聞:なるほどヒヨコ:細胞の初期化って? - 毎日新聞
2014年1月31日 毎日新聞:万能細胞:人間の世界、スバラシイ 小保方さん、中2で「生命」に関心 青少年読書感想文で県・最優秀賞
2014年1月31日 毎日新聞:万能細胞:STAP細胞、研究推進を狙い特定法人指定へ
2014年1月31日 毎日新聞:万能細胞:STAP、国際特許出願 理化学研究所など米に
2014年1月31日 毎日新聞:Research institutes applied for int'l patent on STAP-cell technology
2014年1月31日 毎日新聞:
2014年1月31日 STAP細胞 小保方晴子の素顔
2014年2月1日 読売新聞:STAP細胞 理系女子の発想が常識覆した(2月1日付・読売社説)
2014年2月1日 毎日新聞:万能細胞:くじけなかったハルコ STAP細胞、5年前の小保方さん ハーバード大時代に研究で壁、悔し涙
2014年2月1日 朝日新聞:山梨)「あり得ないこと起きた」 小保方さん共同研究者
2014年2月1日 朝日新聞:リケジョでグローバル志向? 私立中学入試始まる
2014年2月1日 朝日新聞:(声)新たな万能細胞 生命の神秘
2014年2月2日 朝日新聞:キスでお目覚め「お姫様細胞」 小保方さん幻の命名案 STAP細胞
2014年2月2日 朝日新聞:STAP細胞、競争号砲 特許出願、昨年4月 理研など
2014年2月3日 読売新聞:小保方さん、熱意違った…共同研究の若山教授
2014年2月3日 毎日新聞:Listening:質問なるほドリ:リケジョってどんな人?=回答・元村有希子
2014年2月3日 毎日新聞:万能細胞:「STAP細胞」作製に貢献 小保方さん支え続けた山梨大・若山教授 特殊マウスなど提供
2014年2月3日 毎日新聞:サイエンスフェア:科学に関心を、小保方さんに続け 研究者の卵、議論熱く 神戸で理系高生ら成果発表
2014年2月3日 毎日新聞:ニュース再生:再生医療に期待、STAP細胞 人体へ応用焦点
2014年2月3日 毎日新聞:News Navigator: Are there many women in science-related fields?
2014年2月3日 朝日新聞:(乃木坂Choice:山崎怜奈)STAP細胞に期待!
2014年2月4日 日経:リケジョに繋がる「ふえるわかめ」と「味の素」 編集委員 田中陽
2014年2月4日 朝日新聞:(声)若者よ 独自の道切り開け
2014年2月5日 日経:理研、新万能細胞「STAP」で京大と研究
2014年2月5日 朝日新聞:(声)若い世代の活躍が私にも刺激
2014年2月6日 日経:<JQ>リプロセルが一時ストップ高 STAP細胞は「大きなプラス材料」
2014年2月6日 読売新聞:「STAP細胞オールジャパンで」…山中教授
2014年2月6日 読売新聞:山中教授、小保方さん称賛…「日本挙げ研究を」
2014年2月6日 毎日新聞:独創の系譜:海越え連携、STAP細胞 常識覆した日米トップ研究者
2014年2月6日 毎日新聞:独創の系譜:海越え連携、STAP細胞 常識覆した日米トップ研究者 小保方晴子・研究ユニットリーダーに
2014年2月6日 毎日新聞:小保方晴子さん:万能細胞「STAP細胞」研究 かっぽう着姿で実験 「リケジョ」今、注目!
2014年2月6日 毎日新聞:万能細胞:人から初のSTAP細胞か 中辻憲夫・京都大教授の話
2014年2月6日 毎日新聞:万能細胞:なぜ「STAP」と命名? 小保方さんに聞く
2014年2月6日 毎日新聞:文科省:指導的な女性研究者倍増へ 予算拡充を検討
2014年2月6日 朝日新聞:(発見 STAP細胞)万能細胞、三様の役割 ES・iPSと比較
2014年2月6日 朝日新聞:理研と京大、STAP細胞で連携へ
2014年2月6日 朝日新聞:STAP細胞でがん研究 共通する特徴、予防・治療の道探る
2014年2月6日 朝日新聞:万能細胞 三様の役割 STAP細胞発見
2014年2月6日 朝日新聞:ヒトのSTAP細胞作製か ハーバード大、証明はまだ
2014年2月6日 朝日新聞:SCIENCE/STAP細胞でがん研究 共通する特徴、予防・治療の道探る

2014年2月6日 MSN産経:人で初のSTAP細胞か ハーバード大が写真公表 変化する能力を確認中
2014年2月6日 日刊スポーツ:人で初のSTAP細胞か
2014年2月7日 毎日新聞:憂楽帳:かっぽう着
2014年2月7日 毎日新聞:みんなの広場:勇気与える女性研究者の執念=無職・藤田修三・67
2014年2月7日 毎日新聞:発信箱:名もなき科学者に=青野由利
2014年2月7日 毎日新聞:女性研究者:「第2の小保方さん」倍増を 文科省が育成策検討
2014年2月7日 毎日新聞:なるほどヒヨコ:リケジョってどんな人?
2014年2月7日 女性セブン2014年2月20日号:車椅子が要らなくなる? 「STAP細胞」で何が実現されるのか
2014年2月8日 毎日新聞:山中・京都大教授:STAPまだ小学生、iPSの蓄積役立つ 「協力する」
2014年2月8日 毎日新聞:山中伸弥氏:「STAP研究に協力、小保方さん大歓迎」
2014年2月8日 毎日新聞:山中・京都大教授:STAP細胞、協力したい iPS研究所長、ノウハウ蓄積役立つ
2014年2月8日 毎日新聞:天文学者の日々:/124 存在しない論文に真の答えがある /愛媛 -
2014年2月8日 毎日新聞:子どもたちの伝言:うずしおの地から/279 リケジョ /四国
2014年2月8日 毎日新聞:青少年読書感想文全国コンクール:表彰式 文科大臣奨励賞、筑紫女学園中・柳原さん晴れ姿 「将来は生物を学びたい」 /福岡
2014年2月9日 毎日新聞:みんなの広場:小保方さんに触発されて=塾経営・岩本和彦・61
2014年2月9日 毎日新聞:みんなの広場:若手研究者から学ぶべきこと=高校生・孫美麗・17
2014年2月9日 毎日新聞:記者と学校交流:いのちを守る科学、元村編集委員講演 文京区立音羽中で /東京
2014年2月9日 朝日新聞:(声)自然のパズル 挑むリケジョ
2014年2月9日 朝日新聞:(声)割烹着 エプロン派も見直す
2014年2月10日 日経:山中教授 「STAP細胞の研究に最大限協力」
2014年2月10日 読売新聞:リケジョ 紀の国でも奮闘…和歌山
2014年2月10日 毎日新聞:私立高入試:関西3府県一斉スタート 理系女子に狭き門も
2014年2月10日 毎日新聞:山中所長:「iPS細胞にがん化リスクなど三つ誤解ある」
2014年2月10日 朝日新聞:STAP細胞「ノウハウ教えて」 山中教授が会見で称賛果」
2014年2月11日 毎日新聞:iPS細胞:「iPSがん化リスク高い」は誤解 STAP開発受け、山中教授指摘
2014年2月11日 毎日新聞:iPS細胞:「がん化リスク高い」誤解 山中教授が会見
2014年2月11日 毎日新聞:Creator of iPS cells decries '3 misconceptions' vs STAP cells
2014年2月12日 毎日新聞:ニュース交差点:科学 「がん化リスク高い」誤解、iPS細胞・山中教授会見
2014年2月13日 読売新聞:STAP細胞…生命の不思議を改めて感じさせる世紀の発見
2014年2月13日 毎日新聞:STAP細胞・私の見方:まだ20点、本質的な研究を 笹井芳樹、理化学研究所発生・再生科学総合研究センター副センター長
2014年2月13日 朝日新聞:(発見 STAP細胞)医療への応用、欧米に遅れるな 中辻憲夫・京大教授に聞く
2014年2月14日 読売新聞:iPS細胞への誤解、山中教授がHPで「懸念」
2014年2月14日 読売新聞:「iPS細胞、がん化リスク克服」山中教授声明
2014年2月14日 毎日新聞:総合科学技術会議:革新5テーマ決定 マネジャー3月公募
2014年2月14日 毎日新聞:小保方晴子さん:科技会議欠席
2014年2月15日 読売新聞:簡単な手法で万能細胞
2014年2月15日 朝日新聞:(ニュースのおさらい)STAP細胞って一体何なの?
2014年2月16日 毎日新聞:くらしナビ・学ぶ:教えて!デスク 「STAP細胞」とは?
2014年2月16日 毎日新聞:京都・読書之森:素顔の山中伸弥 記者が追った2500日 /京都
2014年2月18日 毎日新聞:黒木華:かっぽう着が幸運運んだ?「みんな使えばいいのに」
2014年2月20日 朝日新聞:安全性の差、検証これから STAP細胞
2014年2月21日 毎日新聞:季語刻々:東風吹いて日本のリケジョ立ち上る
2014年2月21日 毎日新聞:小説:小保方さんが感想文の題材本 販売急増
2014年2月21日 毎日新聞:毎日ジャーナリズム:【紙面審ダイジェスト】STAP細胞 「リケジョ」の表現はあえて避けた? (その1その2その3その4
2014年2月25日 毎日新聞:大学入試:国公立大2次試験始まる リケジョ志願、増加中 「専門知識生かし活躍、すてき」
2014年2月28日 毎日新聞:記者有情:リケジョ /福岡




理化学研究所は、約10年前に、別の研究不正事件があったが、不正調査や記者発表の仕方が杜撰であったため、論文撤回を強要されたり、不正に関与したかのようのに発表されたコレスポ含むその他の共著者によって訴えられたことがある。




STAP論文調査委員に対する調査妨害のための不当な告発文書








228 件のコメント:

  1. 私もFig.1-fがおかしいと思う。STAP細胞の一丁目、一番地のデータであるが・・・

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  2. Nature letterのFIg. 1aとFig. 1bの胎児の血管のパターンがおなじに見えるのですが、そういうものなのでしょうか?専門家の方に教えていただきたいです。Fig. 1aはBright-fieldという文字と重なってしまっていますが、cag-GFPの画像で血管がよくわかります。

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    1. 同じようにLetter初見時に胎児の類似性と胎盤撮影の不自然さを感じました。再度見てみると、確かに胎児の血管が類似しています。Fig. 1a, 1bでは、同一の胎児・胎盤を撮影条件や付属する臍帯等の組織の位置を変えて撮影している可能性も考えられると思います。
      Fig. 1a Bright-fieldでは、付属する臍帯等の組織を故意に胎盤上に乗せて撮影しているようにしか見えないです。このような取り方の胎盤写真は論文では珍しいのではないでしょうか。
      もし同一個体であれば、Fig. 1bの胎児の方が血液で汚れていますので、Fig. 1bを撮影した後に胎児・胎盤をきれいに洗って、胎盤に臍帯等の組織を乗せてFig. 1aを撮影した感じでしょうか。手が込んでますね。

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  3. ArticleのFig.5のcのグラフのおかしさについては、指摘する必要はないですかね。

    一見、ただの書き間違いという小さなミスのようにも見えますが、違うんでは?

    今どき、グラフを手で作図するなんてことは普通ありませんよね?
    エクセル等で表を作って、測定数値を一つ一つ表に入力して、グラフは自動で描かせる。
    グラフの軸目盛の数値も、入力された要素の数値にしたがって自動で表示されるはずです。

    その軸目盛の数値が現実にはおかしな数値になっている。ってことは、表に入力された数値が全部間違っていた、ってことになりますよね。
    120日間の観察中、ES細胞のだけでも45回分の測定データがあり、たぶんSTAP幹細胞も同じ回数測定されているようですが(重なっていて一部見えない)、90回も測定しておいて、90回も数値を入力する間に、数値の誤りに気付かないなんてことがあるんですかね?

    手書きによって捏造されたグラフである可能性がありませんか?
    少なくとも、正しく観察された結果ではないのは間違いありません。
    このFig.5のcがまったく事実を表さないものであるのは明白です。

    この図については本文中にも言及があり、STAP幹細胞の増殖力がES細胞と同等であることの証拠になっているようです。
    ほっといていいものではないと思うのですが、細胞生物学の方々はどう思っておられるのでしょうか。その世界ではよくある「些細なミス」なのでしょうか。

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    1. http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/fig_tab/nature12968_F5.html

      上リンクのFig.5cの、ES細胞の各ドットと、STAP stem cell(幹細胞)の各ドットの、"Number of days"が一致しない(ずれている)という問題のことですよね?

      これに関しては、「細胞を継代し細胞をカウントした日付が、ES細胞とSTAP幹細胞で異なるだけでは?」という擁護意見もあります。

      厳密に両者の増殖能力を比較するならば、細胞継代間隔は両者で同じにするべき(揃えるべき)ですので、このFig.5cは実験としては洗練されていないかもしれませんが、不正とは断定できないように思います。


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    2. いえいえ、そっちは気づきませんでした。

      「10の60乗」という数値の巨大さですよ。縦軸のほうです。

      生物の素人としては、ふだん細胞塊の観察をするときに「何個」という数字が出てくるのが普通なのか知りませんが、絶対におかしいです。

      STAP幹細胞の大きさが10マイクロメートルと仮定すると、10の60乗個の細胞からなる塊は、明らかにシャーレに入りませんよ。

      大雑把にですが、非常に小さめに計算しても、研究室の外どころか、ヘリオポーズの外まであふれ出てしまいますよ(笑)。オールトの雲までは届かないようですがね。

      削除
    3. 細胞は継代するときに、全ての細胞を含む細胞懸濁液から一部(10分の1量位)だけが次の培養に使用されます。
      そうすることにより、培養スケールをそのままにして、細胞増殖能を測定することができます。

      例えば、初日(Day 0)で細胞数が、10の8乗個だとし、
      そのうち、10分の1量(10の7乗個)だけを継代し、
      3日後のDay3に細胞数を測定したときに、10倍に増殖して、同じ、10の8乗個が計測されたとします。
      このとき、もし、Day 1で初期の10の8乗個を培養しつづけていたと過程すれば、Day 3で10の9乗個に増殖する能力があったと推定できます。

      以降、同様の操作を繰り返し、細胞が同じペースで増え続け120日後(Day 120)にも10の8乗個が計測されたとすると、実際は、10の48乗個まで増殖できる能力があると、推定できます。

      このように考えると、論文中のDay 120での10の60乗個近い細胞数も不思議ではありません。

      削除
    4. なるほど。理解しました。
      門外漢が口出しは間違いでしたね。恥ずかしいところです。

      画面が汚れたとお感じでしたら、一連のコメントは削除していただいて結構です。

      削除
  4. コピペや不適切な図などが、Articleの方(他の論文もVacantiラボから出たもの)に偏っている気もしますね。
    Letterの方は若山さんがきちんと見直したからでしょうか。

    返信削除
  5. LetterのFig. 1aとFig.1bは同一個体である可能性が出てきました。
    Fig.1b cag-GFPを85%縮小して4°回転させたものとFig.1a bright-fieldにおいて、胎児の血管パターンの極めて高い相同性が認められます。

    返信削除
    返信
    1. Fig.1aとFig.1bとが逆でした。
      失礼しました。
      Fig.1aのcag-GFPとFig.1b bright-fieldです。

      削除
    2. こんな感じです。webではGFPの輝度が上がっていますがファイルとして開き直すと大丈夫です。
      http://imgur.com/Ug5QVdZ

      削除
    3. opacityでした。失礼しました。

      削除
    4. 修正版です。
      http://imgur.com/pXIb2vo

      削除
  6. 理研が発表した3/5の実験手技解説の責任著者である丹羽仁史の多能性幹細胞研究プロジェクトのサイトを見ていたらフォトライブラリーのページにEGFP Mouseという項目があり、
    そこの解説に「グリーンマウス。ES細胞において緑色蛍光タンパクEGFP遺伝子を導入し、それも用いキメラマウスを作成した。ES細胞は胚体外組織にも分化できる能力を持っているが、通常の方法によってキメラマウスを作製するとすべて胚体組織に分化する。」と書いてありました。
    http://www.cdb.riken.jp/pcs/photo/photo.html
    ES細胞が胎盤(胚体外組織)にも分化できる能力を持っているのは、著者らには周知のことだったようです。しかもキメラマウスの細工製方法さえ工夫すれば胎盤をGFPで光らせることができることも知っていたのではないでしょうか。これが直ちに研究不正を意味するわけではありませんが、Nature Letterの方でSTAP細胞とES細胞を比較してSTAP細胞はES細胞より広い多能性をもち、胚のみならず胎盤の発生に寄与できると主張しているのは不誠実ではな態度ではないでしょうか。

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  7. 結局、博士論文の図とNatureの図はどちらが正しい(文と図が合ってる)のでしょうかね。

    時期的には小保方氏が博士論文を書いたのは、STAP細胞の研究を(も?)始めて何年か経っていることですし、博士論文の方が間違っている可能性もあります。

    そこは早大かNatureがいずれはっきりさせることでしょうけど。

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  8. Nature論文の「STAP細胞由来テラトーマ」の「STAP細胞」は,他の多くの実験で用いられているT細胞由来のものと明記されているのでしょうか。
    両論文のテラトーマは全然違うもの=完全な捏造という批判は,暗黙のうちにSTAP細胞=T細胞由来のものとしているようにも思えます。
    筆者らはSTAP細胞は他の組織からもできたと主張しており,D論の「骨髄sphere」が実は骨髄由来のSTAPだったので流用した,という逃げを打つことはあり得ませんか。

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    1. そう、Fig.2はT細胞由来とは言ってないんですよね。
      もちろん、Nature論文の中にはBM STAPの記述もあるので、
      博士論文のそのあたりの文章がどうなっているのか、知りたいです。

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    2. ↑すみません、T細胞の前に「Spleenの」が抜けました。

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  9. いずれにせよ、もとになる組織(上段の図)が違うので、逃げとしては成立しませんね。同じものを掲載しようとした=誰にでも分かる上段の図が違うのは、"うっかり"ではどうやっても成立しません。

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  10. 2014年3月9日 22:34の書き込みをした者です。
    素人なものでよく分かってないのですが,上段のものの染色画像というのが下段ということでしょうか。同じものの同じ位置を撮っているなら,上段の写真に何もないところに何か写っていることになり,これまた随分お粗末なことになります。
    こんなことが起こっているとして,私の頭をよぎるのは,D論のword文書の3画像×2段の書式をつかって画像張り込みのドキュメントを作ろうとし,上段は張り替えたけど下段は忘れたという,とんでもないうっかりということがないのか,ということです。
    写真使い回しの意図的捏造ならもっとちゃんと捏造しませんかね?
    まあ,上段の画像もテラトーマじゃないとの批判もあるみたいなので,そっちの方を重視すれば,上段に新しく何か分化組織の画像をテキトーに持ってきて,下段はなんだか光ってる染色画像とやらなので,よく見なきゃばれないだろうという人をバカにした捏造の可能性も十二分にあるでしょうけど。
    なんにせよ,本当に捏造ならあまりに人をなめた捏造ですので,専門知識のある方々は,このバカを完膚無きまでにたたきつぶして下さい。
    素人なりになんとか意図的捏造ではない可能性を考えて来た果てがこれですから。

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  11. しつこくて済みません。
    2014年3月10日 0:46の書き込みをした者です。
    natureとD論,下段の「流用」写真,明度だけじゃなく,説明の文字列のフォントや文字列背景に黒塗りのあるなしも違うので,まえの書き込みの下段張替忘れはあり得ませんね。
    D論以降に同じ写真,配列でのドキュメントを何度か作っており,その過程で明度と文字列の出し方を変えたのならまだ張替忘れが皆無とは言えませんが,なんにせよ張替忘れなら貼り込むはずだった画像を出せばいいだけですから,それをしない以上真っ黒黒なんですかね。

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  12. こんにちは。
    初めまして。今回の一連の騒動に関して大変よくまとまっており、感心すると同時に憤りを感じました。

    これら一連の内容に関して、もっと広く知ってもらいたいと思い、動画を作成したいと考えているのですが、このブログ内で引用、編集されている画像等を引用させていただいてもよろしいでしょうか?

    お返事いただければ幸いです。

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  13. ご自由に改変、使用してください。この問題を広めてくださると嬉しいです。

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    1. お返事いただきありがとうございます。
      動画の編集を開始させていただきました。

      専門家ではないので、不備のある内容となるかもしれませんが、完成しましたらご報告させていただきます。

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  14. D論のBackground→http://stapcells.up.seesaa.net/image/Background.pdf
    コピペ元→http://stemcells.nih.gov/info/basics/pages/basics1.aspx

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  15. 昨日匿名で動画の作成許可をいただいたものです。
    以下に作成した動画のURLを記載しました。

    http://www.nicovideo.jp/watch/sm23066845

    専門分野ではないため、誤りや認識のずれ等があるかもしれません。
    その場合、ご指摘いただければ幸いです。

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  16. そもそもD論の問題のFigの写真もどこかからコピペしてきたのではないでしょうか?

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  17. 今回はネットコミュニティの力に敬服しております。「マイクロソフトがお金をかけて百科事典を作ろうとしたのに失敗し、ネットで無償の貢献によりWikiが大成功」というのを思い出します。知識のある人が無償で社会に貢献したいという意欲には目を見張るものがあります。
    ところで、私は文系のイギリス大学博士課程在学学生なのですが、課題の提出にはturnitinとかいうソフトが使われるとのことで、デジタルになっているものの引用は論文でもホームページでもすぐに明らかになってしまいますので、そんなことをする学生はいないのが現状です。ルールにのっとった引用さえも、本文のXX%以下、と決められています。規定違反の場合には指導教官が目を通す前に警告とともに戻ってくるということです。早稲田のような大きな大学で、しかも英語論文でしたら、これを導入すればよいのではないでしょうか?どうも今回は日本の(というより、研究室によってゆるくても許されてしまう)大学の品質保証が問われる事態のようですし、研究者を育てる大学院くらいはまともな審査をしてほしいものだと思います。恐らくこのようなコミュニティに参加されるような実のある勉強をした人と、コピべの人に同じ学位を与える組織が健全だとはとうてい思えません。改革の機会になることを祈ります。

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    1. 全くその通りだと思います。そういう不公平を目の当たりにしたのと経済的理由で研究の道を断念してもう何年も経ちます。似たような分野でした。私の目からみると、もう10年以上前から、そういう問題をかかえていた分野というか業界で、こういうことが世間の目にやっと触れたかと思うと、かえって心のトゲがひとつとれた感じです。私もこのことによって何らかの良い変革がもたらされることを祈ります。

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  18. 小保方Nature articleのLandry論文との重複についてですが、(seven) different fluorochromes (....) and hybridized as previously described の部分も青ハイライトしておくべきではないでしょうか。

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  19. Nature protocolsについては、Fig.5のaのB cellのグラフと、bのneutrophilsのグラフが酷似していると言われていますね。(SDは微妙に変えてある)
    また、実験に使ったマウスの系統も明らかではないものの(写真を見る限りヌードマウスに近いもの?)、ヌードマウスだとしたらanti-CD3でTcellの発現を確認は問題ない??なおかつ、それはFigではマクロファージになった???
    nature protocolsって、こんなのでいいんだ。。。

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  20. 次は、東電関係で斑目とか大橋の論文を検証してください。
    あの系統で、まじめにやってるはずないと思いますから。

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  21. 11次元さん、そろそろ小保方さんの追及はこれぐらいにして、この論文の共著者のその他の論文を洗ってみてはどうでしょうか?共著者で撤回に同意していない Vacanti さんとか、どうも、きな臭い感じがしますが。

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  22. Vacanti氏が拒否して論文掲載取り下げ不成立(宙ぶらりんで長期間推移することも含めて)となると、Vacanti氏のこと、「ヒトSTAP(幹)細胞」だと言い張ってヒトES細胞の実験を「より自由に」やりかねないと思ってビビっています。

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  23. WSJへの「博士論文下書き」メールが、小保方氏本人からのものであるかどうか、まだ確信はありませんが・・・

    早稲田の場合、博士論文は、外部の印刷会社に自分で最終原稿を持って行って、製本を注文します。製本の完成品を受け取り、自分で大学に持って行って提出します。

    博士論文は院の指定するフォーマットに編集する必要がありますし、結構お金掛かる製本注文で、かつ記録に残るものですから、注文の前も後も慎重に内容確認するのが普通です。

    どこかにあった下書きが、自分の知らない内に製本に回されてしまったというシナリオは、早稲田の場合は、状況的にもタイミング的にも、想像しがたいです。

    何にせよ、博士論文もジャーナル掲載論文も、一度提出すれば著者はその内容に責任を負わなくてはなりません。タイポは仕方がないとしても、文章やデータについて多数の差し替えや訂正があまり頻繁にでてくると、どこかでうっかりミスを超えて、もっと深刻な問題になってしまうでしょう。

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  24. 画像処理について質問:小保方氏のArticleをダウンロードし、Adobe Readerで開くとFig1eでd3とd6の真ん中(縦線)でコピーペーストされているようにみえる。うまく説明できないが、様々な箇所をクリックすると写真一枚のみが暗転せずまたFig1e
    全体が暗転せず、大きく2カ所に分かれる。画像の専門家はこれをどのように解釈するか説明して下さい。さらに写真の捏造にかんれんするかも教えて下さい。

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    1. Nature Article Fig 1dのグラフも4つに分割されますよね。画像がある部分と文字と線だけの部分で分かれているのは、画像の圧縮率を考えているからだろうと思います。一般論ですが、PDFを生成する過程で、意図せず(つまり人為的でない)画像が分割されてしまうことはよくあります。原因が文書作成ソフトやOSだったりPDFを生成するアプリ内で使っていた外部のライブラリだったりで、アプリを作った人間でも分からなかったりします。

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    2. <訂正>1dではなく 1hの間違いでした。

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  25. 続き、Nature ArticleのFig1eの図でd3とd6の真ん中で縦にこの図が2分割している事が判明しました。非常に奇妙な写真の結合である。これは明らかにデータの切り貼りにあたりデータの捏造ではないかと思う。

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  26. 自然科学系のものです。ギフトオーサーシップも不正です。このサイトに来る人たちの中には、必要悪と考えている人もいるかもしれませんが、これを機会にオーサーシップについても考え直してほしいです。

    論文2本で14人の著者。各人はどの程度の貢献をしたのでしょう。たとえ指導教員であっても、アイディア形成に深くかかわっていなければ、著者でなく謝辞に載せるべき。研究費を出してもらっているからとか、分析(特別な分析でないもの)を手伝ってもらったからという理由だけで著者に名前を挙げるのは間違い。謝辞で十分。

    著者を増やして業績を水増しし、研究費を獲得するという、いまの日本の(特に理系の)やり方はおかしい。かくいう私も以前に米国人と共同研究をした際、日本で慣らされた感覚で、ある研究者を著者に加えようとしたら「オーサーシップは大事だ」とたしなめられたことがあった。

    専門分化が進み、論文数でしか他者の研究能力を評価できなくなってしまった科学。研究費の審査や人事審査が変わらない限り、この問題はなくならないかもしれない。しかし、科学者村の外からみたら、やはりおかしなこと。研究の内容によるけれど、常識的に考えて、5人も6人も著者がいるのって滑稽じゃありませんか。

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    1. おっしゃることは正しいと思いますが、捏造や盗用と違って、論文を読んだり追試するだけでは検証は難しいでしょう。こればかりはそれぞれの著者の倫理にお任せするしかない。LHC ATLASの論文で共著者3203人の論文があるようですが、みんながそれぞれなにかやってるかと問われれば、何かやってるんです。

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    2. 反応いただき、ありがとうございます。たしかに検証は難しいですね。「何かやっている」人がたくさんいるということはあるでしょう。しかし著者になる必要があるどうか。謝辞でよいのではないかと。倫理の問題というより意識の問題かなと思います。

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    3. 彼女は、自主的に博論を取り下げるそうですね。本当に「自主的」なのでしょうか? 大学が過去の論文の再検査を避けるためのエスケープゴートにされたようにしか思えないです。再検査したら大学院の存在そのものが危うくなるからかもしれませんが、、、。社会そのものがイカサマに慣れてるというか、色々考えさせられる事件です。

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    4. 敢えて例えると、不祥事を起こして懲戒免職になるところを、依願退職扱いにしてもらいたいってことじゃないんですかね?
      不祥事自体は不問にしてもらいたい、と。
      だとしたら、彼女の側に十分自主的に申し出る動機付けはあると思います。
      ただ、実際問題として博論の取り消しと博士号の剥奪は大学側にしかできないのではないでしょうか。
      こうした場合「退職届を受理」というオプションは学位授与機関としてありえないでしょうから。

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    5. オーサーシップには、定義があります。
      国際医学雑誌編集者委員会が定めたものによると、次の4項目を満たさなければなりません。

      1:研究の着想と計画策定への参加
      2:データ収集と解釈への責任
      3:原稿の執筆や内容改訂への参加
      4:出版の最終原稿への同意

      3203人もが原稿を執筆しているとは、到底思えません。
      よって、オーサーシップの定義を満たしていないはずです。
      というより、14人でも、果たして全員がこの定義を満たしているのかどうか、、、

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    6. いくら生命科学研究がビッグサイエンス化しつつあるとはいえ、素粒子物理の国際プロジェクトと比較するのは無理があるでしょう。挙げられたICMJEの規定も、あくまでbiomedical journalに投稿する場合のものです。

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    7. 分野が違うといろいろ違いもあるようですね。1~3のどれか一つにでも、ある程度以上関与したら共著者にすべき、と考えられている分野もあります。それは、共著者になった人に過大な利益を与えていて不公平であると認識されるよりも、むしろ、寄与しているのにそのことを明記しない不公平を避けるものと認識されています。謝辞に書かれる程度なのは、論文の根幹には関わっていない、または、論文に対して責任を負っていないということになります。これはそれぞれの分野で、共著者・謝辞というものに対する暗黙のコンセンサスに従っていればよいことで、どちらが正しいとかいうことではありません。

      素粒子などでは、100人以上で一つの論文なんてのはざらにあることで、しかし、そのプロジェクトを遂行するのに、その一人一人がその専門知識をフルに活用して、何カ月も何年もかかるということなのだから、共著者になるのも道理があると思われます。

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    8. 100人以上の一人一人がフルに活躍とは驚きました。なるほど、そういう分野もあるのですね。5人の場合も100人の場合も、誰が何を担当したかを明記すると、多少は緊張感が生まれ、ギフトオーサーシップの抑制につながるでしょうか(無理かな...)。

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  27. 分野によって、5~6人で実際に分担して著者になることもあり得ます。しかし、おかしいのは、一本の論文で10人著者がいたら、それぞれ、「一つ書いた」と業績にカウントされ、評価されるのが常態化していること。論文の本数言うなら、一人当たり平均0.1本とカウントすべき。そもそも論文の本数で評価するのもおかしいけど、その上超水増しされている。そのカウントの仕方のほうが、都合が良い人が大多数だから、けして是正されないのが、現実。科学の世界といっても、所詮そんなもの。科学は客観的でも、科学者の世界は(本人たちも気がつかない)欺瞞に満ち溢れている。

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    1. それ言い出したら、同じ量の発見を何本にも小出しにして発表しているのもありますから、「カウント」しようがないですね。

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    2. 何本にもした上で、著者の順序変えて、水増しに水増しを加えているのもあります。そもそも数値化して数で評価しようというのが、科学の世界にはそぐわないのだけど、それが世間にはなかなか理解してもらえないのが、問題です。数値化すれば、内容と関係なくその数値だけ上がるように本末転倒な工夫してしまう人がどうしても出てしまう。というか、多数になってしまう。

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  28. なんか博士論文の取り下げ要請をしたと書いてありますが。
    http://www.iza.ne.jp/kiji/events/news/140315/evt14031522300023-n1.html

    そんなことが可能なのでしょうか。
    これは博士号を返上すると言うことなのでしょうか。



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    1. 審査中なら別ですが、もう審査が完了して大学が正式に博士号を出した論文を、申請者の側から取り下げる手続きは置かれていないと思います。
      大学側から博士号をはく奪する手続きはあるはずですから、形式的であれそちらでやることになるのでは。

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  29. >ZenBioのホームページに掲載されている画像(Human skeletal myocytes in culture)から盗用されたものです。
    なら類似って書くな

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  30. 他でもすでに取り上げられているので、書店で立ち読みして確認したが、自称 科学史専門家の米本昌平氏が中央公論4月号の寄稿がかなりイタイことになっている。その内容からすでに疑惑が出てから執筆してると思われるが、例のnature論文の完成度の高さを称賛。図の”取り違え” を些細なことのように論評。京大理学部コネクション中でのリップサービスなのか、疑惑を薄めるための印象操作をしてるのか。単純にとらえれば、よく調べもせず前のめりの知ったぶりで失敗したということか。STAP細胞発見が我々につきつけ”た”ものは別の意味で大きかったようだ。 米本氏は5月号で釈明してほしい。”私もだまされた”なんて白々しいことは言わないでね。

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    1. まあ今回のは論壇やネット論壇の「名士たち」の判断力や情報収集力、世論に流されない独立精神や良識を試す格好のリトマス試験紙でしたね。

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  31. STAPにまつわる利権に切り込んだネット上のコメント。植草一秀氏ブログ3/16では、政府の「新・成長戦略」における「特定国立研究開発法人」は、政治利権、官僚利権であるとし、論文の「偽装」と報道の「やらせ」を指摘。
    http://uekusak.cocolog-nifty.com/blog/2014/03/stap-83c9.html

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  32. 下世話な週刊誌をツイートしても、こういう反論は無視するんだね
    「アンチ・小保方STAP細胞の匿名ブログ『kahoの日記:STAP細胞の非実在について』のエセ科学性」
    http://blog.goo.ne.jp/narmuqym/e/4d818cb1f94bec01b84c1cd1321db5f6

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    1. STAP細胞があろうがなかろうが、小保方がこれまでやってきたことは明らかにでたらめであり、消えることはない。STAP細胞があろうが、研究者としては許されないと思う。このブログの主の実験内容は理解できないが、コピペをかばう論理は破たんしてるのはよくわかる。しかし、かなり強気だな。こいつら。

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    2. 匿名ブログでの反論は卑怯であると、別の匿名ブログが批判しましたとさ。

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  33. >小保方博士論文の Figure 10(p53)のEctoderm (Hepatocyte)の実験画像は、
    >コスモ・バイオ株式会社のホームページに掲載の画像から盗用されたものです。
    >さらに、小保方博士論文の Figure 10(p53)のMesoderm (Muscle)の実験画像は、
    >ZenBioのホームページに掲載されている画像(Human skeletal myocytes in culture)か>ら盗用されたものです。
    盗用と断定しながら図には類似と書いてる
    下らない予防線張ってんじゃねえよ

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  34. ねっとないのとくめいにんげんなんて、しょせん、そんざいしてないのとおなじとおもわれたいんだろうから、あなたがしんでも、だれもきづかない。そんざいしてないのとおなじだから、なにいってもいいのはどっちもどっち。

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    1. 日本の社会はまだ成熟しておらず、実名で意見を述べた場合、意見の内容以外のところでいろいろな詮索が入ることがあり、意見を述べたことの効果が有効に作用しないことがままあるからです。例えば議会や選挙でも無記名投票というのがあり、必ずしも誰がどんな意思表示をしたかわからないことがあります。しかしその結果は意味があります。匿名であっても社会を動かした事例は枚挙にいとまがありません。存在していないのと同じということは全くありません。ただ匿名で言いたいことだけ言うのは卑怯だという議論は別にあるでしょう。

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    2. 私は科学者ではないですが、世間の常識というか私の中でのそれなのかもしれませんが、ネイチャーという雑誌に匿名を希望して名前は明かして批判をするのが普通でその雑誌が貴方の主張がもっともと認めれば匿名でこういうものを公表したりするのが順番というものかとおもうのです。私なら例えばこのブログを批判したい場合私の信頼するマスメディアに投稿する。採用されなければ自分の意見は世間から見れば幼稚だったとあきらめるか、またやりなおす。そんな順番は日本の科学者の間にはないのかなという気味悪さを感じた。日本の社会と言うのは科学者達と言う意味ですか?東スポは私のような意見の識者の意見も載せていたと思う。週刊誌などは小保方氏のプライバシーに話題が移っている。社会が未成熟とはそういうことなのか?相手は顔も名前も世間に出ている。仕事の話は仕事の場で手順を踏んで堂々としてほしい。私はインターネットに向かない人間か古臭過ぎるのかもしれませんが。だから、ここから先は、先に述べたように実名連絡先を明かしマスコミに意見してみます。ただ、ペンネームか匿名希望にはすると思います。鈴木はわたしの本当の名字です。どこかに載るとも思いませんが世相をつくるのは市民ひとりひとりでより良い世の中にしていきたいと思うだけで何でもかんでもすぐにアップされるネットばかりがよいと思う訳じゃないからです。

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    3. すずきさんの言いたいことはわからないでもないですが。
      Nature誌にコメントを出したとしても、それは実験の追試データなどをしっかりした形で提示しない限り受理される可能性というのは低いと思われます。ましてやこの論文のこの図がおかしいというだけの指摘の全てがNature誌編集部で対応してくれるかというのは総論文数からいって難しいのではないでしょうか。本来は掲載論文の不適切なデータ(画像などの使い回し)の検証などはNature誌自身ががやるべきことだとは思います。
      しかし、今回の場合にこのように速い段階で論文の問題点が取り上げられなかった場合はどうなるでしょうか?そう仮定すると、追試が今でも各国の研究所で行われ、我が国でもSTAP細胞の研究に大規模な予算を投じることになるでしょう。実際には、STAP細胞が実際に存在するかどうかもわからないのにですよ?
      このように速い段階で問題が明るみに出たのは良いことでしょう。これも匿名性のブログや書き込みなどが影響してのことだと思います。確かに小保方さんの人格や個人を攻撃するような内容の記事は反吐がでますが、プレス発表での前のめり過ぎる会見で注目を集めてしまった以上は、本人や関係者の責任もあるでしょう。あとはマスメディアの倫理観だと思います。
      このSTAP細胞の論文データに何の疑義もなく、追試や再現実験も容易にできていたら、問題にもなっていないわけですから。
      あと、実名公表にすると何かしらたたかれる(標的にされる)というのが日本のネットの悪いところだとは思います。速い段階で今回の論文の疑義について実名でコメントした人が脅迫に近い圧力を受けたのも事実としてあります。

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    4. 日本の科学者とひとくくりにされてますが、まずここのブログ主と仲間たちが科学者かどうかもわかりません。ブログ主のしていることは、図や文章が剽窃であることを指摘しているだけで、素人でも見れば判断できることですから、匿名か実名かは、第三者にはどうでもよいことです。ネイチャーみたいな商業誌でも、その他のまともな学術雑誌でも、匿名ブログからの指摘であっても、疑義があることがわかれば動くと思いますよ。ただし、世界中の匿名ブログを監視してるわけではないでしょうけど(とくに日本語のブログは)。

      それから、それ以外にコメント欄に「参加」されている科学者(自称も含む)は、単に好き勝手な意見を表明しているだけで、ブログ主の協力者でもなんでもないでしょう。当該分野の専門家たちは、こんなところで書き込みなどせず、それぞれ正規の実名のルートで発表すべく、まともな仕事をしていることと思いますよ。(しかし、これだけ剽窃が明らかになると、STAP幹細胞の存在を否定する結果が得られても、投稿する気はかなりそがれていると思いますが。)

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    5. このブログに投稿する人が科学者(定義を知りたいです。ちなみに私は世の中で文化系と言われる学部を出ましたが、科学技術の関する著述があり、そこそこ売れています。立花隆さんは何学部でしたっけ?)に限定する必要はないと思います。小保方さんもいわゆる科学者でないことが、徐々に判明されつつあります。
      「図や文章が剽窃である」ことは専門家の指摘で初めてわかりました。素人には分らないことです。
      「Nature]を商業誌と言ってその道に明るいことを示したいのかもしれませんが、一応権威ある図書です。でなければ、小保方さんが何度もチャレンジするでしょうか?この伝でいくと、ノーベル賞もかなり商業的なプライズになりますね。
      この欄は必ずしもブログ主の意に沿う意見だけではないようです。そうでない意見がたくさん掲載されており、立派と思います。
      ここに書くことが「まとも」でないというのなら、貴方も随分無駄足を踏みましたね。
      私はこういう草の根運動がやがて日本に自浄作用を促してくれると期待して、時間を使って投稿しています。

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    6. はぁ?
      >「Nature]を商業誌と言ってその道に明るいことを示したいのかもしれませんが、
      あれは誰が見ても商業誌でしょう。示したい?頭おかしいんじゃないですか?
      >一応権威ある図書です。でなければ、小保方さんが何度もチャレンジするでしょうか?
      ある意味権威のある商業誌ですね。学術雑誌に入れても間違いではないですが、根本は商業誌。つまり、学術的な価値よりも、売れるかどうかに重点があります。
      小保方氏その他がチャレンジするかどうかなんて、何の基準にもならないでしょう。
      >この伝でいくと、ノーベル賞もかなり商業的なプライズになりますね。
      はぁ?ネイチャーに載ることと、ノーベル賞の関係を、思いっっっきり勘違いしてるんじゃないですか?
      本が売れたかどうか知りませんが、もっと勉強したら?
      >ここに書くことが「まとも」でないというのなら、貴方も随分無駄足を踏みましたね。
      はぁ?どう読み間違えたらそうなる?やっぱり頭おかしいんじゃないか?
      その読解力と文章力で、よく本なんか書いて、こんなところで、売れたとか、書けますね。

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    7. 上記の匿名2014年3月21日 23:09氏を支持します。
      科学者の定義は諸説あるでしょうが(個人的には、アカデミア・企業在籍問わず、科学の進展に寄与している人、研究を生業としている人だと思いますが)、科学的な読み物を書ける人のことではありません。科学的な読み物を書いて、多少売れたからといって、科学者を標榜するのだとしたら、お里が知れたものです。
      上記匿名氏が仰るように、Natureは権威がある読み物ではありますが、商業誌でもあります。科学で飯を食っている人にとっては、常識です。

      今回の小保方氏の一連の疑惑は、科学を発展させるどころか、他の科学者の足を引っ張るという意味では発展とは逆のベクトルを有するものです。無論、彼女だけが糾弾されるべきではなく、理研、大学教育、その他広い範囲にわたって議論がなされるべきかとは思います。しかし、彼女の行いを擁護するのはありえない。真面目に研究して、真面目に論文を書いている人なら当然です。

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    8. 21日23:47の評って何か見当違いじゃない?もとの匿名氏は、科学者以外でも議論に加わってもいいといっている気がするけどなあ。これだけ社会的に騒がせると尚更と思うけど。その上の人も、他人に頭がおかしいとかいってるけど、自分はどうなの?こうしたやり取りに終始すると、この欄の意味がねえ…?

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    9. 23:09と23:47は、ネイチャーが商業誌だということで一致してるだけで、別に何も見当違いなことは書いてない。上の流れで、見当違いなことがあるとすれば、
      >科学者(定義を知りたいです。ちなみに私は世の中で文化系と言われる学部を出ましたが、科学技術の関する著述があり、そこそこ売れています。立花隆さんは何学部でしたっけ?)
      というところで、これは科学者の定義には、()内の人物像も含めることが可能であるという主張を示唆していますから、それは違うんじゃないかというのは、常識的な意見だと思いますよ。そうでなければ、定義を知りたいなんて、書かないでしょう。その後の、
      >に限定する必要はないと思います。
      は、定義に()内の人物像を含めなかった場合でも、議論に参加できるという意味でしょう。
      ちなみに、誰も科学者以外が参加することに反対はしてないんじゃないかな。
      まあどうでもいいけどね。

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    10. 追加です。ノーベル賞とネイチャーの関係をイコールみたいに思ってるとしたら、それも見当違いですね。ネイチャーと全く関係なくノーベル賞はでるし、ネイチャーに載ったからっていって、ノーベル賞候補とかでは全くないです。ネイチャーに載ることと、ノーベル賞の相関関係は、実際はそんなにはないじゃないかな?これは研究者には常識的なことですけど、報道だけ見てる一般人は誤解してしまいそうなことです。

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  35. やはりこのブログの記事も挙げられたほうが、こちらのサイトの検証の正当性が上がると思います。
    でなければただのSTAP潰しを目的としてやっていると思われてしまいますので。

    http://blog.goo.ne.jp/narmuqym/e/4d818cb1f94bec01b84c1cd1321db5f6

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    1. うーーん・・???
      上記ブログをざっと読みましたが、科学的に低レベルな内容で、
      論理性も乏しいので
      11jigen氏が検証する価値は全くないように思います。

      削除
    2. そうですか?
      どのあたりが「科学的に」低レベルなのでしょう?

      カスタムトラックに入っている別人のデータは何の意味があるのでしょうか?
      何故、kaho氏はESCと入れているのでしょうか?

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    3. >どのあたりが「科学的に」低レベルなのでしょう?

      それが分からない時点で、あなたはこの問題から退場した方が良いと思います。

      ちなみに、私は「うーーん・・???」と言っている人とは別人です。あしからず。

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    4. すみませんが、無知なもので是非教えて頂きたく存じます。
      この点に関しては、素人なのでどちらの言い分が正しいのか、
      なぜkaho氏があのような解析をしたのかが不可解なのです。
      どうぞよろしくお願い致します。

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    5. まずデータの名前の付け方などどうでもいいでしょう。
      ESCにES cellという意味があるのか、それとも全く別のkaho氏の略語なのかは分かりませんが解析の本質には何ら関係がないことです。

      また、他のデータとの比較ですが、既に報告されている体細胞やES細胞のNGSデータとの比較を試みているのではないでしょうか?
      kaho氏が触れてないのでしたらやはり解析の本質には関係ないのです。

      どちらにせよ名前の付け方や一緒に入っている他のデータに文句を付けているあたりが科学的に低レベルなんでしょうね。

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    6. http://slashdot.jp/journal/578973/%E3%82%AA%E3%82%AA%E3%82%AB%E3%83%9F%E5%B0%91%E5%B9%B4

      kahoさんの最後の投稿で投下されたものですね。
      検証するまでもないと思いますけど。

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    7. まぁ、結局誰も分かっていないということですね。
      すみません、ここで聞くだけ無駄でした。

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    8. ブログ見ましたが、kaho先生は匿名だから悪い(エセ科学?)という内容を繰り返しているだけの悪文で、根拠としているところがさっぱり分からない。論理展開がめちゃくちゃで、意味不明。検証する価値がない、というよりは、検証不可といった方がよいかも。こういうトンデモな輩は無視しないとね。

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    9. なんだかかわいそうなので一応説明しておきます。

      ①カスタムトラックに入ってる別人のデータ
      kaho氏は別人のデータを使った理由をブログポスト中で明記しています。簡単に言うと採用した解析方法が由来の異なるデータに対しても適応可能であることを示すために使われています。

      ②ESC表記
      これ本当に問題ですか?ESと書こうがESCと書こうがES cellと書こうがデータの中身に違いはないと納得できないでしょうか?

      ハイテクベンチャーブログについては、自身が次世代シーケンサに詳しいというふりをしながら実際には全くデータ解析をしていないところが最もおかしな点になると思います。
      「本当に、一切の加工無く、其の儘、これらの公開データーを使ったのか?」
      などと書き込む前に、自分で再解析して確かめてみれば良いだけの話なのですが、なぜそうしないのでしょうか。

      ちなみにこのハイテクベンチャー氏の次世代シーケンサに関する知識の程度には大いに疑問がありまして、たとえば「42個あるデータのうち3個しか使っていない」という指摘がありますが、RNA-SeqとChIP-Seqという全く別の種類の実験データは当然混ぜて使うわけにはいきません。

      またブログポストの後半で、
      「次世代シーケンサー、Illumina HiSeq 2000の場合…」
      と突如NGSのスペックを並べ立てるくだりがありますが、この部分、おそらくMBLの以下のページのコピペだと思います。(Illumina HiSeq 2000の項目)
      http://ruo.mbl.co.jp/jutaku/sequence.html

      以上、非専門家の方の参考になれば。

      削除
    10. 結局、Takaho氏は論文に投稿したんでしたっけ?
      折角時間かけて解析したのだからするべきだと思いますし、
      それでacceptされるかされないかでTakaho氏の解析が正しいのか誤っているのか分かりますしね。

      削除
    11. ご本人は投稿したと書かれていたと思いますが、acceptされたから正しいだろう、という判断ではSTAP論文も正しいことになってしまいませんか?
      (失礼ながら少し意地の悪いことを書いてみました)

      もちろん論文化することは大切なことだと思いますが、今回の解析例は多少心得のある人間であれば誰もがすぐに追試出来る方法を示されたという点が優れていたと思いますし、そのようなメッセージであったと受け止めています。

      削除
    12. 私はseqデータ解析に関しては全くの素人なのでよく分からないのですが、結局、Takaho氏が解析から仰られたいことは「STAP-SCはES細胞と全く同じである」ということで合っていますでしょうか?

      STAP-SCとESが非常に似ているということは論文でもいっていることなので、Takaho氏の解析のどこが新しいのかがよく分からないのです。

      削除
    13. 「非常に似ている」と「全く同じである」の間にはずいぶん大きな差がありますよね。

      論文中でSTAP-SCはESとよく似ている、と主張しているときは、フェノタイプの話をしています。表現型、ふるまいが非常によく似ているということです。しかしながら両者はまったく別の実験操作を経て取得された細胞ですので、ジェノタイプ上は多少なりとも違いがあるはずです。(kaho氏は第三者のデータセットを利用することでこのあたりをうまく示されています)

      ところがkaho氏の解析からは両者のジェノタイプが似すぎていて見分けがつかないという結果が得られました。あまりにも似ているので、これは論文著者らが主張するSTAP-SCとESのデータだとは考えられない、むしろまったく同一の細胞のデータだと考えるのが妥当なのではないかというのが結論です。

      kaho氏もコメントされているように、著者らが実はこのデータも取り違えでした、間違えて同じ細胞のデータを載せてしまいました、と主張されるのでしたら特に反論はありません。その場合は正しいデータの提出が求められて、再度検証されることになるでしょう。

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    14. ありがとうございます。

      そこで、彼がやったデータ解析の内容が本当に正しいのか?ということになると思います。彼がもし、STAPはクロであるという思い込みで行ったのだとしたら、あのような解析結果になってしまうこともあると思いますし、あの解析の方法が本当にフェアなものであるかを知りたいのです。

      そのためにも、論文を投稿してacceptを受けられるものであるのかが重要であると思っています。

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    15. 「STAPはクロであるという思い込みで行ったのだとしたら、あのような解析結果になってしまうこともあると思います」というのは、なかなか興味深い意見だと感じました。自分はどちらかというとインフォマティクス寄りの人間ですが、そういう風に思われることもあるのか、というのはいささか新鮮です。

      もしよければ教えていただきたいのですが、例えば別の人間が解析をしてkaho氏と同じ結果を得ることも出来ると思いますが、その場合、あなたは彼の解析がフェアであったと信じられますか?

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    16. 言葉不足で申し訳ありませんでしたが、バイオインフォの研究全てに関してそのように思っているということではありません。

      なぜ、Takaho氏の解析がフェアなのか分からないと思ったかというと、彼が著者となっている論文を見てみたところ今回の調査委員のお一人との共著がいくつかあることが分かったので、それはどうなのかなぁと思ったからなのです。

      従って、その他のバイオインフォの研究を否定するものでは全くないことをご理解いただければと思います。

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    17. 上記14:52のコメントに追加ですが、それでももし海外のSTAP混乱を知らないようなどなたか(日本の方だと知らない人はいないと思いますので)が同じような解析をしてくれればな、とは思っています。

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    18. なるほど、そのような背景があるのですね。中の人の事情については私はわからないのでなんとも言えませんが、あなたのスタンスは理解できたと思います。

      先のコメントについては少し驚いたのであのような書き方になりましたが、どうかお気になさらず。「インフォマティシャンはいつも適当に閾値をいじってそれっぽいデータを出してくる」というイメージを持たれている方が居てもまあ仕方ない部分もあるのかなと思いますので・・・

      削除
    19. いえいえ、私自身はウェット系ですがインフォ系の方にも大変お世話になっていますし、お互いに協力し合う状況をもっと増やすことが出来れば研究のスピードは格段に上昇すると思っています。

      それが本来の研究の在り方ですし、むしろそうすべきであると心から思っております。

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  36. 論文に載っているデータは怪しいのは確かだが、結局のところ、この現象自体は存在するとお考えなのでしょうか?場違いですみませんが、皆さんの意見をお聞かせください。僕は素人ながら、あっても良いのかな、と思っています。

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    1. 素人仲間ですが、その現象が実現する可能性は、このところ急落しているように見えますよ。
      でも、あり得ないなんて、根拠を持って言い切れる人は居ないはず。
      ここらへんに書き込んでいる誰も、あり得ないなんて言い切ってないと思います。

      しかし、言うまでもなく、小保方女史の不正行為はそれとは全く別問題だし、理研の体質、早稲田大学の体質の問題も、まるっきり別問題です。
      そこんところ、記者さんにはよく理解してもらいたい。

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    2. いや、なんかその辺が実は対応の遅さにも絡んでいるのかもと思っていまして。
      つまり、もし現象が本当にあるのなら、論文を取り下げてしまっては後追いの他のグループに成果を持っていかれる恐れがあるとか、、、
      だからいろいろ慎重になっているのではないかと素人ながら想像してます。
      確かに、やったことは適切で無いことは否定できませんが、現象が本当にあったことが分かったときに今度はマスコミがどう対応するのか、興味本位ですが見てみたい気もします。

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    3. 彼らが論文を取り下げるかどうかは、大した問題じゃないと思いますよ。ネイチャーのほうで早晩撤回するでしょう。10行のコピペが見つかった時点で、十分にその「資格」があります。まあ、ネイチャーは上にも誰か書いているように、商業誌だから、商業誌としての判断をするでしょうけどね。結果的に現象があるかどうかは別問題だし、いくら取り下げがなく、また撤回されないとしても、どちらみち、あの論文では、プライオリティ(自分たちが最初に見つけたんだっていうこと)を主張できないでしょう。そのぐらい笹井さんもわかるんじゃないかな。

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    4. 再現性が(低いorない)ようなので、理工バイオ系か農学部の学生実験で、生まれたての仔と胎盤を腑分けして大勢でSTAPプロトコルの前半をやったら良いと思う。各組織の一部は急速冷凍保存。脾臓、肝臓、腸管、骨髄、胎盤、全血から分離した白血球くらいは最低やらないと。1個体のマウスで量が足りなければ、1個体のウシ等でもよい。自家発光もあるから最早OCT4-GFPマウスである必要もない。折角だから初期培養に仔と胎盤各々の全血から分離した血清をメンブレンフィルタで濾してプロトコルに示された培地に加えても良い。培地のみと酸処理なしの2つを対照実験とする。実験ノートに詳細に書かせるのは言うまでもないが、学生実験くらい操作が未熟でばらつきがあった方が却って良いと思う。血清入りからの継代または最初からDMEM/F12+B27+ACTH+LIFで培養して、増殖する株があれば、ラボで引き取って、初期化されたのか選択されたのかの検証や、多能性の確認は in vitro での増殖能のある細胞が得られた場合にだけ、後から検証しても良いのではないかと思う。

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  37. 新しい存在の発見には、
    ・それが存在する事を提唱、予測
    ・それが存在する事を科学的に証明
    という2段階があるように思います。
    刺激に応答して脱分化するシステムが哺乳類にも存在する可能性を提唱したのは小保方さんや笹井氏ではないでしょう。バカンティ氏でも無いのではないかと思います。
    今回のNatureの本論である科学的に証明という点については実験データの不備、改ざんによっておよそ科学的とは言えない状況です。
    よって今後別の方法によって科学的に証明される可能性はあるでしょうが、プライオリティは理研グループには無いでしょうね。
    なので今取り下げが遅れているのはSTAP存在いかんの問題ではなく、全員許諾による取り下げシステムや保身、政治的な問題などが原因だと思われます。

    STAPの存在自体の可能性は当然あると思います。
    トカゲやプラナリアにあるのでしたらその機構が維持されているのではないか?
    と思う事自体はとても自然な事だと思いますので。

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  38. CDBは1997年頃から癌細胞を脱分化させ、その出来た幹細胞を、丁度鳥取大学が発表したmir520dなどで正常化させる構想(脱ES)があった。STAPは理研の悲願であろう。

    http://www.cdb.riken.jp/jp/millennium/2_2.html 発生と再生 見えてきた細胞達の振る舞い。

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  39. イニシエーションとしてはROSでもPHでもとにかくストレスあれば癌化するのか?

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  40. 博士学位論文データベース

    東大
    http://gakui.dl.itc.u-tokyo.ac.jp/
    京大
    http://www.kulib.kyoto-u.ac.jp/modules/search/index.php?content_id=16
    慶應義塾
    http://koara.lib.keio.ac.jp/xoonips/
    北大
    http://eprints.lib.hokudai.ac.jp/dspace/handle/2115/54822
    東北大
    http://ir.library.tohoku.ac.jp/re/
    筑波大
    http://www.tulips.tsukuba.ac.jp/lib/ja/collection/thesis
    東工大
    http://tdl.libra.titech.ac.jp/hkshi/
    千葉大
    http://mitizane.ll.chiba-u.jp/curator/index.html
    阪大
    http://www.library.osaka-u.ac.jp/others/gakui/gakuian.htm
    九大
    http://catalog.lib.kyushu-u.ac.jp/ja/xc/search/%2A?os%5Brecordset%5D=Dissertation
    横浜国立
    http://kamome.lib.ynu.ac.jp/dspace/
    一橋
    http://hermes-ir.lib.hit-u.ac.jp/ir/index.html
    東京歯科
    http://www.tdc.ac.jp/lib/thesis/index.php
    同志社
    http://library.doshisha.ac.jp/ir/dissertations/dissertations.html
    東京外語
    http://repository.tufs.ac.jp/doc/
    東京学芸
    https://ir.u-gakugei.ac.jp/
    総合研究大学院
    http://www.lib.soken.ac.jp/rb/ronbun.html
    上智
    http://www.sophia.ac.jp/jpn/research/lib
    埼玉
    http://sucra.saitama-u.ac.jp/modules/xoonips/
    神戸
    http://www.lib.kobe-u.ac.jp/infolib/meta_pub/G0000003gakui
    群馬
    https://gair.media.gunma-u.ac.jp/
    金沢
    http://dspace.lib.kanazawa-u.ac.jp/dspace/

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  41. http://www3.nhk.or.jp/news/html/20140325/k10013233571000.html

    うん、STAP細胞として若山氏がうけとった細胞は論文で使用されたマウスとは別系統と判明したようですね。共著者に対してこの所業はさすがに引きます・・・

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    1. 自分だけ助かりたいというパフォーマンスだろ。

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  42. >また理化学研究所の広報は「この問題について今の段階で、小保方自身がコメントすることはできません」と話しています。

    理化学研究所のこの態度にも引きますね・・・。
    どいつもこいつも、許しがたい所業です。
    野依氏はじめ、理化学研究所の幹部には、科学者を名乗る資格はないと思います。

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    1. >理化学研究所のこの態度にも引きますね・・・。

      そうなのかな?
      たとえば、理研じゃなくて一般企業で同じような事が起きても、
      同じようなマスコミ対応をすると思います。
      広報とかリスクマネジメントとかは、そっち関係の専門家や弁護士とかの仕事だと思うのですが。
      だから、科学者云々には同意できません。

      削除
    2. 横槍ですが。

      意思決定は、野依氏以下の幹部の仕事でしょう。
      「そっち関係の専門家や弁護士とか」は、アドバイスはするでしょうが。
      だらだら引き伸ばして、筆頭著者を奥に引っ込めてるのは、一般企業でならともかく、科学の世界では考えられないことなのですよ。

      また、一般企業を引き合いに出してますが、利潤を追求するのが主目的の一般企業と同じような判断しかしないとしたら、やっぱり科学者を名乗る資格がないってことになります。

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  43. 若山氏が理研を去るまでは小保方氏は若山ラボにいたのですよね。
    その頃のやり取りで若山氏は何もおかしいと感じなかったんですかね。

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    1. 同じラボで毎日顔見てるだろうし、おかしいとかんじていたはず。若山氏の「一人逃げ」への芝居でしょう。自分は正しいことをやっていたということをいち早く発表して、グレイゾーンからの脱出を図っているとしか見えないな。なぜなら、理研の調査が理研の人間だけで行われているのが、そもそもおかしいからだ。第三者だけの調査委員会で、再度やり直すべきだ。若山氏は、ほかの小保方氏から渡されたというSTAP細胞も、第三者に提出して、ラボの実態調査も含め、第三者の調査を受けるべき。

      削除
    2. 上の方の意見に同意します。

      ところで、あれきり若山氏の方で行われている筈の調査結果が出てこないのは何故なんでしょうか?
      遺伝子見るだけならそんなに時間かからないと思うんですが。

      削除
  44. もし小保方氏が129でSTAPを作ったのか本当に確認したいのなら、
    自分でキメラを作って毛の色を見れば129単独でない系統(B6か129/B6)かは
    一発で分かるような気がするのですが。
    そこまで見なかったとしたら、それも不思議なことです。

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    1. 同意します。はやく自分で129からSTAPを作って、その実験経過を公表すればいいだけ。若山教授から受け取った129から作ったと言って渡したりしているわけだから、すぐできるはず。特許の関係があるというのであれば、自分でSTAPを作って、これが私が作ったSTAPですと写真付きで世間に公表し、第三者に、ES細胞由来じゃないんだ・ほんとにSTAPなんだということを、検査させればいいだけでしょう。

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  45. 最終報告を受けてのご本人の反応、「悪意のない間違い」だから不正ではない、という主張
    の根拠は理研の「科学研究上の不正行為の基本的対応方針」ですよね
    http://www.riken.jp/~/media/riken/pr/topics/2006/20060123_1/20060123_1.pdf

    この「方針」で明記してある、不正行為の定義の元になった合衆国の「研究不正行為に関する
    連邦政府規律」はこれかな
    "U.S. Federal Policy on Research Misconduct"
    http://www.aps.org/policy/statements/federalpolicy.cfm

    理研の「方針」で研究不正から除外している「悪意のない間違い」は
    どこから来ているのか?

    仮に上のPolicyから来ているなら、II. Findings of Research Misconduct の項の
    "The misconduct be committed intentionally, or knowingly, or recklessly"
    の要件だろうか。(ずいぶん細密さが違う感じ。)

    やっぱり悪意が何を意味するのかで争うのかな。
    とりあえず、(仮にその部分も上のPolicyを参照しているとして)、英文からすると
    一般の日本語で「悪意」というときの「害意」ではなく、法律上の「悪意(知っていること)」
    あるいは「故意」に近いように思うけどどうだろうか。
    だとすると、少なくとも電気泳動画像の加工については、悪意はなかったとはまず言えない
    気がするけど。

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    1. 「悪意の有無」を証明・判断しなくてはならないことで、理研の調査委員会は必要以上の証明義務を負わされたように思われます。

      連邦政府規律は、"The misconduct be committed intentionally, or knowingly, or recklessly"と or で繋がれているので、この3つの副詞のうちどれかが当てはまればよいのですよね。

      アメリカの法律の中では、これら3つの副詞は、

      Intentionallyは、ある目的を達成するため行動している

      knowinglyは、高確率でそうなるだろうという知識を持って行動している

      recklesslyは、どういった結果になるか注意を払わずに行動している

      のように、行動とその結果が、当事者の意識の中でどれだけ密接に結びつけられているかの違いがあります。

      もちろんIntentionallyだったことを証明できればそれが一番強いでしょうが、IntentionallyでなくてもRecklesslyだったことを証明するのはもっと容易かと思います。

      削除
    2. この手の規則における「悪意」とは「害意」ではなく、「故意」を指します。複数の画像を切り貼りして組み合わせる行為は、いくら「きれいに見せる」目的だったとしても、元の画像とは異なるものを故意に作成したという点でアウトでしょう。博論からの画像流用についても、少なくとも「重過失」は間違いなくあるし、本来なすべきチェックを怠っていれば、故意を認定することも可能だと思います。

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    3. 確かに微妙な書き方をするとも思われますが、研究の世界では捏造自体が「悪」なのですから、それを故意に行った時点で「悪意」と解釈することには、説得力があります。すなわちこの場合の「悪意」は、「故意」です。「悪意でなかった」という抗弁は、「悪くない目的で捏造をした」という命題が、裁判官に対して通らない限り、成り立たないと思いますよ。

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    4. 理研の「科学研究上の不正行為の基本的対応方針」の解釈で法廷での対決を小保方氏はするつもりなのでしょうかね。
      5:20の方の仰る「必要以上の証明義務」については、恐らくSTAP由来ではなかった細胞株として解析された若山氏提供のもの以外の8サンプルの解析結果で証明可能になることを密かに期待しております。
      理研の隠し玉としてもう結果は持っている気がしてなりません。

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  46. なぜ発表がエイプリルフールなの

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  47. アメリカ法についてひとことコメントします。

    Torts(不法行為)で、一般的に出てくる単語です。
    Intentionally : 意図的に
    Knowinly: (より積極的に)知悉して
    Recklessly: 注意を欠いたレベルが非常に高い状態で(日本法では「重過失」に相当)

    日本法では、故意(わざとやった)と過失(ぼーっとしていた)に真っ二つに割って考えるので、知っていながらあえてやった(故意)と、不注意で見逃してしまった(過失)と分けてしまうのですが、実社会では、そのどちらともいえない中間部分があることが知られていますね。日本法では、未必の故意とか認識ある過失といわれている灰色部分です。主に刑法で分析が発達し、それが民事法で応用されてきたのが日本です。
    ところが、アメリカ法では、故意と過失の二分法を取っていません。
    recklessly というのは、その灰色部分をおもに指しています。アメリカでは結果責任を重視するので、小保方さんの例でいえば、出てきた図表に切り貼り・改ざんがある以上は、recklessly であろうと考えます。論文が作られた当時の小保方さんの内面は、ご本人にも証明できない性質をもっています。もちろん外部から厳密に証明するのも無理。自白というのがありますが、虚偽の自白があるのは、社会常識でしょう。したがって、なんらかの外部の証拠を使って推定する以外ない。これがアメリカ法ですが、日本法でも行為当時の内面を外部証拠で認定するのが裁判実務です。たとえば、交通事故が起こったとして、道路に真っ黒なタイヤの跡が残っていれば、そこで車輪の回転が止まっているから急ブレーキをかけたと分かり、速度もほぼ科学的に推定できます。だから、「時速40キロの制限スピードの道路にもかかわらず90キロ出していてブレーキかけたが間に合わず道路脇の老人をはねた」みたいな事実があると推定されます。そうするとなぜ90キロ出したかが問われますが、ぼーっとしていて90キロ出したとは普通は言いにくい。分かっていて90キロ出したと普通は考えますね。
    したがって、小保方さんのケースでも、「わたしは論文執筆当時知らなかったもん、意図的じゃなかったもん、悪用するつもりなかったもん」などと言っても、出てきた結果がずばり切り貼り・改ざんであれば、recklessly は最低限存在すると、強く推定されます。なぜなら、小保方さんは科学コミュニティの一員でありしかも理研のユニットリーダーであるわけで、実験データは、自分で作ったものでなければならないし、データをいじくってそれらしく見せる(「改ざん」「ねつ造」)のは許されないことだ程度は、知っているはずだからです。そこで、状況からみて(たとえば小保方ラボのずさんな実験とノートのめちゃくちゃな取り方)その推定を覆しにくいと考えられるときは、recklessly だと断定します。反論するとしてもどのように反論するのでしょうか? 同僚あるいは共同研究者に、「へへへ黙っててね。コピペしちゃったあ~」みたいに言っていたという証言などが、どこかから出てくれば、ますます推定が強まります。

    一般論ですが、法的な責任を追及する局面(たとえば裁判など)では、民事も刑事も100%の証明は不要です。

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  48. なるほど良くわかりました。

    小保方氏のクロは理研の不正行為に関する規定に照らして、クロっぽいことはわかりましたし、この規定からすると共著者の笹井氏などはシロとして言い逃れ可能のようですね。

    一方で、Nature論文の少なくともtext部分の実質的執筆者であろう笹井氏および、マスコミ受け狙って過剰な演出をセッティングした広報関係者の責任も、理研の行動規範のようなものに照らして追及されるべきだと思いますが、どのような処分が可能なのでしょう?

    小保方氏一人に責任を押し付けて、これら理研関係者を訓告・減給程度の処分では世間はとても納得しないと思われますが..。

    返信削除
  49. 今の御時世、対応を誤ると、それこそ「理研解体請願10万署名」などをあっさり達成しかねませんので、共著者の責任についても、他の模範となるような毅然とした処置をお願いしたいものです。

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  50. 「悪意」をmaliciousであることと解したらどうですかね
    これも不正でよく使われる表現、先方はその線かも知れない

    理研の「方針」は、研究不正の定義については「連邦規律」に「準じる」と明記しているけれど、
    本文を見ると、「ただし、悪意のない間違い及び意見の相違は研究不正に含まない」という
    ただし書き部分には準用がかかっていない、と主張することも不可能ではなさそう

    1) intentionally, or knowingly, or recklessly, の要件は、
    「連邦規律」の中の研究不正の「定義」を記載した
    I. Research Misconduct Defined の項ではなくて
    II. A finding of research misconduct requires that:の項にある。
    2) ただし書きの中の「意見の相違」というのは理研のオリジナルの文言と思われるので
    (連邦規律の中にそれらしき文言はない)、ただし書きについては連邦規律に準じていない
    と解すのが適当
    =連邦規律の intentionally, knowingly, recklesslyに準じて「悪意」を解釈するべきではない

    同時に、逆に、ただし書きの後に丸カッコに入れて
    「(米国連邦科学技術政策局:研究不正行為に関する連邦政府規律.....の定義に準じる。) 」と
    書いてるわけだから、ただし書きも含めて準用すると読むのが通常だ、とも言えそう

    自分が闘争を依頼された代理人なら争う。
    自分が本人なら.........全部正直に話して謝る。

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    1. 12:27さんに同感。
      確かに論理的には争う余地はあるのかも知れないけど、これだけの問題を起こしておいて、どうしようというのでしょう。「なんで私ばっかり」という気持ちなんだろうけど、それなら他の連中も不正をやったという主張を展開すべきで(それも品は悪いが)、私は不正をやっていないなんて、アホかという感じです。素直に謝るのが最善の策でしょう。

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    2. 理研方針の

      「ただし、悪意のない間違い及び意見の相違は研究不正に含まない」は、

      連邦規範 I. Research Misconduct Definedの中の

      ”Research misconduct does not include honest error or differences of opinion.”

      の日本語訳でしょう。

      Honest Errorの直訳は、意図しない間違い・故意でない間違い

      というわけで、やはり「意図の有無」が問題になってきます。

      理研の調査委員会は、「へへ、うっかりミスでした~」では言い抜けられないような、Intentが明らかな場合に限って黒判定をしていますよね。

      19行のコピペについて調査委員会は白判定をしていますが、あれは一般的な学術規範ではRecklesslyに黒になるはず。

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    3. 12:27です
      ああ、見落としていました。すみません。
      なるほど、では honest error が問題か。

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    4. 論文執筆上の Honest Error って、タイポのように、細心の注意を払って見直していても、どうしても見逃してしまう類のミスのことです。文章書く人なら、そういうミスは完全には無くならないのは分かるでしょうし、「あ、ミ